Sau khi Thanh tra Chính phủ đề nghị, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai đã chỉ đạo chuyển hồ sơ sang Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Đồng Nai điều tra, làm rõ hành vi huy động vốn trái phép của chủ đầu tư là Công ty cổ phần Phát triển hạ tầng An Hưng Phát.
Theo thông báo số 2191/TB-TTCP của Thanh tra Chính phủ, qua quả kiểm tra nội dung khiếu nại, tố cáo của các công dân liên quan đến việc thu hồi đất thực hiện Dự án khu dân cư Phước Tân, đã chỉ ra hàng loạt sai phạm cần được tiếp tục làm rõ, xử lý theo quy định của pháp luật.
Đối với việc tố cáo giá đất bồi thường chưa sát với giá thị trường của người dân, qua xác minh Thanh tra Chính phủ kết luận là có cơ sở. Quá trình thẩm định giá đất để bồi thường, hỗ trợ, tái định cư cụ thể còn bộc lộ thiếu sót, hạn chế, chưa tuân thủ hướng dẫn theo Thông tư của Bộ Tài nguyên và Môi trường và Nghị định của Chính phủ, dẫn đến đơn giá đất để bồi thường chưa phản ánh đúng giá đất thị trường tại thời điểm thu hồi đất dự án.
Trong khi đó, Chủ đầu tư chuyển nhượng 700 nền đất ở thương mại dưới hình thức góp vốn trái phép, qua thanh tra xác định là có cơ sở. Dự án được UBND tỉnh Đồng Nai giao đủ diện tích đất theo quy định được duyệt (còn 10,1ha chưa được giao đất); chưa thi công hoàn thành hạ tầng kỹ thuật thiết yếu, chưa được cơ quan nhà nước nghiệm thu xác nhận nhưng đã thực hiện ký hợp đồng huy động vốn trái với quy định tại khoản 7, Điều 4, Nghị định số 11/2013; Điều 41 Nghị định 43/2013 của Chính phủ và điểm b, khoản 3, Điều 11, Thông tư liên tịch số 20/2013 của Bộ Xây dựng- Bộ Nội vụ.
Theo Quyết định của UBND tỉnh Đồng Nai phê duyệt tổng số lô đất nền được chuyển nhượng dự án là 673 lô và xây dựng 338 căn nhà để bán (giao đủ diện tích là 49,47ha). Đến nay, Dự án khu dân cư Phước Tân mới được giao 39,69ha (79,7%) diện tích theo quy hoạch được duyệt, nhưng chủ đầu tư ký hợp đồng góp vốn đối với 700 lô đất nền (vượt 27 lô đất nền so với quy định) là trái chủ trương ban đầu của Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai, vi phạm Điều 9, Nghị định 99/2015 của Chính phủ và Điều 55 Luật Kinh doanh Bất động sản năm 2014.
Thanh tra Chính phủ cũng xác định, bà Phan Thị Mỹ Thanh, thời điểm năm 2014 là Phó Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai (với nhiều sai phạm bà Thanh đã bị Ban Bí thư kỷ luật cách hết các chức vụ trong Đảng vào năm 2018, khi đó là Phó Bí thư Tỉnh ủy Đồng Nai), ký văn bản và giấy phép cho Công ty An Hưng Phát lập quy hoạch giai đoạn 1 dự án chưa đúng quy định Luật Đất đai năm 2013.
Theo đó, Văn bản 7665/UBND-ĐT ngày 18/9/2013 cho Công ty An Hưng Phát lập quy hoạch giai đoạn 1 và Giấy phép quy hoạch số 12/GPQH ngày 19/3/2014 cho phép Công ty An Hưng Phát thực hiện lập, phê duyệt nhiệm vụ và trình thẩm định quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500.
