Trung tâm thí nghiệm có 4 buồng chức năng: Buồng tiếp nhận mẫu và hội ý kỹ thuật; buồng xử lý mẫu; buồng đặt thiết bị và kho đựng hóa chất vật tư tiêu hao. Được biết, tất cả các buồng đều được lắp đặt thiết bị bảo đảm và kiểm soát điều kiện môi trường, như: nhiệt độ; độ ẩm, an toàn điện; phòng chống cháy nổ và an toàn sức khỏe.
Thiết bị kỹ thuật đảm bảo phân tích nhiều loại mẫu, như: máy phân tích về DO, UV-vis, AAS, GC/MS. LC/MS; thiết bị hỗ trợ, vật tư tiêu hao, hóa chất… Hệ thống thiết bị của phòng thí nghiệm có khả năng phân tích hầu hết các chỉ tiêu về môi trường theo quy định của Việt Nam về môi trường nước thải, nước sinh hoạt, nước mặt; môi trường khí thải công nghiệp, khí xung quanh; chất thải rắn, chất thải nguy hại; dư lượng thuốc bảo vệ thực vật, chất bảo quản trong thực phẩm…
Phòng thí nghiệm được quản lý theo tiêu chuẩn chất lượng ISO 71025:2005. Theo đó, toàn bộ hoạt động của Trung tâm thí nghiệm phục vụ công tác kiểm định môi trường tại TP HCM được vận hành theo đúng quy trình quản lý đã được xây dựng từ Trung tâm thí nghiệm đạt chuẩn tại Hà Nội; cán bộ, chiến sĩ làm công tác giám định được đào tạo cơ bản từ những trung tâm đào tạo có uy tín; do Hội các phòng thí nghiệm Việt Nam tổ chức
