ĐBSCL được coi là vùng sản xuất nông nghiệp trọng điểm của cả nước với 3 sản phẩm chủ lực là lúa gạo, thủy sản và trái cây. Hàng năm, khu vực này cung cấp trên 50% sản lượng lương thực cho cả nước.
Ngoài lúa gạo, ĐBSCL còn là vùng nuôi trồng thủy sản lớn nhất nước với sản lượng chiếm 58% cả nước; riêng tôm chiếm 80% và đóng góp trên 60% kim ngạch xuất khẩu thủy sản của cả nước. ĐBSCL hiện có diện tích nuôi trồng thủy sản nước mặn, nước lợ khoảng 890.000ha; diện tích nuôi trồng thủy sản nước ngọt khoảng 480.000ha... Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đã đạt được thì vẫn còn nhiều bất cập, khó khăn trong quá trình triển khai tái cơ cấu nông nghiệp. Tình trạng “được mùa, mất giá” diễn ra liên tục gây thiệt hại cho người nông dân; tỷ lệ thất thoát sau thu hoạch còn lớn. Mặc dù mô hình cánh đồng mẫu lớn đang phát huy hiệu quả tốt nhưng quy mô của chương trình này vẫn còn hẹp vì hiện toàn vùng có gần 3 triệu ha đất trồng lúa, trong khi diện tích áp dụng mô hình này mới chỉ chiếm chưa đến 20%. Thực trạng nuôi trồng và khai thác thủy sản tự phát tràn lan ngoài quy hoạch, điển hình như con tôm và cá tra, sau một thời gian cho hiệu quả kinh tế cao nông dân đã ồ ạt nuôi tự phát không theo khuyến cáo của ngành chức năng đã dẫn đến tình trạng sản lượng tăng nhanh trong khi cơ sở chế biến và khâu chuẩn bị cho thị trường tiêu thụ chưa tốt. Hệ quả là dịch bệnh bùng phát, ô nhiễm môi trường... gây thiệt hại lớn cho nông dân…