Tại thời điểm trên, dự án có sử dụng 28ha đất lúa nhưng chưa có ý kiến của Thủ tướng Chính phủ, đến ngày 27/5/2014, Thủ tướng Chính phủ mới có Văn bản số 794/TTg-KTN cho phép chuyển mục đích đất lúa để thực hiện Dự án khu dân cư Phước Tân. Mặt khác, theo quy định của pháp luật thì việc cấp giấy phép quy hoạch chỉ thực hiện sau khi được chấp thuận chủ trương và thỏa thuận địa điểm.
Sau 5 tháng kể từ khi UBND tỉnh Đồng Nai ban hành Giấy phép quy hoạch số 12, thì ban hành Văn bản 8131/UBND-ĐT ngày 29/8/2014 về thỏa thuận điạ điểm cho Công ty An Hưng Phát đầu tư dự án theo quy hoạch tại phường Phước Tân. Như vậy, việc UBND tỉnh Đồng Nai ban hành văn bản 7655 và Giấy phép quy hoạch số 12 là chưa đúng với quy định.
Đối với nhầm lẫn vị trí địa điểm dự án trong Giấy phép quy hoạch số 12 ghi ấp Miễu, xã Phước Tân nhưng thực hiện thu hồi đất tại ấp Đồng, xã Phước Tân. Việc này do nhầm lẫn của người soạn văn bản của chủ đầu tư, các sở ngành và Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai. Sau đó, đã được phát hiện, đính chính kịp thời trước kho công bố công khai với người dân. Tuy nhiên, việc nhầm lẫn này là một trong những nguyên nhân dẫn đến khiếu nại, tố cáo, bức xúc của các hộ dân liên quan đến Dự án khu dân cư Phước Tân.
Trên cơ sở ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và nội dung góp ý của các bộ: Công an, Xây dựng, Tư pháp, Tài nguyên và Môi trường, UBND tỉnh tỉnh Đồng Nai, Thanh tra Chính phủ đề nghị Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai giao Công an tỉnh Đồng Nai tiếp nhận hồ sơ, điều tra đối với hành vi huy động vốn trái phép của Công ty An Hưng Phát, nếu vi phạm pháp luật hình sự, xử lý theo quy định. Chỉ đạo các cơ quan chức năng kiểm tra, rà soát việc triển khai và chấp hành các quy định pháp luật của dự án. Xác định trách nhiệm của tổ chức, cá nhân để xảy ra những vi phạm nêu trên, xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật. Trong quá trình kiểm điểm, xác định rõ trách nhiệm nếu phát hiện vi phạm hình sự thì chuyển ngay Cơ quan Cảnh sát điều tra theo quy định.
Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai có trách nhiệm tổ chức kiểm tra, thẩm định và phê duyệt giá đất cụ thể sát giá thị trường để bảo đảm quyền lợi cho các hộ dân bị thu hồi đất. Trên cơ sở đó, có phương án điều chỉnh chính sách bồi thường, hỗ trợ và tái định cư theo quy định của pháp luật và tình hình thực tế tại địa phương.
Thanh tra Chính phủ đề nghị Công ty An Hưng Phát khẩn trương khắc phục sai phạm, tồn tại, nghiêm túc chấp hành các quy định của pháp luật về đầu tư, đất đai, xây dựng, quy hoạch kiến trúc và các quy định của Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai. Đồng thời, tiếp tục phối hợp chặt chẽ với địa phương thực hiện tốt công tác giải quyết khiếu nại của công dân, chú ý quan tâm đến các hộ bị thu hồi đất gặp khó khăn về đời sống.
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ đề nghị Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai kiểm điểm, xử lý trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức có liên quan trong tham mưu soạn thảo, ban hành văn bản dẫn đến xảy ra sai sót giữa ấp Đồng với ấp Miễu, cũng như ban hành Giấy phép quy hoạch số 12 không đúng quy định của pháp luật khi thực hiện thủ tục đầu tư dự án.
Chấm dứt làm dự án nhà ở kiểu “nửa nạc, nửa mỡ” 
