Phân viện Khoa học hình sự (KHHS) – Bộ Công an tại TP Hồ Chí Minh được thành lập theo Quyết định số: 5109 QĐ/BNV ngày 11-11-1986 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ (nay là Bộ Công an). Tiền thân của phân viện là lực lượng KGB5B gồm các đồng chí kĩ thuật hình sự (KTHS) chi viện cho chiến trường miền Nam trước và sau giải phóng. KGB5B có nhiệm vụ tiếp quản, khai thác cơ sở vật chất của Sở Giảo nghiệm và Sở Căn cước văn khố do Mỹ - ngụy để lại; lập căn cước ngụy quân, ngụy quyền ra trình diện cách mạng và các đối tượng khác; khám nghiệm hiện trường và giám định dấu vết các vụ án chính trị, hình sự; đào tạo hướng dẫn công tác KTHS cho các địa phương phía Nam.
Trải qua 26 năm phấn đấu và trưởng thành với nhiều gian nan và vất vả, Phân viện KHHS tại TP Hồ Chí Minh đã có những đóng góp ngày càng to lớn vào nhiều nhiệm vụ quan trọng của lực lượng Công an nói riêng, và của đất nước nói chung.
Trong 26 năm qua, Phân viện KHHS đã trực tiếp tham gia khám nghiệm hiện trường gần 1.600 vụ việc thuộc các lĩnh vực như: cháy, nổ, giết người, cướp tài sản, trộm tài sản... Các vụ khám nghiệm đều được tiến hành khẩn trương, tỉ mỉ, kết luận nguyên nhân chính xác, giúp các cơ quan chức năng có cơ sở tiến hành áp dụng các biện pháp nghiệp vụ tiếp theo để phục vụ cho công tác điều tra phá án.
Điển hình như vụ cháy tòa nhà Trung tâm Thương mại Quốc tế ITC xảy ra ngày 29/10/2002 làm chết 60 người và bị thương 90 người. Bằng những chứng cứ khoa học rõ ràng, Phân viện KHHS đã xác định đúng đắn được nguyên nhân gây cháy tòa nhà trong khi ở thời điểm đó, có nhiều luồng ý kiến trái chiều cho rằng đó là một vụ tấn công khủng bố, làm người dân hoang mang.
Cũng trong giai đoạn này, Phân viện KHHS đã tiến hành làm công tác giám định hơn 97 nghìn vụ, trong đó, có nhiều lĩnh vực giám định đã lập những chiến công xuất sắc. Trong đó, riêng giám định tài liệu là hơn 53 nghìn vụ, góp phần trong truy xét, vạch mặt bọn phản cách mạng ẩn náu, làm trong sạch nội bộ Đảng, chính quyền sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, cũng như giám định phục vụ cho công tác điều tra các vụ án hình sự, dân sự theo yêu cầu của cơ quan tố tụng. Điển hình như giám định vụ Nguyễn Hội (một chức sắc trong Phật giáo, đã viết cương lĩnh cho tổ chức phản động trong thời gian 20 năm), nhờ phương pháp giám định mới xác định được chữ viết của y và buộc y phải nhận tội.
Giám định dấu vết đường vân là lĩnh vực mà từ khi thành lập đến nay, Phân viện KHHS đã bắt tay vào đấu tranh gần 2.000 vụ việc, phục vụ đắc lực cho công tác truy tìm đối tượng.
Ngoài ra, trong 26 năm qua, Phân viện KHHS còn tổ chức giám định hàng nghìn vụ ở nhiều lĩnh vực chuyên môn khác như giám định dấu vết công cụ - súng đạn, giám định hóa – pháp y – sinh vật, giám định cháy nổ - sự cố kỹ thuật, công tác kỹ thuật phòng, chống tội phạm...
Bên cạnh đó, Phân viện KHHS còn chú trọng đến công tác xây dựng lực lượng, đào tạo cán bộ KTHS có đủ trình độ, năng lực chuyên môn đảm trách công tác KTHS ở các địa phương. Trực tiếp cũng như phối hợp, giúp đỡ Công an các địa phương mở nhiều lớp đào tạo nghiệp vụ; tham gia giảng dạy nghiệp vụ tại Trường Đại học Cảnh sát, Đại học An ninh, Học viện Tư pháp và Trường Cao đẳng Kiểm sát; tổ chức kèm cặp trực tiếp cho cán bộ địa phương tại phân viện. Ngoài ra, phân viện còn tổ chức giao ban lực lượng KTHS các tỉnh phía Nam định kỳ nhằm trao đổi, hướng dẫn nghiệp vụ, biểu dương kịp thời gương người tốt, việc tốt, chỉ rõ những tồn tại, thiếu sót trong công tác.
Cũng trong giai đoạn này, Phân viện KHHS luôn chú trọng vào công tác nghiên cứu khoa học. Theo đó, phân viện đã được hội đồng khoa học các cấp giao nghiên cứu hàng chục đề tài khoa học cấp bộ và cấp cơ sở.
Từ những thành quả to lớn đã đạt được, trong 26 năm qua, Phân viện KHHS đã vinh dự được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Chiến công hạng nhì, được Chính phủ tặng nhiều bằng khen, nhiều năm liền đạt danh hiệu “Đơn vị Quyết thắng”, chi bộ trong sạch vững mạnh. Ngoài ra, phân viện cũng còn có nhiều lượt CBCS được Chính phủ, Bộ Công an, UBND các tỉnh, thành phố trao tặng nhiều phần thưởng, danh hiệu cao quí
