Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh đã kiểm soát chặt chẽ, kiên quyết đấu tranh với những trường hợp sai phạm, lợi dụng loại hình dịch vụ quá cảnh xuất sang Campuchia qua cửa khẩu đường bộ các tỉnh biên giới Tây Nam nhằm buôn lậu, đánh tráo hàng hóa. Tuy nhiên, các đối tượng buôn lậu đã lợi dụng hình thức quá cảnh để vận chuyển hàng cấm, hàng lậu, hàng phải có giấy phép, hàng giả mạo nhãn hiệu, vi phạm về xuất xứ, tự ý tiêu thụ hàng quá cảnh tại thị trường Việt Nam.
Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 đã làm thủ tục quá cảnh cho trên 38.500 tờ khai hải quan, với số lượng gần 82.500 container hàng hoá của hơn 40 doanh nghiệp làm thủ tục hàng quá cảnh. Mỗi ngày, Chi cục đã giải quyết thông quan hàng quá cảnh cho khoảng 250-300 container, các thủ tục đều được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 cũng phối hợp với các lực lượng chống buôn lậu của Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh phát hiện, xử phạt 676 vụ vi phạm liên quan đến hàng hoá quá cảnh trong tổng số 1.300 lô hàng có nghi vấn tạm dừng để kiểm tra thực tế (chỉ chiếm 1,3% trong tổng số lô hàng thực hiện quá cảnh tại Chi cục) với tổng trị giá hàng hoá vi phạm gần 75 tỷ đồng, tỷ lệ phát hiện vi phạm chiếm 52%.
Ngoài ra, Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 đã phát hiện, bắt giữ, khởi tố đối với 1 doanh nghiệp nhập khẩu 2 container máy móc đã qua sử dụng và 1 doanh nghiệp xuất nhập khẩu hàng hoá xuất nhập khẩu giả mạo xuất xứ, trị giá ước tính hơn 70 tỷ đồng...
Điều tra vụ buôn lậu núp bóng hàng quá cảnh qua Cửa khẩu Quốc tế Lao Bảo 
Buôn lậu xuyên quốc gia bằng thủ đoạn “rút ruột” hàng quá cảnh 
