Theo ông Nguyễn Ngọc Túc - Tổng Cục trưởng Tổng cục Hải quan, từ 16/12/2012 đến 15/12/2013, ngành Hải quan đã phát hiện, bắt giữ được 22.012 vụ việc vi phạm, trong đó có 677 vụ việc liên quan đến ma túy, trị giá hàng hoá vi phạm ước tính trên 565 tỷ 426 triệu đồng (số vụ vi phạm giảm 9,2%, trị giá tăng 9,36% so với năm 2012). Số đã xử lý, thu nộp ngân sách đạt 148 tỷ 827 triệu đồng; Cơ quan Hải quan ra quyết định khởi tố 30 vụ, chuyển cơ quan khác khởi tố 45 vụ. Đặc biệt, năm 2013, ngành đã kịp thời cảnh báo hiện tượng, phương thức thủ đoạn gian lận nổi cộm mà các đối tượng buôn lậu, gian lận thương mại sử dụng nhất là trong việc hoàn thuế VAT.
Qua kiểm tra hàng hóa XK ở khu vực biên giới, Tổng cục Hải quan đã nghi vấn một số DN xuất khống hàng hóa số lượng lớn để xin hoàn thuế VAT. Theo đó, lực lượng chống buôn lậu TCHQ đã mở các chuyên án điều tra hoạt động gian lận thuế của các DN tại khu vực Tây Nam Bộ và Tây Nguyên. Tại tỉnh An Giang, cơ quan hải quan phát hiện Công ty CP Thực phẩm công nghệ Sài Gòn đã xuất khống thuốc lá trị giá hơn 23 tỷ đồng để xin hoàn thuế VAT. Do tính chất nghiêm trọng, Cục Điều tra chống buôn lậu đã khởi tố vụ án, điều tra làm rõ các sai phạm của DN này. Cũng bằng thủ đoạn tương tự, Công ty TNHH Phú An An đã xuất khống số hàng trên 4 tỷ đồng nhằm chiếm đoạt tiền hoàn thuế…
Ông Nguyễn Ngọc Túc cho rằng, từ những vụ việc bị phát hiện, cơ quan hải quan đã điều tra tập trung vào các DN thường xuyên kinh doanh hàng hóa quá cảnh, chuyển khẩu, tạm nhập tái xuất… Riêng tại tỉnh An Giang, sau khi cơ quan hải quan kiểm tra, xử lý DN gian lận thuế thì số DN tham gia hoạt động XNK hàng hóa "bỗng" giảm tới 40%.
Theo nhận định của hải quan, số DN bỗng dưng "biến mất" chủ yếu là DN "ma", được lập ra để xuất khống hàng, chiếm đoạt tiền hoàn thuế, gây thất thoát cho ngân sách. Gian lận trong việc hoàn thuế VAT không còn mới, nhưng lại diễn biến phức tạp, như: Gian lận trong việc hoàn thuế GTGT của các doanh nghiệp kinh doanh XNK... Theo đó, ngành đã tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan với các loại hình, mặt hàng trọng điểm như kiểm tra các đầu mối kinh doanh tạm nhập - tái xuất xăng, dầu; khoáng sản xuất khẩu…; các lĩnh vực, mặt hàng có rủi ro cao (trị giá thiết bị điện tử, điện lạnh, trị giá hàng hiệu như Gucci, Milano; mã số, thuế suất mặt hàng linh kiện ôtô, xe máy, linh kiện điện tử,...). Từ đó, tăng cường công tác theo dõi, đánh giá việc tuân thủ, chấp hành pháp luật của doanh nghiệp tham gia hoạt động XNK.
Tính đến ngày 25/12/2013 đã có 2.264 doanh nghiệp được đánh giá tuân thủ pháp luật, trong đó 837 doanh nghiệp tuân thủ tốt, 819 doanh nghiệp tuân thủ chưa tốt và 608 doanh nghiệp tuân thủ ở mức độ trung bình.
Năm 2014, dự báo dự báo kinh tế vẫn chưa thoát khỏi trì trệ, tiếp tục tăng trưởng nhưng chậm. Hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp trong nước vẫn còn nhiều khó khăn. Những khó khăn của nền kinh tế sẽ ảnh hưởng rất lớn tới việc thực hiện nhiệm vụ mà Quốc hội, Chính phủ, Bộ Tài chính giao cho Tổng cục Hải quan. Vì vậy, để hoàn thành chỉ tiêu thu NSNN, ngành Hải quan tập trung cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hóa hải quan, tiếp tục tạo thuận lợi cho các hoạt động xuất nhập khẩu. Phấn đấu hoàn thành dự toán thu ngân sách năm 2014, thu hồi các khoản nợ thuế có khả năng thu, hạn chế phát sinh nợ mới...