Thời kỳ thanh tra từ ngày 1/1/2007 đến ngày 31/12/2017. Nội dung thanh tra về việc xây dựng, tổ chức thực hiện quy hoạch DL; việc chấp hành chính sách pháp luật về kinh doanh DL, đầu tư DL; việc cổ phần hoá doanh nghiệp du lịch. Tại tỉnhThừa Thiên - Huế, kết luận Thanh tra Chính phủ 2123 cho rằng, về công tác xây dựng, tổ chức thực hiện quy hoạch DL chưa thực hiện việc thông báo quy hoạch theo quy định; phê duyệt quy hoạch điều chỉnh tổng thể phát triển DL, không có ý kiến tham gia của Bộ VH-TT&DL; chưa có văn bản cụ thể hóa quy hoạch, kế hoạch, cơ chế, chính sách phát triển du lịch của địa phương; chưa có văn bản cụ thể hướng dẫn tổ chức thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch và chính sách phát triển du lịch.
Bên cạnh đó, việc quy hoạch cụ thể phát triển DL cho các khu chức năng trong khu du lịch địa phương chưa được lập, phê duyệt; chưa có khu DL, điểm DL của địa phương được UBND tỉnh ban hành quyết định công nhận; quy hoạch tổng thể phát triển DL các huyện, thành phố chưa được phê duyệt. Tỉnh Thừa Thiên-Huế thực hiện chưa đạt các chỉ tiêu quy hoạch đề ra về lượt khách tham quan lưu trú, thu nhập xã hội từ DL, cơ sở lưu trú, lao động và làm việc; chưa tổ chức sơ kết, tổng kết đánh giá việc thực hiện quy hoạch tổng thể phát triển DL trước khi phê duyệt điều chỉnh quy hoạch tổng thể phát triển đến năm 2015 và định hướng đến năm 2020.
Đối với việc chấp hành chính sách pháp luật trong thực hiện DA đầu tư phát triển DL, đa số các DA chậm tiến độ, chậm hoàn thành việc xây dựng các hạng mục đã được phê duyệt mặc dù đã được cơ quan có thẩm quyền cho cam kết, gia hạn tiến độ thực hiện DA. Thanh tra Chính phủ đã chỉ ra nhiều sai phạm tại 11 dự án DL có quy mô trên địa bàn.
Đáng chú ý, là DA Khu nghỉ dưỡng Bãi Chuối Việt Nam tại thị trấn Lăng Cô (huyện Phú Lộc), từ khi được cấp giấy chứng nhận đầu tư đến nay đã hơn 10 năm nhưng nhà đầu tư vẫn chưa triển khai thực hiện. Đối với DA Đầu tư khu nghỉ dưỡng Nama (Nama Resort) tại TP Huế, việc thực hiện góp vốn điều lệ của các cổ đông không đúng thời hạn.
Về thực hiện công tác giải phóng mặt bằng và tái định cư, UBND TP Huế ra thông báo chủ trương thu hồi đất để thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng phục vụ DA, nhưng sau đó, Sở TN&MT tỉnh đã có văn bản nêu: “Theo quy định của Luật Đất đai năm 2013 thì DA nêu trên không thuộc trường hợp được Nhà nước thu hồi đất mà nhà đầu tư phải thỏa thuận, nhận chuyển nhượng, góp vốn hoặc thuê quyền sử dụng đất”.
Tuy nhiên, UBND tỉnh Thừa Thiên-Huế đã đồng ý nguyên tắc cho tiếp tục thực hiện DA và áp dụng hình thức thu hồi đất để thực hiện DA; đồng thời giao Sở TNMT, UBND TP Huế hướng dẫn Công ty TNHH Đầu tư Du lịch Kinh Thành (chủ đầu tư) thực hiện đăng ký nhu cầu sử dụng đất và tham mưu UBND tỉnh phê duyệt bổ sung kế hoạch sử dụng đất hàng năm của TP Huế để có cơ sở cho tiếp tục thực hiện chuyển tiếp DA theo quy định tại điểm a Khoản 1 Điều 99 Nghị định 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ. Hiện nay, DA vẫn chưa được khởi công thực hiện và chậm tiến độ…
Đối với DA Laguna Việt Nam, trong giấy chứng nhận đầu tư thay đổi lần 5 cấp ngày 12/8/2012 có mục tiêu xây dựng biệt thự - căn hộ kinh doanh bất động sản du lịch (loại đất ở) với diện tích 60ha, thời hạn hoạt động là 70 năm kể từ ngày ký hợp đồng thuê đất. Việc xác định này là chưa đúng quy định về phân loại đất theo Luật Đất đai năm 2013, chưa thực hiện xác định lại số tiền thuê đất chủ đầu tư phải nộp đối với phần diện tích đất giảm thời gian miễn tiền thuê đất.
