Theo đó, xét đề nghị của Bộ Y tế tại báo cáo ngày 14/10 kết quả thực hiện thí điểm tự chủ Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện K theo Nghị quyết số 33 về thí điểm tự chủ 4 bệnh viện thuộc Bộ Y tế, Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam có ý kiến như sau: Việc tiếp tục thực hiện tự chủ Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện K sau thời gian thí điểm, đề nghị Bộ Y tế thực hiện theo quyết nghị của Chính phủ tại Nghị quyết số 33.
Phó Thủ tướng cũng nêu rõ để có căn cứ đề xuất, bổ sung nội dung quy định về tự chủ bệnh viện công lập trong dự thảo Luật Khám chữa bệnh, chữa bệnh, yêu cầu Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, cơ quan tổng kết đánh giá đầy đủ, toàn diện việc thực hiện Nghị quyết số 33.
Chính phủ cũng yêu cầu báo cáo rõ nguyên nhân chưa thực hiện thí điểm tự chủ của Bệnh viện Việt Đức và Bệnh viện Chợ Rẫy và làm rõ bài học kinh nghiệm.
Phó Thủ tướng đề nghị Bộ Y tế chỉ rõ tồn tại, hạn chế, vướng mắc cần phải khắc phục, điều chỉnh. Đồng thời, nêu rõ nguyên nhân trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân đối với các tồn tại, hạn chế và đề xuất, kiến nghị cụ thể các cơ chế, chính sách cần tiếp tục sửa đổi, bổ sung để hoàn thiện cơ chế tự chủ các bệnh viện công lập.
Yêu cầu Bộ Y tế tiếp thu, giải trình đầy đủ ý kiến các bộ, ngành đối với nội dung đánh giá nêu trên, khẩn trương hoàn thiện báo cáo, trình Chính phủ trước ngày 25/11.
Trước đó, ngày 19/5/2019, Chính phủ ban hành Nghị Quyết số 33/NQ-CP phê duyệt đề án thí điểm tự chủ toàn diện đối với 4 bệnh viện: Bạch Mai, K, Việt Đức và Chợ Rẫy.
Vào tháng 8 vừa qua, cả 2 bệnh viện tuyến Trung ương là Bạch Mai và Bệnh viện K đều xin dừng thí điểm tự chủ toàn diện, đề xuất thực hiện theo Nghị định 60 - Đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên (nhóm 2).
Tại buổi Toạ đàm “Các giải pháp để khắc phục tình trạng thiếu thuốc, vật tư y tế” do Cổng Thông tin điện tử Chính phủ tổ chức vào sáng 12/8, PGS.TS Đào Xuân Cơ, Giám đốc Bệnh viện Bạch Mai chia sẻ, 2 năm bệnh viện thực hiện thí điểm tự chủ toàn diện trong điều kiện hết sức khó khăn. Nguyên nhân cốt lõi dẫn đến tình trạng "muôn vàn khó khăn" trong giai đoạn thực hiện tự chủ là giá viện phí không được tính đúng, tính đủ. Giá viện phí của Bệnh viện Bạch Mai phục vụ hơn 95% người bệnh đến khám chữa bệnh có BHYT. Nhưng mức giá này xây dựng cách đây 15-20 năm, khi xây dựng giá BHYT là thu 1 phần viện phí, do vậy giá chỉ được cấu thành 4/7 yếu tố (lẽ ra phải 7/7 yếu tố cấu thành giá). Từ đó đến nay trải qua rất nhiều đợt trượt giá nhưng mức thu vẫn vậy, do đó tổng thu bù chi không đảm bảo, bệnh viện không có một nguồn kinh phí nào khác.
Ngày 14/10/2022, Bộ Y tế đã có báo cáo và kiến nghị dừng thí điểm cơ chế tự chủ theo Nghị quyết 33 ngày 19/5/2019 tại Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện K. Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện K sẽ chuyển sang cơ chế tự chủ theo Nghị định số 60 ngày 21/6/2021 của Chính phủ và các Nghị định của Chính phủ.
Đề xuất dừng thí điểm tự chủ toàn diện bệnh viện 
Tự chủ bệnh viện phải công khai, minh bạch 
