Vụ việc bắt đầu xảy ra sáng 26/10, người dân ở Nghĩa An thấy ngoài khơi gần khu vực Cửa Đại có 6 chiếc tàu sắt đang neo đậu, trong đó có 3 sà lan và một tàu nước ngoài. Người dân cho rằng, tại sao UBND tỉnh Quảng Ngãi đã cấm tận thu cát để xuất khẩu nhưng lại có tàu nằm ngay cửa biển.
Ngay trong đêm 26/10, ba công nhân của Công ty Trường Phát Lộc là: Nguyễn Đình Nhân, Trần Huỳnh Hoàng Hải và Nguyễn Minh Hoàng đến Trạm biên phòng Nghĩa An lấy CMND đã bỏ quên trước đó và bị người dân Nghĩa An bắt giữ, cho rằng đây là những công nhân vào làm thủ tục để khai thác cát xuất khẩu.
Sáng hôm sau, 27/10, hàng trăm người dân đã giải ba công nhân này lên QL1A ngay trụ sở UBND huyện Tư Nghĩa để phản đối và đã gây nên tình trạng mất ANTT, làm ách tắc giao thông kéo dài. Lực lượng CSGT phải hướng dẫn cho số xe ôtô lưu thông đường vòng tránh đoạn QL1A bị kẹt để giảm bớt ùn tắc. Sau khi các lãnh đạo Tỉnh uỷ, UBND tỉnh vận động thuyết phục, cho đến cuối giờ chiều, người dân đã giải tán trở về nhà.
Sáng 28/10, lãnh đạo Tỉnh ủy, UBND tỉnh Quảng Ngãi tiếp tục xuống hiện trường thị sát việc triều cường xâm thực gây sạt lở cửa biển và dòng sông Phú Thọ bị cát bồi lấp, đồng thời đối thoại với người dân xã Nghĩa An, huyện Tư Nghĩa để thống nhất đưa ra giải pháp khắc phục. Theo phản ánh của người dân xã Nghĩa An, trong những ngày qua, tình trạng triều cường xâm thực, gây sạt lở Cửa Đại diễn ra ngày càng nghiêm trọng, với chiều rộng bị sạt lở thêm hàng trăm mét, cuốn trôi nhiều hécta đất và cây cối. Nghiêm trọng hơn, sóng liên tục đưa cát từ ngoài biển vào sông Phú Thọ tạo thành một doi cát mới và bồi lấp hoàn toàn cửa sông khiến cả trăm tàu thuyền của ngư dân không thể ra khơi từ nhiều ngày qua. Tại cuộc đối thoại, lãnh đạo tỉnh Quảng Ngãi giải đáp những ý kiến bức xúc của người dân xã Nghĩa An trong việc triển khai nạo vét, tận thu cát nhiễm mặn để xuất khẩu gây sạt lở Cửa Đại và sông Phú Thọ bị bồi lấp, đồng thời đưa ra phương án khắc phục khẩn cấp.
Ông Võ Văn Thưởng, Ủy viên TW Đảng, Bí thư Tỉnh ủy Quảng Ngãi cam kết với nhân dân là trước mắt sẽ chỉ đạo cho các sở, ngành có liên quan khẩn trương nạo vét, thông luồng sông Phú Thọ để tàu thuyền của ngư dân ra vào đi đánh cá, thứ hai là làm kè tạm để hạn chế sạt lở, về lâu dài sẽ làm kè kiên cố bằng bê tông để ổn định đời sống sản xuất của người dân một cách bền vững. “Có 3 vấn đề cấp bách nhất cần phải làm ngay. Thứ nhất là phải kè chống sạt lở Cửa Đại. Thứ hai là nạo vét, thông luồng sông Phú Thọ cho tàu bè ra vào. Thứ ba là triển khai hỗ trợ, bồi thường thiệt hại cho bà con. Bắt đầu từ hôm nay, mọi công việc trên phải được tiến hành. Đây cũng là mục tiêu ưu tiên của chính quyền tỉnh Quảng Ngãi hiện nay nhằm sớm khắc phục thông luồng cho tàu cá ra khơi”, Bí thư Tỉnh ủy Quảng Ngãi Võ Văn Thưởng quả quyết với nhân dân.
