Tại kết luận này, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Chủ tịch UBND tỉnh Ninh Bình chỉ đạo kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm các cá nhân, tập thể vi phạm để xử lý theo quy định pháp luật.
Quy định không đúng hệ số gây thất thu cho ngân sách Nhà nước
Kết luận thanh tra cho biết, công tác thẩm định, phê duyệt Báo cáo đánh giá tác động môi trường và Đề án cải tạo phục hồi môi trường đối với một số dự án chưa chặt chẽ, cụ thể như Dự án cải tạo phục hồi môi trường của Dự án khai thác khoáng sản tại mỏ đá Hạng mước II do Công ty cổ phần xi măng Hướng Dương làm chủ đầu tư chưa được cấp có thẩm quyền ban hành quyết định phê duyệt, nhưng Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường đã ký xác nhận vào hồ sơ dự án và doanh nghiệp vẫn khai thác trong nhiều năm liền. Điều này vi phạm quy định tại Nghị định số 19/2015/NĐ-CP của Luật Bảo vệ môi trường.
Trách nhiệm thuộc Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Ninh Bình (thời điểm năm 2010). Cùng đó, liên quan đến việc tính phí bảo vệ môi trường, từ năm 2012 đến tháng 4/2017, UBND tỉnh Ninh Bình không ban hành văn bản quy định hệ số quy đổi từ khoáng sản thành phẩm sang khoáng sản nguyên khai để tính phí bảo vệ môi trường, do đó, các doanh nghiệp vẫn nộp phí bảo vệ môi trường theo khối lượng khoáng sản thành phẩm là vi phạm quy định về bảo vệ môi trường.
Đáng chú ý, trong giai đoạn năm 2012 - 2016, UBND tỉnh Ninh Bình ban hành Quyết định số 226/QĐ-UBND ngày 5/4/2012, quy định hệ số quy đổi từ tấn ra mét khối. Tuy nhiên, tại quyết định này có nhầm lẫn về khái niệm đá nguyên khai, dẫn đến một số doanh nghiệp khai thác đá sản xuất xi măng đã áp dụng hệ số quy đổi 2,74 tấn/m3 (giai đoạn từ năm 2012 đến tháng 4 năm 2017) để tính thuế tài nguyên.
Ngày 10/11/2016, UBND tỉnh Ninh Bình đã có Văn bản số 432/UBND-VP5 hướng dẫn các doanh nghiệp khai thác khoáng sản thực hiện việc quy đổi theo hệ số 1,6 tấn/m3 và chỉ đạo cơ quan thuế kiểm tra và truy thu đối với các doanh nghiệp đã quy đổi theo hệ số 2,74 tấn/m3. Tuy nhiên, đến thời điểm thanh tra vẫn còn 3/5 doanh nghiệp khai thác đá sản xuất xi măng chưa thực hiện đầy đủ việc nộp phí bảo vệ môi trường bổ sung.
Thanh tra Chính phủ cho biết thêm, quy định không đúng hệ số của UBND tỉnh Ninh Bình gây thất thu cho ngân sách Nhà nước. Thanh tra Chính phủ tạm tính số tiền phí bảo vệ môi trường phải nộp bổ sung của 5 doanh nghiệp là hơn 1,4 tỉ đồng.
Mặt khác, về thuế tài nguyên, còn 3/5 chủ đầu tư dự án khai thác khoáng sản để sản xuất xi măng, gồm Công ty cổ phần xi măng Hướng Dương, Công ty TNHH Duyên Hà, Công ty cổ phần xi măng Hệ Dương đã nộp thuế tài nguyên theo hệ số quy đổi 2,74 tấn/m3, chưa thực hiện việc quy đổi theo hệ số 1,6 tấn/m3 theo yêu cầu của UBND tỉnh Ninh Bình để nộp thuế tài nguyên bổ sung đối với khối lượng khoáng sản khai thác từ tháng 4/2017 trở về trước.
Đặc biệt, sau khi UBND tỉnh Ninh Bình ban hành Quyết định số 09/2017/QĐ-UBND ngày 4/4/2017 quy định hệ số quy đổi 1,6 tấn/m3, nhưng Công ty cổ phần xi măng Hướng Dương vẫn quy đổi theo hệ số 1,8 tấn/m3 để nộp thuế tài nguyên (đến thời điểm thanh tra vẫn không thực hiện theo quy định của UBND tỉnh Ninh Bình); việc làm của công ty này đã bị Kiểm toán Nhà nước kiến nghị truy thu, cơ quan thuế đôn đốc nộp nhưng doanh nghiệp không thực hiện. Thanh tra Chính phủ áp dụng hệ số quy đổi 1,6 tấn/m3 để tạm tính số tiền thuế tài nguyên của 3 đơn vị nêu trên còn thiếu là 32,5 tỉ đồng.
Nhiều tồn tại thuộc trách nhiệm của UBND tỉnh và Sở Tài nguyên-Môi trường
Đối với công tác quản lý sử dụng đất đai có nguồn gốc từ nông, lâm trường quốc doanh, kết luận thanh tra nêu rõ, công tác phê duyệt phương án sử dụng đất đại của các công ty (có tiền thân là nông trường) làm cơ sở cho việc giao đất, thu hồi đất còn chậm, đến năm 2016, UBND tỉnh Ninh Bình mới phê duyệt 2/4 công ty, còn 2/4 công ty chưa được phê duyệt dẫn đến công tác quản lý đất đai tại các công ty này gặp nhiều khó khăn.
UBND tỉnh Ninh Bình cùng cơ quan chức năng chưa xử lý dứt điểm đối với một số diện tích đất bị lấn chiếm ở một số công ty như 241,02ha đất đang do một số hộ dân sử dụng từ khi nhận giao khoán của nông trường Phùng Thượng nhưng không ký hợp đồng tiếp hoặc bàn giao lại đất cho Công ty CP Giống bò thịt sữa Yên Phú; 2,78ha đất giao cho Nông trường quốc doanh Đồng Giao trước đây quản lý, sử dụng nhưng một số hộ dân đã sử dụng làm nhà ở và sản xuất nông nghiệp…
Đồng thời, đến thời điểm thanh tra còn nhiều diện tích đất đã giao cho một số công ty sử dụng từ nhiều năm nhưng chưa ký hợp đồng thuê đất, chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đối với Nhà nước. "Những tồn tại vi phạm nêu trên thuộc trách nhiệm của UBND tỉnh Ninh Bình, Sở Tài nguyên và Môi trường; các cơ quan, đơn vị liên quan", kết luận của Thanh tra Chính phủ nêu rõ.
Đất nông, lâm trường bị tư nhân 'xẻ thịt' dựng nhà, làm trang trại 
