Trở về nước, trước những cám dỗ về vật chất và tiền bạc ở chốn quan trường, người trí thức ấy một lần nữa lại khước từ và bất hợp tác với chính phủ bù nhìn Trần Trọng Kim (thân Nhật) và thế lực thân Mỹ - Ngô Đình Diệm, chấp nhận những hy sinh, gian khổ, theo tiếng gọi của Bác Hồ cùng toàn dân kháng chiến, giành độc lập - tự do cho dân tộc...
Xuất thân trong một gia đình nhà nho yêu nước ở đất Hà thành, ngay từ thuở thiếu thời, Đặng Phúc Thông đã tỏ rõ là một cậu bé thông minh và hiếu học. Do vậy ngay từ thời ấy, sau khi tốt nghiệp tú tài toàn phần xuất sắc, ông được cấp học bổng sang theo học ở Pháp. Bảy năm sống và học tập ở Thủ đô Paris, ông đã tốt nghiệp loại ưu 2 trường đại học danh tiếng của nước Pháp là Đại học Mỏ và Đại học Cầu đường. Với 2 tấm bằng danh giá ấy khi về nước, chính quyền Pháp ở Đông Dương đã chủ động gợi ý để ông nhập quốc tịch Pháp; theo đó là những quyền lợi hấp dẫn khi đã gia nhập vào "làng Tây".
Người Pháp còn nói với ông rằng, nếu ông nhập quốc tịch Pháp sẽ được hưởng mức lương cao gấp nhiều lần mức lương của một kỹ sư Việt
Đang sống ở Thủ đô Paris hoa lệ, vừa về nước, chân ướt, chân ráo, người kỹ sư trẻ Đặng Phúc Thông đã phải chấp nhận cuộc sống gian khổ, xa thị thành, xa gia đình, xa người vợ mới cưới - người mà đã chờ ông trong suốt 7 năm trời, quả là một thử thách lớn đối với ông. Nhưng vì lòng tự trọng, tự tôn dân tộc, ông không hề tỏ ra nao núng, dao động trước thái độ có tính "trả đũa" của chính quyền thực dân, chấp nhận khoác ba lô đến làm việc tại vùng mỏ Phấn Mễ.
Sau gần 2 năm làm việc ở Phấn Mễ, ông được điều chuyển về làm việc tại Sở Địa chất và mỏ Đông Pháp. Thời gian này, ông đã cùng với các trí thức yêu nước khác như Đặng Thai Mai, Hoàng Minh Giám, Nguyễn Xiển, Hoàng Xuân Hãn… sáng lập tờ báo khoa học nhằm truyền bá sâu rộng kiến thức khoa học bằng tiếng Việt. Qua đó nhằm chuẩn bị cho một nền giáo dục tương lai của đất nước; khẳng định tinh thần độc lập của đội ngũ trí thức dân tộc.
Được về làm việc ở một cơ quan nghiên cứu đầu não về địa chất lại ở ngay Hà Nội là một điều kiện tốt với người trí thức trẻ như ông, song không ngờ chính tại nơi đây đã xuất hiện tư tưởng ghen ghét và thái độ trịch thượng của một số viên chức người Pháp khiến ông phải xin chuyển về làm việc ở Sở Hoả xa Đông Dương, cơ quan đóng tại TP Nha Trang.
Tại đây, với lối sống bình dị và hòa đồng, ông đã được nhân dân địa phương và các viên chức trong Sở Hỏa xa yêu mến, uy tín cá nhân của ông mỗi lúc một nâng cao. Do vậy, sau khi Nhật làm cuộc đảo chính Pháp vào đêm 9/3/1945, bằng sự nhạy bén của một trí thức yêu nước, kỹ sư Đặng Phúc Thông sớm nhận ra bản chất tàn bạo của phát xít Nhật nên ông đã chủ động xin nghỉ việc và kiên quyết từ chối lời đề nghị của Chính phủ Trần Trọng Kim thân Nhật mời ra làm Bộ trưởng Bộ Giao thông. Cũng trong thời điểm này, người trí thức yêu nước ấy đã liên lạc với các cán bộ Việt minh, mở đường cho ông trở thành một trí thức cách mạng.
Cách mạng Tháng Tám thành công, nhưng nước nhà đứng trước nguy cơ thù trong giặc ngoài; nạn đói, nạn dốt; trong bối cảnh ấy, theo sự điều động của Chính phủ lâm thời; ông đã tham gia tích cực trong việc vận chuyển lương thực từ các tỉnh phía Nam ra miền Bắc để khẩn cấp cứu đói và bảo đảm thông suốt giao thông tuyến Bắc - Nam để đưa vũ khí và các đoàn quân Nam tiến vào các tỉnh phía Nam để cùng đồng bào Nam bộ kháng chiến.
