Theo đó, vào mùa lũ (1/9 – 15/12 hàng năm), các hồ: Sông Ba Hạ, Sông Hinh, Krông H’Năng, Ayun Hạ và An Khê - Ka Nak trên lưu vực sông Ba phải vận hành theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên sau: đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình thủy điện Sông Ba Hạ, Krông H’Năng, An Khê - Ka Nak, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước kiểm tra với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 1.000 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình thủy điện Sông Hinh, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước thiết kế với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 200 năm; đảm bảo an toàn tuyệt đối cho công trình hồ chứa Ayun Hạ, không để mực nước hồ chứa vượt cao trình mực nước gia cường ứng với mọi trận lũ có chu kỳ lặp lại nhỏ hơn hoặc bằng 100 năm.
Trong mùa cạn (từ ngày 16/12 - 31/8 năm sau), các hồ phải vận hành các hồ theo nguyên tắc thứ tự ưu tiên: Đảm bảo an toàn công trình; Đảm bảo nhu cầu sử dụng nước tối thiểu ở hạ du; Đảm bảo hiệu quả phát điện. Trong thời kỳ mùa lũ, khi chưa tham gia vận hành giảm lũ cho hạ du, mực nước các hồ chứa không được vượt mực nước cao nhất trước lũ . Cụ thể, đối với hồ sông Ba Hạ 103 m, hồ sông Hinh 207m, hồ Krông H'Năng 252,5 m, hồ Ka Nak 513 m, hồ Ayun Hạ 203 m.
Để giảm lũ cho hạ du, các hồ không được phép sử dụng phần dung tích hồ từ cao trình mực nước dâng bình thường đến cao trình mực nước lũ kiểm tra hoặc mực nước dâng gia cường để điều tiết lũ khi các cửa van của công trình xả chưa ở trạng thái mở hoàn toàn, trừ trường hợp đặc biệt theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ hoặc Trưởng Ban chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai. Việc vận hành giảm lũ cho hạ du phải tuân thủ theo quy định về trình tự, phương thức đóng, mở cửa van các công trình xả, bảo đảm không gây lũ nhân tạo đột ngột, bất thường đe dọa trực tiếp đến tính mạng và tài sản của người dân hạ du. Khi kết thúc quá trình giảm lũ cho hạ du, các hồ phải đưa dần mực nước hồ về cao trình mực nước trước lũ nêu trên
