Năm 1998, Thanh tra huyện Tuy An xác định có tới 656 hồ nuôi tôm với diện tích 325ha đầm Ô Loan, trong số đó chỉ có 66ha hồ tôm hợp pháp được cơ quan có thẩm quyền giao đất mặt nước, phần còn lại 259ha là diện tích… lấn chiếm trái phép.
Từ đó UBND huyện Tuy An ban hành nhiều văn bản nghiêm cấm mọi hành vi xâm phạm danh thắng, nhưng do không có biện pháp quản lý chặt chẽ, nên đến nay đã có thêm 82 hồ tôm xâm lấn mặt đầm với diện tích 16ha. Bên cạnh đó là 232 công trình xây dựng, nhà ở với tổng diện tích 17.190m2 tại ven bờ đầm từ trước năm 1997.
Từ đó đến nay đã có thêm 177 công trình xây dựng, nhà ở trái phép với tổng diện tích 14.080m2. Bờ đầm, mặt đầm Ô Loan ở địa phận xã An Cư là nơi bị xâm lấn, chiếm dụng trái phép nghiêm trọng nhất với 120ha hồ tôm và 123 công trình, nhà ở có tổng diện tích 14.766m2. Rất nhiều trường hợp đã bị chính quyền địa phương lập biên bản và ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính, nhưng việc cưỡng chế không được thực thi, nên tình trạng vi phạm vẫn công nhiên tái diễn.
Tình trạng đánh bắt thủy sản trong đầm Ô Loan bằng nhiều loại ngư cụ mang tính hủy diệt cũng diễn biến phức tạp. Mỗi ngày đêm có hàng trăm lượt người dân ra đầm Ô Loan dùng những tấm lưới chấn, lưới điện có mắt lưới cỡ nhỏ và những chiếc bẫy lờ bóng Thái, vây bắt tận diệt các loại tôm cá cỡ nhỏ. Mặt khác, chất thải từ các hồ nuôi tôm, từ các hộ gia đình và chuồng trại chăn nuôi heo, bò đổ ra đầm khiến cho môi trường nước ô nhiễm nghiêm trọng. Thậm chí có vài lần tôm, cá chết hàng loạt, người dân phải vớt lên đưa vào bờ tiêu hủy.
Điều đáng nói là khi những hành vi xâm hại thắng cảnh gia tăng, chính quyền địa phương không có biện pháp đấu tranh ngăn chặn, kiên quyết cưỡng chế tháo dỡ theo quy định pháp luật.
Đến nay UBND huyện Tuy An đã báo cáo UBND tỉnh Phú Yên để xin chủ trương xử lý. Dù chậm vẫn còn hơn không. Hy vọng với việc xử lý, sắp tới, đầm Ô Loan sẽ từng bước được trả lại vẻ đẹp tự nhiên và giảm ô nhiễm, đồng thời được đầu tư những hạng mục du lịch cần thiết để thu hút sự quan tâm của du khách trong và ngoài nước
