Thế nhưng, từ ngày 1/3/2012, khi Thông tư 06/2012 của BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế VAT có hiệu lực thì dịch vụ số hóa bị loại khỏi diện được hưởng 0% VAT và phải chịu mức thuế 10%. Trong khi đó, nhiều hợp đồng với đối tác nước ngoài được ký từ trước và trong hợp đồng không ghi khoản 10% nên DN Việt phải gánh thêm khoản phí phát sinh này.
Để tháo gỡ khó khăn cho DN, Sở TT&TT TP Hồ Chí Minh đề nghị Bộ TT&TT đề xuất BTC cho phép những hợp đồng cung ứng dịch vụ số hóa cho các tổ chức, cá nhân nước ngoài đã ký trước ngày 1/3/2012 được hưởng mức thuế VAT 0%; kiến nghị Chính phủ chấp thuận chưa áp dụng thuế suất VAT 10% đối với dịch vụ số hóa xuất khẩu theo tinh thần Nghị quyết số 13 của Chính phủ