Mặc dù, thời gian qua, Hà Nội đã đầu tư 115 công trình cấp nước tập trung, trong đó có 94 công trình đang hoạt động. Cùng với các công trình cấp nước tập trung khu vực nông thôn do Nhà nước đầu tư theo Chương trình mục tiêu quốc gia nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn, Hà Nội có khoảng 84% dân số nông thôn được sử dụng nước hợp vệ sinh, nhưng tỷ lệ người dân được sử dụng nước sạch mới chỉ đạt 34%. Nhiều nơi, người dân chủ yếu sử dụng nước giếng khoan, giếng đào, nhưng chất lượng nguồn nước không bảo đảm vệ sinh.
Nhiều xã trên địa bàn Hà Nội đang thiếu nước sạch trầm trọng, như ở xã Chàng Sơn, Thạch Xá (Thạch Thất); Hiệp Thuận (Phúc Thọ); Tam Hưng, Thanh Thùy, Xuân Dương (Thanh Oai); Quảng Phú Cầu, Liên Bạt (Ứng Hòa)…, làm ảnh hưởng đến đời sống, sinh hoạt và phát triển kinh tế địa phương