Tháng 9 cũng là thời điểm các đợt không khí lạnh hoạt động mạnh dần, có thể kết hợp với dải hội tụ nhiệt đới gây ra các đợt mưa lớn diện rộng cho khu vực Bắc Bộ. Các đợt mưa lớn có khả năng gây ra lũ quét, sạt lở đất cho khu vực vùng núi phía Bắc.
Ngoài ra, trong tháng 9, gió mùa Tây Nam hoạt động ở mức trung bình nên lượng mưa ở Nam Bộ và Tây Nguyên tương đối ổn định, xấp xỉ trung bình nhiều năm.
Trên phạm vi toàn quốc cần tiếp tục đề phòng các hiện tượng thời tiết nguy hiểm như dông mạnh, lốc xoáy và gió mạnh trên biển.