Theo ông Hoàng Trung Kính - Trưởng ban giải phóng mặt bằng - Ban quản lí dự án hạ tầng Tả Ngạn - đơn vị được giao nhiệm vụ giải phóng mặt bằng dự án cầu Nhật Tân, tiến độ toàn dự án hiện tại mới đạt khoảng 50%. Cụ thể là, trên địa bàn huyện Đông Anh (các xã Vĩnh Ngọc, Vân Nội, Tiên Dương) hiện mới bàn giao được 463.796/918.639m2, quận Tây Hồ (phường Phú Thượng) bàn giao 159.782/243.541m2 đất trưng dụng, đất nông nghiệp. Sự chậm trễ đã khiến kinh phí giải phóng mặt bằng đội lên gần 600 tỉ đồng (từ 969 tỉ lên 1.500 tỉ đồng). Hai điểm nút gặp ách tắc nhiều nhất là Vĩnh Ngọc, Phú Thượng.
Vĩnh Ngọc là nút chân cầu phía Bắc của dự án. Theo tính toán sẽ có tổng cộng gần 1.500 hộ dân thuộc hai thôn Ngọc Chi, Ngọc Giang (xã Vĩnh Ngọc) có diện tích đất nông nghiệp, đất thổ cư nằm trong chỉ giới của cầu Nhật Tân. Trong số 1.143 hộ nằm trong chỉ giới của thôn Ngọc Chi, hiện tại mới giải phóng đợt 1 được 520 hộ, số còn lại mới tiến hành kiểm kê. Ở thôn Ngọc Giang, vấn đề còn trở nên phức tạp hơn, khi có tới 39 hộ phải di dời đất thổ cư.
Giải thích về sự chậm trễ, bà Bùi Thị Thường, Phó Chủ tịch UBND xã Vĩnh Ngọc cho hay: "Xã đã tiến hành giải ngân tới lần thứ 8, mà nhiều hộ dân vẫn chưa đến nhận tiền. Khúc mắc nằm ở chỗ, đất của 165 hộ dân ở bãi Non (thôn Ngọc Giang) ngoài đê sông Hồng, vốn nằm trong hành lang thoát lũ nên xã chỉ giao tạm thời cho các hộ, quyền sở hữu vẫn thuộc về tập thể (ở đây là UBND xã Vĩnh Ngọc). Bởi vậy khi thu hồi, xã Vĩnh Ngọc chỉ hỗ trợ hoa màu, kèm khoản tiền 50.000đồng/m2 chứ không đền bù theo giá đất nông nghiệp".
Có điều, theo quyết định của chính quyền xã Vĩnh Ngọc, khoản hỗ trợ 50.000 đồng/m2 sẽ không giao trực tiếp cho dân mà thay vào đó, sẽ dùng để xây dựng cơ sở hạ tầng cho thôn Ngọc Giang. Hầu hết các hộ dân đều phản đối cách làm này vì cho rằng, như vậy là thủ tiêu quyền lợi chính đáng của họ.
Ách tắc giải phóng mặt bằng đang khiến cho gói thầu 3 phải thi công cầm chừng.
Phú Thượng là nút chân cầu phía bờ
Người dân có cái lí để chậm bàn giao đất cho dự án. Chị Nguyễn Thị Thảo (thôn Ngọc Chi) bày tỏ: "Bao năm làm nông nghiệp, nay mất đất thì biết làm gì để sống. Tôi đã gần 50 tuổi, thử hỏi, có thể chuyển đổi sang nghề gì?". Một số hộ dân khác mất đất ở thì lo lắng về chỗ tái định cư mới.
Đem cái thắc mắc về hướng chuyển đổi nghề, bố trí tái định cư cho những hộ dân mất đất ra trao đổi, ông Kính cho biết: 39 hộ dân mất đất thổ cư ở Vĩnh Ngọc sẽ được giao đất ở khu tái định cư Vĩnh Ngọc (hiện đã xây dựng xong hạ tầng). 330 hộ mất đất ở thuộc phường Phú Thượng sẽ được bố trí trong 650 căn thuộc nhà CT13, CT14 thuộc Khu đô thị mới Nam Thăng Long. Các hộ mất đất nông nghiệp sẽ được hỗ trợ thẻ học nghề để chuyển đổi, hoặc bố trí công việc tại khu công nghiệp Nam Thăng Long.
Theo lộ trình dự định, tới cuối năm 2010, cầu Nhật Tân về cơ bản sẽ hợp long phần dây văng và tới 2012 sẽ thông toàn tuyến. Tuy nhiên, với tình trạng ách tắc mặt bằng như hiện nay khiến việc thi công diễn ra chậm chạp thì khả năng hoàn thành đúng tiến độ xem ra là rất khó