Cụ thể việc hoàn thuế này được tiến hành vào tháng 1/2011 và sau đúng 1 năm thì bị phát hiện, tố cáo là trái với Quyết định 128/QĐ-BTC ngày 191/2009 của Bộ Tài chính và Thông tư 60/2007/TT-BTC ngày 14-6-2007 của Bộ Tài chính.
Theo quyết định và thông tư này, hàng hoá từ nội địa đưa vào tiêu thụ trong Khu Kinh tế - Thương mại đặc biệt Lao Bảo phải thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế giá trị gia tăng sau. Nhưng Cục Thuế Quảng Trị đã cho hoàn thuế trước, kiểm tra sau