Chuyển hồ sơ, tài liệu đến Bộ Công an điều tra, xử lý theo quy định pháp luật
Theo Thanh tra Chính phủ, kết quả thanh tra cho thấy những sai phạm trong quá trình triển khai 2 dự án có tính hệ thống, vi phạm sau có nguyên nhân từ vi phạm trước; có yếu tố chủ quan xảy ra ở hầu hết các khâu, từ chuẩn bị đầu tư đến thực hiện đầu tư; từ phê duyệt chủ trương, kế hoạch lựa chọn nhà thầu; tổ chức đấu thầu; lựa chọn, ký kết và thực hiện các gói thầu.
Hợp đồng xây dựng ký kết không rõ ràng, không tuân thủ bất kỳ quy định nào tại các văn bản quy phạm pháp luật về hợp đồng trong hoạt động xây dựng. Vừa ký hợp đồng xong thì 8 ngày sau đã phải đề nghị điều chỉnh thiết kế cơ sở. Thi công khi chưa có thiết kế kỹ thuật, chưa có bản vẽ thiết kế thi công và chưa có cả dự toán. Đặc biệt, giá trị lãng phí được phát hiện qua thanh tra tại 2 dự án lên đến hàng nghìn tỷ đồng, cao gấp nhiều lần so với số tiền thiệt hại tạm tính khoảng 100 tỷ đồng.
Từ kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ chuyển hồ sơ, tài liệu vụ việc có dấu hiệu vi phạm các quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng quy định tại Điều 222 Bộ luật Hình sự năm 2015 đến Bộ Công an để xem xét điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật đối với 2 nội dung.
Cụ thể, đối với 4 gói thầu tư vấn cố ý vi phạm quy định pháp luật về đấu thầu xây dựng trong việc trình phê duyệt chủ trương thuê đơn vị tư vấn nước ngoài lập dự án khi chưa rõ về khả năng đáp ứng của đơn vị tư vấn trong nước theo quy định, sử dụng đề xuất tài chính, chi phí tư vấn lập dự án kiến trúc do nhà thầu được chỉ định thầu lập để thẩm tra là trái quy định… Quá trình đấu thầu ký kết hợp đồng đối với gói thầu thiết bị y tế Bạch Mai 1 có nhiều vi phạm, đặc biệt có dấu hiệu vi phạm hành vi bị cấm trong đấu thầu, có sự sai khác trong nội dung yêu cầu của hồ sơ mời thầu…
Xử lý nghiêm trách nhiệm của Bộ trưởng, Thứ trưởng được phân công phụ trách 2 dự án
Căn cứ kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ, kết luận của các cơ quan có thẩm quyền khác và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Y tế kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với Bộ trưởng, Thứ trưởng được phân công phụ trách 2 dự án (theo từng thời kỳ) liên quan đến vi phạm, sai phạm; kiểm điểm theo quy định của pháp luật đối với Thứ trưởng có liên quan đến vi phạm khác của Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm (Ban YTTĐ) được chỉ ra tại kết luận thanh tra.
Đồng thời, tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với: Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế (nay là Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế); người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu đơn vị (theo từng thời kỳ) có liên quan vi phạm, sai phạm; Giám đốc Ban YTTĐ, Phó Giám đốc Ban YTTĐ, Kế toán trưởng, Phòng Kỹ thuật - Dự toán, Phòng Tài chính - Kế toán, Tổ chuyên gia đấu thầu, Tổ thẩm định (do Chủ đầu tư thành lập); người đứng đầu, cấp phó của Người đứng đầu các đơn vị và cá nhân (theo từng thời kỳ) có liên quan đến vi phạm, sai phạm, đồng thời có hình thức xử lý kỷ luật nghiêm minh theo quy định của pháp luật.
Bộ Y tế tổ chức kiểm điểm theo quy định của pháp luật đối với những thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm khác thuộc trách nhiệm của Bộ Y tế (theo từng thời kỳ) đã được nêu tại kết luận thanh tra, báo cáo cấp có thẩm quyền; chỉ đạo các đơn vị thuộc Bộ Y tế, Ban YTTĐ kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo quy định của pháp luật (theo từng thời kỳ) đối với những thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm khác thuộc trách nhiệm của đơn vị nêu tại kết luận thanh tra, chấn chỉnh công tác quản lý, có giải pháp khắc phục ngay những hạn chế, thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm đã được chỉ ra tại kết luận thanh tra.
Chuyển hồ sơ dự án Bệnh viện Bạch Mai, Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2 tới Bộ Công an xem xét, điều tra 
Thanh tra Chính phủ vào cuộc dự án xây dựng cơ sở 2 Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện Việt Đức 
