Tìm hiểu được biết, năm 2012, chợ Phú Bài được UBND tỉnh cho phép Công ty VP Đầu tư Trung Quý - Huế (Công ty Trung Quý) thuê đất với diện tích 16.838,2m2, thời hạn thuê đất đến 3/6/2060. Công trình chợ Phú Bài được Sở Xây dựng cấp giấy phép xây dựng số 22/GPXD ngày 11/6/2012 cho Công ty Trung Quý, sau đó, được Sở Kế hoạch & Đầu tư cấp Giấy chứng nhận đầu tư số 2446534571 ngày 18/3/2016 thay đổi lần thứ nhất cho nhà đầu tư Công ty TNHH MTV Vạn Thành Phát - Phú Bài Huế (Công ty Vạn Thành Phát).
Đến tháng 10/2016, chợ Phú Bài chính thức đi vào hoạt động, chủ sở hữu là Công ty Vạn Thành Phát. Tuy nhiên, thời gian qua, tiểu thương chợ Phú Bài đã khiếu nại có nhiều dấu hiệu khuất tất của chủ đầu tư khi xây dựng chợ Phú Bài. Trước tình hình đó, UBND thị xã Hương Thủy đã vào cuộc và tháng 11/2022 đã có kết luận, chỉ ra nhiều sai phạm trong việc đầu tư xây dựng chợ Phú Bài.
Cụ thể, chợ Phú Bài có 10 hạng mục xây dựng vi phạm, thay đổi, điều chỉnh so với giấy phép xây dựng; 2 hạng mục đã xây dựng không có trong bản vẽ; tổng diện tích xây dựng vi phạm, không phù hợp với chỉ giới ở thời điểm xây dựng theo GPXD số 22 là 956,71m2. Tại thời điểm xây dựng, chủ đầu tư (trước ngày 18/3/2016 là Công ty CP Đầu tư Trung Quý - Huế, từ ngày 18/3/2016 đến nay là Công ty Vạn Thành Phát) tiến hành xây dựng và để các tiểu thương tự ý xây dựng vi phạm chỉ giới, không đúng với giấy phép được cấp và phương án được phê duyệt.
Đáng nói, dù chợ Phú Bài được UBND thị xã Hương Thủy phê duyệt số lượng lô quầy kinh doanh là 450 lô, nhưng Công ty Vạn Thành Phát đã tự ý phân thành 644 lô, trong đó có các lô chưa xây dựng, kinh doanh nhưng đã chuyển nhượng, chênh lệch tăng đến 194 lô gây bức xúc cho các tiểu thương. Đối với các lô quầy mặt tiền đường đường Nguyễn Huy Tưởng và Nguyễn Đình Xướng (phường Phú Bài, thị xã Hương Thủy) dù chưa được phê duyệt phương án chuyển nhượng nhưng chủ đầu tư đã tiến hành chuyển nhượng và tổ chức kinh doanh.
Liên quan đến khai thác, chuyển nhượng lô quầy, cơ bản toàn bộ lô quầy theo hiện trạng phân lô tại chợ Phú Bài đã được chủ dự án chuyển nhượng cho tiểu thương với thời hạn 44 năm (kể từ năm 2016). Nhưng, đa số tiểu thương không có hợp đồng chuyển nhượng, chỉ có giấy chứng nhận lô quầy. Một số tiểu thương cho biết, sau khi họ nộp đủ tiền thì Công ty Vạn Thành Phát thu hồi hợp đồng, phiếu thu tiền và cấp giấy chứng nhận lô quầy. Và để được cấp giấy chứng nhận, chúng tôi phải nộp lệ phí cho công ty.
Theo ông Nguyễn Thanh Minh, Chủ tịch UBND thị xã Hương Thủy, ngoài những sai phạm nói trên, những sai phạm của Công ty Vạn Thành Phát tại chợ Phú Bài còn liên quan đến việc mua bán lô quầy không ký hợp đồng; một số giấy chứng nhận lô quầy ghi không đúng mục đích sử dụng, gây hiểu nhầm, dẫn đến tình trạng các tiểu thương vừa ở vừa kinh doanh; một số ki ốt mặt tiền chưa xây dựng hoặc xây dựng một phần nhưng đã chuyển nhượng, sau đó tiểu thương tự xây dựng, cải tạo.
