Theo Tổng Công ty, mưa lũ làm toàn bộ hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt tại các khu vực ngập lụt bị hư hỏng nặng, trôi mất cả đường lẫn cầu ở nhiều đoạn, nhất là khu vực đường sắt qua địa phận tỉnh Hà Tĩnh.
Để tháo gỡ khó khăn về nguồn chi phí khắc phục, Tổng Công ty đã đề nghị Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính xem xét, kiến nghị Chính phủ hỗ trợ kinh phí khắc phục hậu quả mưa lũ, sửa chữa kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia bước 1 bằng nguồn vốn dự phòng ngân sách Trung ương cho Đường sắt Việt Nam với kinh phí khoảng 67 tỷ đồng