Hồ Hoàn Kiếm - đền Ngọc Sơn là di tích lịch sử được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng là di tích quốc gia đặc biệt, tuy nhiên, hiện nay, công tác quản lý khu vực hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn còn chồng chéo do được giao cho nhiều cơ quan chức năng cùng thực hiện. Trong đó, theo Quyết định số 70/2013/QĐ-UBND của UBND TP Hà Nội, UBND quận Hoàn Kiếm là đầu mối quản lý toàn diện, tập trung, thống nhất khu vực hồ Hoàn Kiếm (bao gồm cả khu vực vườn hoa Lý Thái Tổ)