Ít lâu sau, kỹ sư Đặng Phúc Thông được Hồ Chủ tịch mời giữ chức Bộ trưởng Bộ Giao thông công chính, song ông đã đề nghị với Bác cho giữ chức Thứ trưởng. Thấy vậy, Bác Hồ bảo: "Nếu chú nhất định không nhận làm Bộ trưởng thì phải giới thiệu người thay". Làm theo lời Bác, ông đã tiến cử kỹ sư Trần Đăng Khoa vào chức vụ này. Được gặp Chủ tịch Hồ Chí Minh trong những ngày đầu cách mạng, người trí thức yêu nước Đặng Phúc Thông đã hoàn toàn bị chinh phục cả về lý trí lẫn tinh thần.
Một lần tiếp xúc với cụ Nguyễn Trác - bố vợ của kỹ sư Nguyễn Phúc Thông, cụ Nguyễn Trác hỏi ông: Anh là trí thức cao cấp, bao năm du học ở Pháp, liệu có thể cộng tác và làm việc với những người cộng sản được không? Nghe vậy, kỹ sư Nguyễn Phúc Thông từ tốn trả lời: "Thưa thầy, con đã chọn con đường phụng sự Tổ quốc. Con đã cự tuyệt cộng tác với thực dân Pháp, phát xít Nhật và cả thế lực thân Mỹ. Con đã nhiều lần được tiếp kiến với Hồ Chủ tịch và thấy cụ Nguyễn Ái Quốc thật là người "độc nhất, vô song". Đức độ và uy tín của cụ trong nhân dân không một ai có thể thay được cụ trong lúc này để đưa nước ta thoát khỏi vòng gian nguy, hiểm nghèo trong tình thế ngàn cân treo sợi tóc. Dù Việt minh có là cộng sản, đệ tam quốc tế, với lãnh tụ Nguyễn Ái Quốc, hiện thân của chủ nghĩa yêu nước, yêu dân tộc thì bất cứ ai có lòng yêu dân tộc, yêu đất nước đều cần ra gánh vác công việc quốc gia".
Đầu năm 1946, tại cuộc bầu cử Quốc hội đầu tiên của nước Việt Nam độc lập, kỹ sư Đặng Phúc Thông đã trúng cử là đại biểu Quốc hội khóa I Quốc hội nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa; được tín cử là thành viên chính phủ do Chủ tịch Hồ Chí Minh đứng đầu.
Để có thêm thời gian củng cố và xây dựng lực lượng cho cuộc kháng chiến lâu dài của dân tộc, ít lâu sau, vào ngày 19-5-1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký sắc lệnh cử đoàn đại biểu của Chính phủ ta sang Pháp dự Hội nghị Fontainebleau, kỹ sư Đặng Phúc Thông là thành viên của đoàn. Hội nghị Fontainebleau đã thất bại, do dã tâm của thực dân Pháp muốn cướp nước ta một lần nữa, buộc nhân dân ta phải đứng lên làm cuộc kháng chiến trường kỳ, gian khổ theo lời kêu gọi của Bác Hồ.
Thời điểm ấy, cũng như một số trí thức yêu nước hồi đó, vợ chồng ông Đặng Phúc Thông bị kẹt lại ở Thủ đô Hà Nội. Lợi dụng hoàn cảnh ấy, chính quyền thực dân Pháp ở Hà Nội đã cho người tiếp cận ông để dụ dỗ, mua chuộc nhưng ông vẫn một mực chối từ. Bất chấp bị theo dõi gắt gao của bọn mật thám, khó khăn trong việc đi lại, ngày ngày ông vẫn tìm cách bắt liên lạc với các cán bộ cách mạng đang hoạt động ở nội thành. Cuối cùng cả hai ông bà đã được các chiến sĩ Công an hoạt động nội thành đưa ra vùng tự do và từ đây vợ chồng ông được họ đưa lên chiến khu Việt Bắc.
Tại chiến khu Việt Bắc, kỹ sư Đặng Phúc Thông gặp lại Bác Hồ và được Bác giao nhiệm vụ tiếp tục giữ chức Thứ trưởng Bộ Giao thông công chính, kiêm Hiệu trưởng Trường Cao đẳng công chính. Thời điểm đó, để phục vụ cho công cuộc kháng chiến, kiến quốc, lĩnh vực giao thông công chính giữ vai trò rất quan trọng, song với tinh thần và ý thức trách nhiệm, ông đã hoàn thành xuất sắc công việc được giao. Chủ tịch Hồ Chí Minh luôn dành cho ông sự quan tâm khiến ông càng cảm kích và nguyện mang hết tài đức phục vụ nhân dân, phục vụ cách mạng.
