Trước đó, Tổ kiểm tra của Sở GTVT tỉnh Cà Mau tiến hành kiểm tra chứng từ, sổ sách kế toán, đối chiếu quỹ tiền mặt của Ban điều hành Bến xe tàu Cà Mau (năm 2009-2010) do ông Lê Hoàng Ngon - Phó Giám đốc Sở, kiêm Trưởng ban Điều hành bến xe tàu, phát hiện số tiền quỹ chênh lệnh thiếu của đơn vị này là gần 900 triệu đồng.
Bên cạnh đó, Tổ kiểm tra còn phát hiện một số chứng từ kế toán có sự chỉnh sửa và lập lại; không hạch toán vào nguồn thu của cơ quan số tiền thu khoán từ các bến phà từ năm 2009 đến ngày 18/1/2011 là 893 triệu đồng (550 triệu đồng trong số này được gửi vào kho bạc, số còn lại để ngoài sổ sách).
Hiện thủ quỹ Đào Thị Nga và kế toán Trần Trúc Em của Ban điều hành Bến xe tàu Cà Mau đã bị đình chỉ công tác