Công ty CP Hoàn Mỹ (trụ sở đặt tại 2C, Lê Quý Đôn, phường 6, quận 3, TP Hồ Chí Minh) trước khi cổ phần hóa (có 30% vốn nhà nước) là Công ty Kinh doanh chế biến xuất khẩu lương thực, thực phẩm thuộc Tổng Công ty Lương thực miền Nam. Công ty có nhiều đơn vị trực thuộc, trong đó có Xí nghiệp Kinh doanh chế biến lương thực Thới Thuận (gọi tắt là Xí nghiệp Thới Thuận), có trụ sở tại xã Thới Thuận, quận Thốt Nốt, TP Cần Thơ. Đây là đơn vị hạch toán báo sổ.
Cuối năm 2010, khi thực hiện việc xuất hàng theo hợp đồng cung ứng gạo cho Công ty Lương thực sông Hậu thì phát hiện lượng hàng tồn kho tại xí nghiệp Thới Thuận có dấu hiệu bị thiếu hụt nên Công ty CP Hoàn Mỹ đã thành lập đoàn kiểm tra. Kết quả cân đối tiền, hàng tới ngày 13/10/2010 thể hiện Xí nghiệp còn nợ lượng hàng lên đến 8.179,379 tấn, thành tiền trên 64,373 tỷ đồng.
Kết quả làm việc với cơ quan chức năng, cả Ban Giám đốc cho đến kế toán, thủ quỹ, thủ kho của xí nghiệp đều giải trình có 5 nguyên nhân dẫn đến một lượng gạo lớn bị hao hụt... Và theo nội dung giải trình trên, tổng lượng gạo hao hụt là gần 10.000 tấn, chứ không phải chỉ gần 8.200 tấn, và giá trị tính tại thời điểm 2010 (6.725 đồng/kg) tương ứng với số tiền gần 66,5 tỷ đồng.
CQĐT Công an TP Cần Thơ xác định nguyên nhân Xí nghiệp Thới Thuận không báo cáo đúng số liệu hao hụt hàng năm về Công ty là do ông Phạm Ngọc Quý - Giám đốc xí nghiệp sợ… mất uy tín với Công ty, sẽ bị cách chức nên để kéo dài nhằm chờ cơ hội khi giá gạo có giá biến động lớn sẽ làm ăn có lãi, bù đắp vào số gạo đã bị thiếu hụt. Thế nhưng, giá gạo không giảm mà tăng liên tục, lượng gạo ngày càng thiếu hụt nhiều hơn.
Về phía Công ty Hoàn Mỹ, dù có lập các phòng, ban để theo dõi, giám sát quá trình kinh doanh tại xí nghiệp qua việc hàng năm đều có kiểm kê, cân đối hàng hóa nhưng do lượng hàng mua dự trữ của Công ty diễn ra liên tục, dẫn tới lượng gạo tồn kho tại xí nghiệp quá lớn. Vì vậy, quá trình kiểm tra đã không thực hiện được việc cân đong cụ thể mà chủ yếu tin tưởng vào số liệu báo cáo của xí nghiệp nên không kịp thời phát hiện khoản thua lỗ kể trên.
Quá trình điều tra, CQĐT Công an TP Cần Thơ đã không phát hiện có sự gian dối về chứng từ, sổ sách để chiếm đoạt tài sản. Tuy nhiên, Cơ quan điều tra cho rằng nếu thấy nội dung nào chưa phù hợp, đề nghị Công ty CP Hoàn Mỹ thuê một đơn vị chuyên môn để tiến hành kiểm tra, giám định lại để có những số liệu chính xác, khách quan, làm căn cứ xử lý vụ việc theo quy định của pháp luật
