Cụ thể, với việc xử lý tài chính theo phương án tái cơ cấu, theo đề xuất của Bộ Tài chính, đối với việc giảm trừ nghĩa vụ trả nợ cho doanh nghiệp tái cơ cấu, căn cứ phương án tái cơ cấu đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, Công ty Mua bán nợ sẽ quyết định giảm trừ một phần nghĩa vụ trả nợ cho doanh nghiệp tái cơ cấu theo cam kết. Mức giảm trừ nghĩa vụ trả nợ tối đa bằng số âm vốn chủ sở hữu theo báo cáo tài chính gần nhất của doanh nghiệp tái cơ cấu đã được kiểm toán bởi tổ chức kiểm toán độc lập trừ (-) đi phần giảm trừ nghĩa vụ trả nợ của các chủ nợ khác (nếu có) và không vượt quá số chênh lệch giữa giá trị sổ sách khoản nợ mua và giá vốn mua nợ tính đến thời điểm quyết định giảm trừ nghĩa vụ trả nợ.
Theo Bộ Tài chính, Công ty Mua bán nợ và các chủ nợ tham gia tái cơ cấu doanh nghiệp được chuyển nợ thành vốn góp cổ phần theo nguyên tắc: Công ty Mua bán nợ thực hiện chuyển nợ thành vốn góp cổ phần theo tỷ lệ 1:1 (10.000 đồng nợ bằng 10.000 đồng vốn góp, tương đương 1 cổ phần theo mệnh giá quy định tại khoản 1 Điều 9 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP). Các chủ nợ khác thực hiện chuyển nợ thành vốn góp theo tỷ lệ thỏa thuận với cơ quan có thẩm quyền phê duyệt phương án tái cơ cấu và doanh nghiệp tái cơ cấu