Trong khi đó, DA Khu du lịch quốc tế Thuận Phong, thời điểm thanh tra, nhà đầu tư vẫn chưa tiến hành khởi công theo đúng yêu cầu tiến độ thực hiện dù DA đã được UBND tỉnh Thừa Thiên-Huế giãn tiến độ lần thứ hai. Bên cạnh đó, DA Khu nghỉ dưỡng huyền thoại Địa Trung Hải, nhà đầu tư chưa thực hiện nộp đầy đủ số tiền ký quỹ theo cam kết đầu tư ký ngày 13/7/2011 với Ban quản lý Khu kinh tế Chân Mây - Lăng Cô (nộp 3,3 tỷ đồng/8 tỷ đồng).
Việc xác định 20.638m2 đất biệt thự kinh doanh bất động sản DL là loại đất ở trong giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần 3 ngày 1/6/2017 là chưa đúng quy định về phân loại đất theo Luật Đất đai năm 2013. Tổng thời gian DA được gia hạn tiến độ qua 2 lần điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư (tính theo thời điểm hoàn thành dự án) là 87 tháng.
Thời gian không sử dụng đất liên tục là 48 tháng. Đối với Khu du lịch nghỉ dưỡng, sân golf Lăng Cô, thời điểm thanh tra, DA chưa được khởi công, chậm tiến độ khởi công theo giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần 3 là 14 tháng. Về đầu tư xây dựng sân golf 27 lỗ, trong cả 2 lần cấp giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh, dự án đầu tư xây dựng chưa được lập, chưa được thẩm định, phê duyệt và chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường...
Trước các sai phạm được nêu trên, Thanh tra Chính phủ yêu cầu UBND tỉnh Thừa Thiên-Huế thu hồi giấy chứng nhận đầu tư, quyết định phê duyệt chủ trương đầu tư đối với dự án Khu nghỉ dưỡng Bãi Chuối Việt Nam. Chỉ đạo các cơ quan chức năng rà soát, điều chỉnh tiến độ dự án đầu tư khu nghỉ dưỡng Nama (Nama Resort), có phương án xử lý phù hợp với Luật Di sản văn hóa và quy định pháp luật liên quan.
Chỉ đạo Ban Quản lý Khu kinh tế, công nghiệp tỉnh đôn đốc chủ đầu tư là Công ty CP Tập đoàn Xây dựng và phát triển nhà Vicoland tập trung nguồn vốn đẩy nhanh tiến độ hoàn thành dự án Khu nghỉ dưỡng huyền thoại Địa Trung Hải; điều chỉnh nội dung loại đất ở của 20.638m2 đất là loại đất biệt thự kinh doanh bất động sản du lịch trong giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh lần 3 ngày 1/6/2017 theo đúng quy định về phân loại đất theo Luật Đất đai năm 2013; thực hiện nộp đầy đủ số tiền ký quỹ theo đúng cam kết đầu tư và đúng quy định của pháp luật.
Yêu cầu xác định lại chính xác số tiền thuê đất phải nộp khi điều chỉnh thời gian miễn nộp tiền thuê đất từ 15 năm xuống còn 11 năm của DA Laguna Việt Nam đảm bảo tính đúng, tính đủ, không để thất thoát ngân sách Nhà nước...
Bên cạnh đó, Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra một số sai phạm tại các dự án DL khác trên địa bàn và yêu cầu tỉnh Thừa Thiên-Huế đôn đốc, khẩn trương xử lý; trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì chuyển cơ quan điều tra xử lý theo đúng quy định...
Sai phạm tại Dự án mở rộng Làng Du lịch sinh thái Mỹ Khánh 
Chưa khắc phục sai phạm, Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài lại xin phân lô bán nền 
