Theo công văn của UBND TP, việc ra QĐ không công nhận Hiệu trưởng Trường ĐHHV TP Hồ Chí Minh đối với ông Lê Văn Lý là đã căn cứ đúng thẩm quyền của UBND, và dựa trên các hồ sơ liên quan tại nội bộ trường về đề nghị bãi nhiệm chức vụ Hiệu trưởng Trường ĐHHV đối với ông Lê Văn Lý.
Theo UBND TP, hồ sơ đề nghị bãi miễn chức vụ Hiệu trưởng Trường ĐHHV TP Hồ Chí Minh đối với ông Lê Văn Lý đã hợp lệ, đảm bảo tính pháp lý theo quy định; căn cứ Luật Tổ chức Hội đồng nhân dân và UBND; Luật Giáo dục năm 2005 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Giáo dục; các nghị định của Chính phủ quy định trách nhiệm quản lý nhà nước về giáo dục… đặc biệt là căn cứ trên Văn bản số 0205/2013/CV-HĐQT ngày 2/5/2013 của HĐQT trường ĐHHV báo cáo khẩn cấp về thành lập Hội đồng Tư vấn Bảo trợ trái quy định tại Trường và phát tán trái phép trong toàn trường các tài liệu mang tính chất chính trị trái pháp luật.
Trong đó, công văn của UBND TP xác định: các sai phạm của Hiệu trưởng Lê Văn Lý đã vi phạm quy chế tuyển sinh của Bộ GD-ĐT; vi phạm về thực hiện kê khai và đóng thuế; không chấp hành nghị quyết của HĐQT trường; không chấp hành chỉ đạo của UBND TP Hồ Chí Minh; vi phạm pháp luật về quản lý và sử dụng con dấu.
Căn cứ trên CV ngày 6/2/2013 của Bộ GD-ĐT phúc đáp văn bản của UBND TP, xét thấy việc bãi miễn chức vụ Hiệu trưởng đối với ông Lê Văn Lý là phù hợp, đúng mức đối với các hành vi vi phạm của ông Lê Văn Lý và là một biện pháp cần thiết để chấn chỉnh tình hình bất ổn tại Trường