Trong đó Đại học (ĐH) Kinh tế - Luật gần 48 tỷ đồng, Trường ĐH Bách Khoa gần 13 tỷ đồng, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn hơn 12,5 tỷ đồng, Trường ĐH Công nghệ thông tin hơn 4 tỷ đồng, Trường ĐH Khoa học tự nhiên hơn 3,5 tỷ đồng và Trường ĐH Quốc tế 652 triệu đồng. Trong đó thu phí, lệ phí ngoài danh mục quy định là hơn 65 tỷ đồng, còn lại học phí cao hơn quy định.
Ngoài ra, Trường ĐH Bách Khoa ký hợp đồng với các tổ chức, cá nhân cho thuê mặt bằng để kinh doanh tại cơ sở số 1 (268 Lý Thường Kiệt) không đúng với các quy định hiện hành.
Trong 3 năm (2013-2015), tổng số tiền thu này là trên 43 tỷ đồng, trường đưa vào nguồn thu sự nghiệp để chi cho các hoạt động chuyên môn, đầu tư cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị. Hằng năm được hạch toán, báo cáo tài chính trình Giám đốc ĐHQG TP Hồ Chí Minh phê duyệt quyết toán.
Còn Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng khu ký túc xá sinh viên ĐHQG TP Hồ Chí Minh đã tham mưu cho Ban Giám hiệu ĐHQG TP Hồ Chí Minh phê duyệt điều chỉnh kinh phí dự án không đúng quy định với số tiền hơn 3,1 tỷ đồng.
Cũng trong giai đoạn nói trên, 6 thành viên của ĐHQG chi vượt giờ cho giảng viên so với quy định là 146.573 giờ với số tiền phải thanh toán hơn 16,2 tỷ đồng. Việc tuyển dụng giảng viên còn dễ dãi; chưa xây dựng quy chế, quy trình bổ nhiệm, điều động, thôi bổ nhiệm…
Từ cơ sở trên, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các đơn vị liên quan tổ chức kiểm điểm trách nhiệm đối với các đơn vị thành viên trong việc thu học phí, lệ phí không đúng quy định; chấm dứt tình trạng thu vượt học phí và lệ phí.
Bố trí giảng viên hợp lý, không để tình trạng giảng viên có giờ giảng vượt quá 200 giờ. Chấm dứt việc gửi tiền thu học phí, lệ phí vào ngân hàng, mà phải gửi vào tài khoản gửi tại Kho bạc Nhà nước.
Theo Thanh tra Chính phủ, đối với khoản thu học phí và lệ phí vượt và không đúng quy định, về nguyên tắc, số tiền trên phải được thu hồi nộp ngân sách Nhà nước hoặc trả lại cho người nộp. Tuy nhiên, năm 2014, Thanh tra Chính phủ thanh tra trách nhiệm của Bộ Giáo dục và Đào tạo và một số đơn vị trực thuộc cũng đã phát hiện ra các khoản thu vượt, thu ngoài quy định; Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị không thu hồi và được Thủ tướng Chính phủ đồng ý.
Do vậy, đối với khoản thu vượt, thu ngoài quy định của ĐHQG TP Hồ Chí Minh, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị không thu hồi, mà cho phép các đơn vị được quyết toán các khoản thu trên nếu sử dụng cho các hoạt động chuyên môn và đầu tư cơ sở vật chất.
Tương tự là số tiền mà Trường ĐH Bách Khoa thu được từ cho thuê mặt bằng hơn 43 tỷ đồng, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị xem xét không thu hồi. Tuy nhiên, yêu cầu Trường ĐH Bách Khoa thu hồi lại mặt bằng đã cho thuê tại số 268 Lý Thường Kiệt và xây dựng phương án sử dụng mặt bằng cho phù hợp quy định.
Riêng khoản tiền chi vượt định mức chi phí quản lý dự án của Ban quản lý dự án xây dựng Khu ký túc xá sinh viên từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ với số tiền hơn 3,1 tỷ đồng, ĐHQG TP Hồ Chí Minh bố trí nguồn vốn phù hợp để hoàn trả.