Còn nhớ trong dịp đón Tết Mậu Tý (năm 1948) tại chiến khu Việt Bắc, các gia đình thành viên Chính phủ họp mặt để đón xuân. Trong không khí mừng xuân mới, mọi người rất phấn khởi được đón Bác Hồ.
Sau khi chúc Tết mọi người, Bác Hồ lại gần kỹ sư Đặng Phúc Thông rồi nói: "Nhân dịp năm mới, Bác ưu tiên tặng chú Thông gói quà này. Chúng ta đều biết, chú Thông từ Thủ đô Hà Nội tạm chiếm về đến căn cứ an toàn, có thể xem như quân dân ta đã đánh thắng to quân địch". Thấy Thứ trưởng Đặng Phúc Thông còn chưa dám cầm gói quà mà Bác tặng, Bác nhắc: "Chú cứ cầm gói quà này và đọc to bài thơ Bác viết, đó là "tiết mục văn nghệ" của Bác đóng góp vào liên hoan tối nay". Đến lúc này, ông Đặng Phúc Thông mới dám mở gói quà của Bác, trong đó có chiếc áo len mới, kèm theo bài thơ tứ tuyệt do Bác viết:
"Tết nhất năm nay hoãn thịt xôi
Tết sau thắng lợi sẽ đền bồi
Áo bạn biếu tôi, tôi biếu chú
Chú mang cho ấm cũng như tôi".
Bản gốc bài thơ của Bác Hồ tặng kỹ sư Đặng Phúc Thông dịp Tết Mậu Tý năm ấy tại chiến khu Việt Bắc hiện đang được lưu giữ và trưng bày tại Bảo tàng Hồ Chí Minh.
Cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp ngày một diễn ra ác liệt, nhưng bù lại quân và dân ta đã giành được nhiều thắng lợi ở các chiến trường. So với những ngày đầu thành lập nước, thế và lực của cách mạng đã lớn mạnh gấp nhiều lần; vấn đề đảm bảo giao thông phục vụ kháng chiến càng trở nên cấp thiết. Trong bối cảnh ấy, vào giữa năm 1951, ở cương vị là Thứ trưởng Bộ Giao thông công chính, ông Đặng Phúc Thông về Thanh Hóa tổ chức hội nghị để triển khai các hoạt động của ngành.
Theo lời kể của người thư ký riêng của ông thì từ chiến khu Việt Bắc, hai thầy trò phải đi gần chục ngày. Có lúc đi bộ, có lúc đi xe đạp, vượt qua bao đoạn đường gập ghềnh, dưới làn bom đạn của địch, thậm chí có lúc phải ngâm mình dưới nước hàng giờ. Do phải trải qua một chặng đường dài vất vả, ăn uống lại kham khổ nên ông bị cảm sốt nặng, bệnh phổi tái phát. Mặc dù vậy, về đến Thanh Hóa, ông vẫn chủ trì hội nghị thành công. Kết thúc hội nghị cũng là lúc bệnh tình của ông ngày một nặng.
Biết tin ông bị ốm nặng, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã viết thư thăm hỏi động viên. Trong lá thư ấy, Người viết: "Tổ quốc và nhân dân rất cần chú. Chú không được tham bát bỏ mâm. Với tư cách là cấp trên, tôi ra lệnh cho chú, với tư cách là người anh, tôi khuyên chú không nên tham công tiếc việc lúc ốm đau, phải nghỉ ngơi, tĩnh dưỡng, thuốc thang…".
Đọc những dòng chữ trong lá thư của Bác, Thứ trưởng Đặng Phúc Thông không khóc mà nước mắt cứ trào ra. Trong ông là lòng thành kính vị lãnh tụ kính yêu của dân tộc. Mặc dù bận trăm công nghìn việc nhưng vẫn quan tâm, nhớ và dành một tình cảm thân thương đến một người như ông.
Song rất tiếc, do căn bệnh quá nặng, trong điều kiện kháng chiến gian khổ, thuốc men thiếu thốn, kỹ sư Đặng Phúc Thông đã trút hơi thở cuối cùng vào rạng sáng 29/12/1951 (tức mồng 2 tháng Chạp năm Tân Mão). Được tin ông từ trần, từ chiến khu Việt Bắc, Hồ Chủ tịch đã gửi điện chia buồn đến những người thân trong gia đình ông, trong đó, Bác Hồ viết:
"Tôi rất buồn được tin chú Đặng Phúc Thông, Thứ trưởng Bộ Giao thông công chính vừa mất cuối tháng trước. Tôi rất thương tiếc, vì chú Thông là một cán bộ cao cấp xuất sắc của Chính phủ, một chiến sĩ trung thành của dân tộc và một người bạn tốt của tôi".
Gần 60 năm kể từ ngày ông qua đời, nhưng tên ông đã được ghi danh trong cuốn "Từ điển nhân vật lịch sử Việt
