Bảo tàng Phú Yên là công trình chào mừng kỷ niệm 400 năm hình thành Phú Yên (1611-2011) có tổng vốn đầu tư gần 97 tỷ đồng theo hình thức chỉ định thầu liên doanh nhà thầu Công ty TNHH MTV Vạn Tường và Công ty TNHH xây dựng Phú Thuận.
Tuy nhiên, tiến độ công trình xây dựng ì ạch nên đến ngày 3/2/2012 mới khánh thành. Và sau 16 tháng sử dụng, một số hạng mục xây lắp gỗ đã bị hư hỏng, cong vênh, mối mọt, thậm chí nước mưa thấm từ mái bê tông rơi xuống sàn nhà tầng hai