Nguyên do dẫn đến tình trạng trên xuất phát từ việc bồi thường, hỗ trợ những người trực tiếp quản lý, sử dụng đất chưa thỏa đáng. Trong khi đó, để giải phóng mặt bằng phục vụ dự án trên, ngày 8/5/2023, UBND huyện Bình Chánh đã có quyết định phê duyệt chính sách bồi thường, hỗ trợ, tái định cư (TĐC) khá cụ thể.
Trong quyết định này, UBND huyện Bình Chánh xác định, chiều dài tuyến Vành đai 3 qua địa bàn huyện khoảng 15km, chiều rộng 74,5m đi qua các xã Phạm Văn Hai, Lê Minh Xuân và Bình Lợi. Tổng diện tích đất thuộc phạm vi dự án cần thu hồi là 145,9ha, gồm: đất do nhà nước quản lý là 6,3ha; đất do các hộ dân quản lý hơn 31 ha; đất của 6 công ty là 32,5ha và đất do công ty giao khoán cho các hộ dân lên đến 75,6ha. Việc thu hồi đất để phục vụ dự án đường Vành đai 3 sẽ ảnh hưởng đến 393 hộ gia đình, cá nhân và tổ chức trên địa bàn 3 xã. Nhiều nhất là xã Phạm Văn Hai với 229 trường hợp, trong đó có 55 hộ nhận khoán đất; xã Lê Minh Xuân với 118 trường hợp thì cũng có đến 11 hộ nhận khoán.
Mặc dù là quyết định về giải phóng mặt bằng và chính sách bồi thường, hỗ trợ, TĐC, nhưng UBND huyện Bình Chánh vẫn phải đưa ra dự kiến chỉ có 128 trường hợp đủ điều kiện TĐC và dự kiến 47 trường hợp không đủ điều kiện TĐC. Điều này cho thấy, việc kiểm tra, xác minh tình hình thực tế sử dụng đất, nguồn gốc đất trước đó chưa chắc chắn và chính xác.
Tổng số tiền bồi thường, hỗ trợ, TĐC được UBND huyện Bình Chánh dự toán lên tới mức 455 tỷ đồng, trong đó bồi thường về đất ở chỉ có hơn 18,3 tỷ đồng nhưng bồi thường về đất nông nghiệp trồng cây hàng năm lên đến hơn 150 tỷ đồng và bồi thường đất trồng cây lâu năm hơn 179 tỷ đồng. Thậm chí khoản hỗ trợ đào tạo, chuyển đổi nghề nghiệp và tìm kiếm việc làm cho người bị thu hồi đất cũng đã lên đến 27,6 tỷ đồng và khoản dự phòng phí lên đến hơn 40 tỷ đồng.
Tuy vậy, do Ban bồi thường giải phóng mặt bằng (BBT GPMB) huyện Bình Chánh và Công ty TNHH MTV cây trồng thành phố không đưa ra các căn cứ thực tế là văn bản ngày 2/8/2017 do ông Hứa Văn Hưng, Giám đốc Công ty Cây trồng thành phố ký, gửi các hộ nhận khoán đất của công ty cho phép họ tiếp tục thực hiện các điều khoản trong hợp đồng nhận khoán đất đã hết hạn; các biên lai thu tiền của hộ nhận khoán từ thời điểm đó đến năm 2024 cũng như tình hình sản xuất nông nghiệp thực tế trên đất để đưa ra mức bồi thường, hỗ trợ phù hợp. Ngược lại, 2 đơn vị trên cho rằng người dân đã hết hạn hợp đồng nên không được hỗ trợ chi phí đầu tư vào đất còn lại. Từ đó dẫn đến việc chỉ bồi thường cây trồng trên đất với mức giá rất thấp. Chẳng hạn, hộ bà Nguyễn Thị Dương Hoa bị thu hồi phần diện tích 1.360m2 để phục vụ dự án, nhưng chỉ nhận được 22,8 triệu đồng là tiền bồi thường cho số cây trồng lâu năm trên đất.
Đến nay, nhiều hộ nhận khoán đất trên địa bàn xã Phạm Văn Hai của Công ty Cây trồng thành phố chưa bàn giao mặt bằng để phục vụ thi công đường Vành đai 3, nhưng để báo cáo UBND thành phố, ngày 2/6/2023, ông Trần Ngọc Vũ, Phó BBT GPMB huyện Bình Chánh; ông Đoàn Bảo Long, Giám đốc Công ty Cây trồng; bà Trần Thị Thanh Thảo, Phó Chủ tịch UBND xã Phạm Văn Hai và ông Lê Ngọc Hùng, Phó Giám đốc Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng các công trình giao thông TP Hồ Chí Minh đã cùng ký biên bản bàn giao đất với diện tích lên đến 66,9ha của 46 trường hợp, trong đó có 35 hộ nhận khoán. Nhưng ngay sau đó, ngày 5/6/2023, ông Đoàn Bảo Long, Giám đốc Công ty Cây trồng đã ký văn bản gửi các hộ nhận khoán bị ảnh hưởng bởi Dự án đường Vành đai 3 đề nghị phối hợp bàn giao mặt bằng. Kèm theo văn bản này là danh sách 65 hộ nhận khoán với tổng diện tích lên đến hơn 62,6ha. Trong đó người đứng đầu Công ty Cây trồng xác định có 27 hộ đã đồng ý bàn giao và 38 hộ chưa đồng ý bàn giao. Tình trạng trên càng khiến các hộ nhận khoán bức xúc, ký đơn tập thể đại diện cho 65 hộ dân khiếu nại đến nhiều cơ quan Trung ương và thành phố.
Thời gian qua đã có nhiều văn bản của các cơ quan thuộc Chính phủ, Quốc hội chuyển vụ việc về UBND thành phố giải quyết. Liên quan đến chủ trương thu hồi đất của các hộ nhận khoán, trong các năm 2016 - 2017 tại đây đã trở thành điểm “nóng” về khiếu kiện đông người. Do vậy, TP Hồ Chí Minh cần vào cuộc giải quyết thấu đáo tình trạng trên tránh để vụ việc trở nên phức tạp. Trong đó cần phải xử lý nghiêm tình trạng báo cáo kết quả giải phóng mặt bằng phục vụ công trình trọng điểm không trung thực.
Đối thoại, gỡ vướng trong việc thu hồi đất làm KCN kéo dài hơn 25 năm 
