Trong thời kỳ đổi mới và phát triển, Phòng PC65 Công an Phú Yên đã được trang bị một số phương tiện phục vụ công tác và chiến đấu, nhưng một trong những nhiệm vụ công tác luôn được đơn vị chú trọng xuyên suốt là tăng cường đẩy mạnh công tác giáo dục chính trị tư tưởng của CBCS thông qua những đợt sinh hoạt chính trị, gắn kết với các phong trào thi đua “Vì an ninh Tổ quốc”, “Học tập và thực hiện nghiêm túc 6 điều Bác Hồ dạy CAND”.
Đặc biệt là hai cuộc vận động “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh - CAND vì nước quên thân, vì dân phục vụ”, CAND chấp hành nghiêm điều lệnh - xây dựng nếp sống văn hóa vì nhân dân phục vụ” đã được triển khai, chuyển hóa tích cực từ nhận thức đến hành động cụ thể trong mỗi nhiệm vụ công tác. Mặt khác, để nâng cao năng lực và bản lĩnh chiến đấu của mỗi CBCS, Phòng PC65 Công an Phú Yên, tập trung rèn luyện thể lực, huấn luyện võ thuật, phương án chiến đấu phòng chống bạo loạn, khủng bố, giải cứu con tin và bồi dưỡng nâng cao trình độ nghiệp vụ tinh thông.
Một trong những nét đẹp của CBCS Phòng PC65 Công an Phú Yên luôn được người dân địa phương ghi nhận và cảm phục là không chỉ có mặt trên những tuyến, địa bàn trọng điểm trong những đêm tối, lập nhiều chiến công trong các đợt cao điểm tấn công trấn áp các loại tội phạm, mà còn kịp thời đến những vùng lũ sơ tán người và tài sản, giúp dân tu sửa nhà ở, đường giao thông.
Hơn 5 năm qua (2007-2012) đơn vị đã điều động hơn 10.000 lượt CBCS thực thi nhiệm vụ tuần tra bảo vệ an ninh trật tự trên nhiều tuyến giao thông, địa bàn phức tạp, qua đó đã phát hiện, bắt giữ 26 vụ trộm cắp tài sản, xóa 4 tụ điểm cờ bạc, kịp thời truy chặn hàng chục vụ việc thanh niên tụ tập đánh nhau, tạm giữ 7 xe máy cùng nhiều loại hung khí nguy hiểm như mã tấu, dao, rựa và đã chuyển giao cho Công an địa phương xử lý.
Khi đề cập đến những chiến công xuất sắc của CBCS Phòng PC65 Công an Phú Yên, nhiều người dân địa phương không thể nào quên cuộc đột kích đồng loạt 4 địa điểm hoạt động của nhóm tội phạm người nước ngoài sử dụng công nghệ cao để lừa đảo xuyên quốc gia qua hệ thống điện thoại, internet tại TP Tuy Hòa sáng ngày 5/9/2011. Gần 200 CBCS vào cuộc hết sức bất ngờ, nhanh gọn khiến nhóm tội phạm công nghệ cao không kịp phản ứng, 59 người Trung Quốc, Đài Loan và 2 người Việt đã bị tạm giữ cùng với tang vật gồm 28 laptop, 123 điện thoại bàn, 56 điện thoại di động, 13 bộ đàm, 2 camera, 3 máy in, 3 máy ảnh, 2 Hub, 51 cổng mạng, 12 Wireless Router không dây, 11 modem cáp quang, 2 hộp FTTH Box, 2 máy scan, 4 bộ thiết bị RJ11, 4 chuông báo động, 7.404 USD, 7.989 Nhân dân tệ, 17.450 Đài tệ, 40 USD Hongkong, 302.000 Rupiah (Indonesia), 320 Peso (Philippines), 38 Riel (Campuchia), 39.662.000 đồng tiền Việt, 19 thẻ tín dụng, mua hàng, thanh toán tiền qua mạng, mua vé máy bay... cùng hàng trăm trang tài liệu là những kịch bản lừa đảo do nhóm tội phạm này dàn dựng.
Gần đây nhất vào ngày 5/2/2012, gần 200 CBCS của Phòng PC65 Công an Phú Yên đột kích bất ngờ vào Khu du lịch sinh thái Đá Bia bên cung đường đèo Cả trên tuyến QL1A qua địa phận xã Hòa Xuân Nam, huyện Đông Hòa, xóa sổ tổ chức phản động “Hội đồng công luật công án Bia Sơn” do Phan Văn Thu cầm đầu, bảo vệ hiện trường, hỗ trợ cho Cơ quan an ninh điều tra khám xét, thu giữ hàng trăm tập tài liệu, đĩa CD phản động, hơn 86.334USD, 300US Canada, 500US Australia, 229.824.000VND, 30 thẻ, nhẫn kim loại màu vàng, 9,7 kg thuốc nổ TNT, 25 kíp nổ, 10 bộ đàm, 1 ống nhòm, 1 máy ảnh, 1 camera, 5 laptop và 1 xe ôtô 7 chỗ hiệu Jolie 77H-6605… Đến nay đã có 18 đối tượng trọng tổ chức này bị khởi tố, bắt tạm giam về tội hoạt động nhằm âm mưu lật đổ chính quyền nhân dân.
Ghi nhận thành tích của Phòng PC65 Công an Phú Yên, hơn 5 năm qua đã có 8 lượt tập thể, 21 cá nhân được Thủ tướng Chính phủ, Bộ Công an, UBND tỉnh Phú Yên tặng bằng khen; 13 lượt tập thể, 407 cá nhân được Tổng cục Cảnh sát phòng chống tội phạm, Giám đốc Công an Phú Yên khen thưởng
