Cụ thể, đối tượng chịu phí sử dụng đường bộ sẽ bao gồm: xe ôtô; máy kéo; rơ moóc, sơ mi rơ moóc được kéo bởi ôtô, máy kéo (sau đây gọi chung là ôtô) và xe mô tô hai bánh, xe môtô ba bánh, xe gắn máy; người nộp phí là chủ sở hữu hoặc người sử dụng phương tiện.
Theo đó, phương thức thu, nộp phí sử dụng đường bộ theo quy định như sau: Đối với xe ôtô đăng ký trong nước: Giao các Trung tâm Đăng kiểm xe cơ giới thu trực tiếp theo đầu phương tiện khi tiến hành kiểm tra định kỳ về an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường phương tiện giao thông cơ giới đường bộ. Đối với xe ôtô đăng ký nước ngoài tạm nhập lưu hành trên lãnh thổ Việt Nam: Giao các Trạm Quản lý vận tải cửa khẩu thuộc các Sở GTVT thu khi phương tiện làm thủ tục nhập cảnh. Đối với xe mô tô: Giao UBND cấp tỉnh quy định cụ thể để UBND cấp xã, phường thực hiện việc thu phí sử dụng đường bộ đối với xe môtô, xe máy.
Các trường hợp môtô, xe máy phát sinh trước ngày 1/1/2013 thì tháng 1/2013 thực hiện khai, nộp phí cả năm 2013, mức thu phí 12 tháng; trường hợp phát sinh từ ngày 1/1/2013 trở về sau sẽ xảy ra hai trường hợp: Thời điểm phát sinh từ ngày 1/1 đến 30/6 hằng năm, chủ phương tiện phải khai, nộp phí đối với môtô, mức thu phí bằng 1/2 mức thu năm; thời điểm khai nộp chậm nhất là ngày 31/7. Đối với xe máy phát sinh từ 1/7 đến 31/12 hằng năm thì chủ phương tiện thực hiện khai, nộp phí vào tháng 1 năm sau (chậm nhất ngày 31/1) và không phải nộp phí đối với thời gian còn lại của năm phát sinh. UBND các phường, xã, thị trấn sẽ triển khai thu phí xuống các tổ dân phố, trưởng khu dân cư và tiến hành như đối với thu một số loại thuế, phí khác mà lực lượng này vẫn đang làm.
Đối với các chủ xe ôtô đang lưu hành thì chậm nhất đến ngày 30/6/2013 phải đến Trạm Đăng kiểm nộp phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện. Bộ Quốc phòng, Bộ Công an thực hiện mua “phí đường bộ toàn quốc” tại Văn phòng Quỹ Bảo trì đường bộ Trung ương. Các xe ôtô (trừ xe của Bộ Quốc phòng, Bộ Công an) không phải chịu phí sử dụng đường bộ trong các trường hợp sau: Bị hủy hoại do tai nạn hoặc thiên tai; bị tịch thu; bị tai nạn đến mức không thể tiếp tục lưu hành phải sửa chữa từ 30 ngày trở lên nếu xe ôtô đó đã được nộp phí sử dụng đường bộ, chủ phương tiện sẽ được trả lại số phí đã nộp, hoặc được trừ vào số phí phải nộp của kỳ sau (áp dụng đối với xe ôtô vẫn tiếp tục được lưu hành sau khi được sửa chữa) tương ứng với thời gian không sử dụng đường bộ. Thủ tục hoàn phí được hướng dẫn cụ thể và thực hiện tại các Trạm Đăng kiểm.
Ngoài ra, Bộ GTVT cũng nói rõ: Kể từ 0h ngày 1/1/2013, các Trạm thu phí đường bộ nộp ngân sách Nhà nước sẽ bị xóa bỏ theo quy định.
Để bảo đảm quản lý chặt chẽ, sử dụng đúng mục đích, hiệu quả số tiền phí thu được, Bộ GTVT cho biết, Bộ này sẽ cùng Bộ Tài chính ban hành Thông tư liên tịch hướng dẫn quản lý và sử dụng Quỹ Bảo trì đường bộ. Theo đó, số tiền phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện tuy nộp vào Quỹ Bảo trì đường bộ nhưng cũng được quản lý, sử dụng chặt chẽ như đối với khoản thu ngân sách Nhà nước và kiểm soát chi qua Kho bạc Nhà nước. Bộ GTVT khẳng định, tiến độ xây dựng và ban hành Thông tư này không ảnh hưởng tới việc thu phí phục vụ Quỹ Bảo trì đường bộ từ ngày 1/1/2013