Cụ thể, có 13 lô chuyển nhượng khi chưa xây dựng; 11 lô chuyển nhượng khi xây dựng một phần; tự phân 115 lô và 1 khu mặt bằng 350m2 để chuyển nhượng tại những khu vực không thiết kế lô; tự phân tăng thêm 60 ki-ốt những khu vực thiết kế lô dài nhưng khi xây dựng cắt thành lô ngắn và thêm một số lô những vị trí đất trống; phân thành nhiều lô nhỏ thời gian sử dụng 44 năm… Việc chủ đầu tư chuyển nhượng mặt bằng khi chưa xây dựng vừa không đúng quy định, vừa gây hiểu nhầm cho tiểu thương là chuyển nhượng quyền sử dụng đất có thời hạn 44 năm, trong khi chủ đầu tư được Nhà nước cho thuê đất trả tiền hàng năm và chỉ được quyền cho thuê mặt bằng kinh doanh sau khi đã tiến hành đầu tư, xây dựng theo dự án đầu tư đã được phê duyệt. Điều này dẫn đến tranh chấp, vi phạm trật tự xây dựng.
Cũng theo ông Nguyễn Thanh Minh, đối với 11 lô chuyển nhượng khi mới xây dựng một phần và 243 lô không đúng với phương án được phê duyệt, do các tiểu thương đã nhận chuyển nhượng thời hạn 44 năm, đang ổn định kinh doanh, để tránh xáo trộn, đảm bảo quyền lợi của tiểu thương, thị xã đồng ý để các tiểu thương tiếp tục quản lý, kinh doanh (trừ phần diện tích xây dựng vi phạm chỉ giới). Ngoài ra, việc chủ đầu tư bố trí, cho thuê, chuyển nhượng lô quầy dọc đường Sóng Hồng (phường Phú Bài, thị xã Hương Thủy) với 47 lô quầy, 1 căn bảo vệ và 1 mặt bằng kinh doanh là vi phạm trật tự xây dựng, không đúng với phương án đã được phê duyệt, không đảm bảo trật tự an ninh, an toàn, ảnh hưởng mỹ quan đô thị.
Vì vậy, trước mắt, UBND thị xã Hương Thủy yêu cầu Công ty Vạn Thành Phát phải thanh lý hợp đồng với tiểu thương, thỏa thuận chuyển sang vị trí phù hợp khác để đảm bảo quyền lợi của tiểu thương, tháo dỡ các hạng mục vi phạm.
Bên cạnh đó, Công ty Vạn Thành Phát phải điều chỉnh phương án quản lý, khai thác, kinh doanh lô quầy; điều chỉnh, bổ sung giấy phép xây dựng đối với các hạng mục đủ điều kiện cấp giấy phép; những hạng mục không đủ điều kiện tồn tại buộc tháo dỡ, khắc phục hậu quả theo quy định pháp luật. Đối với các lô hiện đang là đất trống, Công ty Vạn Thành Phát phải rà soát, thỏa thuận với tiểu thương để thống nhất các nội dung liên quan, xây dựng lô quầy đảm bảo đúng quy định hoặc tiến hành thanh lý hợp đồng để tiếp tục thực hiện dự án đầu tư sau đó cho tiểu thương thuê, sử dụng điểm kinh doanh theo quy định của dự án đầu tư và phương án quản lý kinh doanh được duyệt…
UBND thị xã Hương Thủy khẳng định, trách nhiệm các vi phạm về trật tự xây dựng thuộc về chủ đầu tư đã cố tình xây dựng công trình vi phạm chỉ giới, xây dựng không đúng giấy phép, chưa được cấp phép, không đúng với phương án được phê duyệt. Các công trình tại chợ Phú Bài do Sở Xây dựng cấp giấy phép xây dựng. Do đó, cơ quan có thẩm quyền, trách nhiệm chính trong việc kiểm tra, xử lý vi phạm về trật tự xây dựng là Thanh tra Sở Xây dựng. Ngoài ra, UBND phường Phú Bài, Đội Quy tắc đô thị thiếu kiểm tra, phát hiện, cung cấp thông tin, kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật về quản lý trật tự xây dựng…
Xây chợ làm tắc cống thoát nước gây ô nhiễm môi trường 
Tốn tiền xây chợ phiên miền núi rồi bỏ hoang 
