Theo Công văn 6648/BTC-TCHQ, người đang quản lý, sử dụng xe thực hiện kê khai trên tờ khai phi mậu dịch (ký hiệu HQ/2011-PMD) và nộp thuế (thuế nhập khẩu, thuế TTĐB và thuế GTGT) tại Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi thuận tiện nhất; Hồ sơ để làm thủ tục nộp thuế gồm: Giấy chứng nhận thu hồi đăng ký xe do cơ quan Công an cấp: 1 bản chính; Giấy tờ mua bán xe hoặc giấy chuyển nhượng hoặc tương đương: 1 bản chính; Các giấy tờ liên quan đến đối tượng ngoại giao (nếu có) như: chứng minh thư, giấy ủy quyền quản lý, sử dụng xe: mỗi loại 1 bản sao y từ bản chính; Tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch có đóng dấu “Dùng cho tái xuất”: 1 bản chính; Tờ khai phi mậu dịch ký hiệu HQ/2011-PMD: 1 bản chính; CMTND/hộ chiếu của người đang quản lý, sử dụng xe: 01 bản sao y từ bản chính.
Sau khi hoàn thành thủ tục nộp thuế, cơ quan Hải quan trả hồ sơ cho người đang quản lý, sử dụng xe để nộp thuế trước bạ và đăng ký xe; hồ sơ gồm: Tờ khai phi mậu dịch (bản người khai lưu): 1 bản chính; Biên lai thu thuế (các loại): bản chính.
Căn cứ tính thuế là trị giá thuế, thuế suất tại thời điểm có sự thay đổi mục đích sử dụng, trong đó: Trị giá tính thuế được xác định trên cơ sở giá trị sử dụng còn lại tính tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng; thuế suất để tính thuế nhập khẩu xe chuyển nhượng áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
Trong thời hạn từ 10/4/2013 đến 10/6/2013, theo hướng dẫn tại Thông báo số 27/TB-BCA-C61 ngày 29/3/2013 của Bộ Công an nếu người đang quản lý, sử dụng xe thực hiện khai báo, làm thủ tục thu hồi đăng ký, biển số và hoàn thành thủ tục chuyển nhượng nộp thuế thì không xử lý phạt chậm nộp thuế theo quy định
