Hoạt động kinh doanh xây lắp của công ty chủ yếu từ các công trình do 4 đơn vị trực thuộc (gồm: Đội công trình 1, Xí nghiệp xây lắp công trình số 1, số 2 và số 3 nhưng hiện nay chỉ còn mỗi Xí nghiệp xây lắp công trình 3 là còn hoạt động) khai thác dưới hình thức đấu thầu, chào giá cạnh tranh, chỉ định thầu và CTCS ký hợp đồng với đối tác.
Tuy nhiên, trong những năm qua, các đơn vị trực thuộc này đã tự tung tự tác, hoạt động, quản lý kém hiệu quả dẫn đến phát sinh hàng loạt sai phạm và nợ CTCS với số tiền gần 10 tỷ đồng.
Theo kết luận thanh tra toàn diện hoạt động kinh doanh xây lắp của CTCS do Thanh tra thành phố thực hiện thì trong thời gian trước đây, công ty chưa lập hóa đơn (hoặc xuất chưa đủ giá trị) các công trình đã thi công, nghiệm thu bàn giao và đưa vào sử dụng là Bưu cục Lê Minh Xuân, nhà làm việc cơ quan điều tra Công an tỉnh Bình Dương và công trình trò chơi dưới nước Công viên văn hóa Lê Thị Riêng. Xí nghiệp Xây lắp số 1 và Đội thi công số 1 sử dụng 49 hóa đơn không đúng quy định, không hợp pháp để thanh toán với CTCS.
Trong đó, ông Nguyễn Thành Nhơn, Đội trưởng Đội thi công số 1 đã sử dụng 17 hóa đơn không hợp pháp với doanh số mua chưa thuế hơn 255 triệu đồng (thuế VAT là hơn 22,4 triệu đồng) và 28 hóa đơn không đúng quy định với doanh số mua chưa thuế hơn 495 triệu đồng (thuế VAT hơn 26 triệu đồng). Ông Nguyễn Văn Dũng (nguyên Giám đốc Xí nghiệp xây lắp 1) đã sử dụng 4 hóa đơn không hợp pháp với doanh số mua chưa thuế gần 633 triệu đồng (thuế VAT trên 63 triệu đồng)…
Thi công cảng Phú Định chậm nhiều năm so với dự kiến.
Về công nợ giữa các xí nghiệp trực thuộc với CTCS cho đến thời điểm thanh tra là hơn 9,7 tỷ đồng. Trong số này, ông Nguyễn Văn Dũng đồng ý trả lại CTCS gần 2 tỷ đồng tiền nợ các công trình trong thời gian ông làm giám đốc. Số tiền còn lại thanh tra xác định: trên 2,65 tỷ đồng của công trình Nhà xưởng sản xuất tại cụm công nghiệp và dân cư Nhị Xuân thuộc trách nhiệm chính là ông Lâm Văn Dũng và liên đới là hai Phó Giám đốc Xí nghiệp xây lắp 1 ông Lê Nam Trà và bà Nguyễn Thị Thành Hà; số nợ trên 5 tỷ đồng thực hiện các công trình Nhà kho số 5 - Thành Chí, san nền ô số 5 - Hòa Phú, san lấp mặt bằng tại Cụm công nghiệp Nhị Xuân… chịu trách nhiệm chính là ông Lê Nam Trà và bà Nguyễn Thị Thanh Hà, ông Dũng chịu trách nhiệm liên đới.
Tuy nhiên, ông Trà không thừa nhận trách nhiệm vì ông cho rằng mình chỉ là phó giám đốc phụ trách chuyên môn, còn về tài chính do bà Hà nắm giữ. Riêng số tiền 1,178 tỷ đồng của công trình nhà kho số 5 - Thành Chí, CTCS cho rằng là do chủ đầu tư trừ phạt vì thi công chậm tiến độ.
Ngoài các "con nợ" trên, bản danh sách nợ CTCS còn có ông Lê Thái Hòa, Giám đốc Xí nghiệp xây lắp 2 với số tiền trên 200 triệu; ông Nguyễn Thành Nhơn, nguyên Đội trưởng Đội thi công số 1 gần 165 triệu đồng… Ngoài chuyện nợ nần, sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng không hợp pháp của các đơn vị trực thuộc, bản thân CTCS cũng có nhiều sai phạm lớn.
Cụ thể, CTCS cho thuê bến xà lan Lash 375T số 2 (giá trị dự toán hơn 2,5 tỷ đồng) khi chưa hoàn thành các hạng mục công trình và chưa có giấy phép của cơ quan có thẩm quyền dẫn đến công trình bị xảy sự cố; dự án đầu tư xây dựng cảng Phú Định được UBND TP HCM phê duyệt thừ năm 2001, tổng mức đầu tư hơn 398 tỷ đồng, thời gian hoàn thành là tháng 5/2007 nhưng đến nay dự án vẫn chưa hoàn thành và đưa vào sử dụng gây lãng phí vốn đầu tư, kéo dài thời gian thu hồi vốn, thiệt hại này là không nhỏ.
Từ cơ sở trên, Thanh tra TP HCM kiến nghị Chủ tịch UBND TP HCM chỉ đạo Tổng Giám đốc CTCS phải nhanh chóng chấn chỉnh công tác kế toán, theo dõi công nợ và thu hồi số tiền mà các cá nhân, đơn vị đã nợ CTCS. Buộc các ông Lâm Văn Dũng, Lê Nam Trà, Nguyễn Thị Thanh Hà, Lê Thái Hòa, Nguyễn Thành Nhơn… phải trả hết tiền nợ cho công ty trước ngày 31/12/2009. Nếu không sẽ chuyển hồ sơ vụ việc cho cơ quan chức năng có thẩm quyền xử lý theo pháp luật. Thế nhưng đến nay đã là tháng 3/2010 nhiều "con nợ" trong số này vẫn chưa thanh toán dứt điểm
