Có 3 loại hình chính là kinh doanh, gia công, sản xuất xuất khẩu và 6 loại hình khác: chế xuất ưu tiên, tạm nhập tái xuất; xuất nhập khẩu dự án đầu tư; xuất nhập khẩu tại chỗ; xuất nhập khẩu trả lại và chuyển cửa khẩu, được thực hiện theo phương thức này.
Việc thực hiện thủ tục Hải quan điện tử góp phần quan trọng thúc đẩy cải cách hành chính và hiện đại hóa hải quan theo Đề án 30 và Nghị quyết 11 của Chính phủ. Đây cũng là tiền đề xây dựng, đưa hệ thống thông quan hàng hóa tự động vận hành vào năm 2014, đảm bảo chuyển đổi hài hòa giữa hệ thống cũ và mới.
Việc áp dụng mô hình này với nhiều loại hình thí điểm cùng sự tham gia của các Cục Hải quan, doanh nghiệp, đã giúp một bộ phận cán bộ quen với phương thức làm việc mới có tính chuyên nghiệp hơn
