Văn phòng BCĐ hoạt động theo chế độ chuyên trách, có chức năng tham mưu, giúp việc BCĐ; có trách nhiệm tổ chức phục vụ các hoạt động của BCĐ và Trưởng BCĐ. Cơ cấu bộ máy tổ chức của Văn phòng BCĐ phòng chống tham nhũng TPĐN gồm các phòng nghiệp vụ sau: Phòng tổng hợp - hành chính; Phòng theo dõi công tác phòng, chống tham nhũng; Phòng theo dõi, xử lý khiếu nại, tố cáo về tham nhũng...