Đối với các lô hàng không đủ điều kiện nhập khẩu, đơn vị hải quan quản lý phế liệu tiêu hủy thực hiện xây dựng Kế hoạch tổ chức tiêu hủy. Đơn vị hải quan quản lý phế liệu tồn đọng thực hiện lập Biên bản bàn giao các container phế liệu kèm niêm phong của hãng vận tải/niêm phong hải quan đưa đi tiêu hủy cho hội đồng xử lý (tổ giám sát tiêu hủy) tại địa điểm thực hiện tiêu hủy. Tổng cục Hải quan yêu cầu thực hiện giám sát trực tiếp việc tiêu hủy hàng hóa hoặc giám sát bằng phương tiện kỹ thuật khác (nếu có).
Để đảm bảo công tác giám sát, quản lý chặt chẽ việc tiêu hủy phế liệu theo đúng quy định pháp luật, đảm bảo sức khỏe cán bộ công chức hải quan giám sát tiêu hủy phế liệu, cục trưởng cục hải quan các tỉnh, thành phố căn cứ quy định và tình hình thực tế tại đơn vị để quyết định biện pháp giám sát trực tiếp hoặc giám sát bằng các phương tiện kỹ thuật khác như giám sát qua hệ thống camera được kết nối với cơ quan Hải quan; Bên cạnh đó, trước khi thực hiện cắt niêm phong của hãng vận tải/niêm phong hải quan để tiêu hủy hàng hóa, cần chụp ảnh cửa container, chụp ảnh niêm phong trước khi cắt; lập biên bản có xác nhận của các bên liên quan; lưu hình ảnh, biên bản vào hồ sơ xử lý tiêu hủy.
Đặc biệt, Tổng cục Hải quan cũng chỉ đạo xử lý trách nhiệm của công chức có liên quan trong trường hợp phát hiện được các lô hàng phế liệu buộc phải tiêu hủy nhưng không được thực hiện tiêu hủy, thẩm lậu vào nội địa.
Xe đầu kéo chở phế liệu từ Campuchia về Việt Nam 
Dùng địa chỉ "ma" để nhập phế liệu về cảng biển 
