Thông tư mới chuẩn hóa danh mục lĩnh vực dự thi còn 16 lĩnh vực. Tên gọi một số lĩnh vực được điều chỉnh để thống nhất với danh mục nhóm ngành đào tạo theo Nghị định số 179/2026/NĐ-CP, tạo cơ sở liên thông giữa kết quả Cuộc thi với chính sách học bổng và tuyển sinh đại học. Đối với dự án liên ngành, lĩnh vực dự thi được xác định theo lĩnh vực chiếm tỷ trọng lớn nhất trong nội dung nghiên cứu cốt lõi.
Thông tư cũng thiết kế lại tiêu chí và thang điểm đánh giá, cụ thể hóa thành 20 tiêu chí, mỗi tiêu chí tối đa 5 điểm, được chia thành 5 nhóm với tổng điểm tối đa 100. Việc cụ thể hóa tiêu chí giúp học sinh hiểu rõ hơn yêu cầu đối với một dự án nghiên cứu, đồng thời tạo căn cứ để giám khảo đánh giá nhất quán, khách quan hơn. Cách cấu trúc các nhóm tiêu chí được xây dựng tương ứng với cấu trúc đánh giá của Hội thi khoa học và kĩ thuật quốc tế Regeneron ISEF.
Theo Quy chế mới, nhật kí nghiên cứu và dữ liệu gốc được xác định là căn cứ để giám khảo đối chiếu tính trung thực, tính liên tục của quá trình thực hiện cũng như mức độ tham gia độc lập, thực chất của học sinh. Đây là cơ sở quan trọng để phân biệt kết quả nghiên cứu do học sinh thực hiện với phần hỗ trợ, hướng dẫn của giáo viên hoặc nhà khoa học.
Đáng chú ý, Thông tư dành riêng một chương quy định về công khai, minh bạch và liêm chính khoa học. Theo đó, danh sách dự án dự thi cấp quốc gia, báo cáo tóm tắt và poster dự án phải được công khai chậm nhất 15 ngày trước ngày khai mạc Cuộc thi. Đơn vị dự thi phải công khai danh sách dự án được chọn cử trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định.
Học sinh có trách nhiệm lập, lưu giữ nhật kí nghiên cứu bằng hình thức điện tử hoặc văn bản, ghi nhận đầy đủ, liên tục quá trình nghiên cứu và có xác nhận của người hướng dẫn ít nhất một lần mỗi tháng, cùng với dữ liệu gốc của dự án. Người hướng dẫn không được trực tiếp thực hiện thay học sinh các nội dung nghiên cứu cốt lõi.
Ngoài điểm mới quy định phân loại dự án nghiên cứu theo ba mức độ an toàn, Quy chế cũng quy định rõ trách nhiệm và chế tài đối với hành vi vi phạm. Học sinh làm giả hồ sơ, nhật kí nghiên cứu hoặc dữ liệu gốc có thể bị hủy kết quả và cấm tham dự Cuộc thi từ 1 đến 2 năm. Người hướng dẫn để xảy ra vi phạm liêm chính khoa học có thể không được chấp nhận hướng dẫn nghiên cứu trong 1 đến 2 lần tổ chức Cuộc thi tiếp theo. Kết quả và giải thưởng của dự án vi phạm sẽ bị thu hồi, thông báo công khai...