Lãnh đạo tỉnh Quảng Ngãi cũng hứa với nhân dân việc xây dựng kè chống sạt lở Cửa Đại sẽ dùng cọc sắt đóng xuống, chứ không thể dùng cọc tre, bao cát chắn như lâu nay. Đối với việc tàu thuyền không ra khơi được ảnh hưởng đến đời sống của người dân, tỉnh sẽ có phương án hỗ trợ. Cụ thể, tàu cá công suất trên 200CV hỗ trợ 20 triệu đồng, tàu cá từ 90-200CV hỗ trợ 15 triệu đồng và dưới 90CV hỗ trợ 10 triệu đồng. Tỉnh Quảng Ngãi còn chỉ đạo huyện Tư Nghĩa và xã Nghĩa An thống kê thiệt hại từ hồ tôm, vườn nhà bị sạt lở để bồi thường cho dân.
Được biết, dự án nạo vét, thông luồng kết hợp tận thu cát nhiễm mặn (để xuất khẩu), được thực hiện tại khu vực Cửa Đại (xã Nghĩa An, huyện Tư Nghĩa và xã Tịnh Khê, huyện Sơn Tịnh) do Công ty TNHH Sản xuất thương mại dịch vụ Ngọc Việt và Công ty CP Trường Phát Lộc thực hiện. Đến tháng 9/2013, hai doanh nghiệp đã khai thác được 3/40 triệu m3, tuy nhiên trong quá trình thi công nạo vét, tận thu cát nhiễm mặn xuất khẩu, đồng thời, do ảnh hưởng trực tiếp của các cơn bão số 8, số 9, số 10, số 11 nên vùng bờ biển thuộc thôn Phổ Trường, xã Nghĩa An bị xói lở nặng, ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống sản xuất của người dân địa phương. Trước tình hình này, tỉnh Quảng Ngãi đã chỉ đạo tạm đình chỉ việc nạo vét thông luồng tận thu cát nhiễm mặn của 2 đơn vị trên, đồng thời, chỉ đạo các doanh nghiệp này phải phối hợp cùng địa phương có biện pháp khẩn cấp khắc phục tình trạng sạt lở, bồi lắng ở cửa sông Phú Thọ và hỗ trợ những hộ dân bị thiệt hại trong vùng dự án.
Sau đó, Sở NN&PTNT Quảng Ngãi và Công ty Sản xuất thương mại dịch vụ Ngọc Việt đã khắc phục đoạn sạt lở khẩn cấp bằng phương pháp đóng cọc, xếp bao tải và dồn cát đoạn sạt lở tại thôn Phồ Trường (xã Nghĩa An). Trong quá trình khắc phục sạt lở, do ảnh hưởng của các bão số 10 và số 11 kết hợp triều cường dâng cao, sóng lớn làm bồi lấp cửa sông Phú Thọ khiến tàu thuyền của người dân không thể ra vào.
Để khắc phục tạm thời cửa sông bị bồi lấp, tỉnh Quảng Ngãi đã giao hai huyện Sơn Tịnh và Tư Nghĩa hợp đồng với các doanh nghiệp nạo vét cửa sông Phú Thọ và sông Kinh. Vì thế nên có tình trạng dù UBND tỉnh Quảng Ngãi cấm khai thác cát nhiễm mặn xuất khẩu, nhưng công nhân Công ty cổ phần Trường Phát Lộc vẫn đưa tàu vào hút cát ở sông Kinh và dẫn đến sự việc người dân hiểu nhầm và bắt 3 công nhân của Công ty này.
Như vậy, từ sự hiểu nhầm, người dân ở Nghĩa An đã bắt giữ 3 công nhân và tiếp tục có nhiều hành vi vi phạm pháp luật khác, dẫn đến phức tạp về ANTT. Do đó, ngoài việc chính quyền địa phương khẩn trương xử lý tình trạng khai thác cát, cũng như xem xét hỗ trợ cho những ngư dân gặp khó khăn do việc bồi lấp Cửa Đại gây ra; dư luận cũng rất bất bình trước việc gây rối, bắt người trái pháp luật của một số phần tử kích động, xúi giục, gây rối ANTT, đề nghị cơ quan chức năng xử lý nghiêm theo pháp luật