Trước mắt sẽ có 3 trạm nằm trong diện xóa bỏ gồm: Trạm thu phí Việt Trì (QL2) do khoảng cách quá gần (28km) với Trạm thu phí BOT đường tránh Vĩnh Yên (Vĩnh Phúc); Trạm thu phí Cầu Hồ (QL38 - Bắc Ninh) do có số thu quá thấp, năm 2009 là 5 tỷ đồng; trạm thu phí km 58 - QL18 do có khoảng cách quá gần (34km) với trạm thu phí Phả Lại.
4 trạm tạm dừng thu phí là trạm thu phí Yên Thành (QL7 - Nghệ An), trạm thu phí Hồng Lĩnh (QL8) và trạm thu phí số 3 - QL14, riêng trạm thu phí Sóc Sơn - QL3 đề nghị chuyển nguyên trạng cho UBND TP Hà Nội vì nằm trên tuyến đường đã bàn giao cho Hà Nội quản lý.
Theo đề nghị của Bộ GTVT, các trạm này tạm dừng thu phí nhưng vẫn giữ nguyên trạng, khi có điều kiện sẽ tiếp tục thu phí