Nguyên nhân chính xuất phát từ việc Chính phủ vừa ban hành Nghị định số 46/2026/NĐ-CP vào ngày 26/1/2026, thay thế cho Nghị định số 15/2018/NĐ-CP. Tuy nhiên, Nghị định mới này lại thiếu các quy định chuyển tiếp cụ thể về trình tự, thủ tục kiểm tra an toàn thực phẩm đối với các mặt hàng đặc thù, thuộc đối tượng phải kiểm dịch và kiểm tra an toàn thực phẩm khi nhập khẩu.
Do đó, nhiều lô hàng dù đã đủ điều kiện cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch nhưng vẫn phải đợi chờ tại cửa khẩu do chưa thể hoàn thành thủ tục kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm. Tình trạng này đang gây ra sự ùn tắc nghiêm trọng tại các khu vực cửa khẩu, làm phát sinh chi phí lưu kho bãi và ảnh hưởng trực tiếp đến chuỗi cung ứng của doanh nghiệp.
Để giải quyết tình trạng cấp bách này, Cục Hải quan kiến nghị Cục Chăn nuôi và Thú y xem xét, áp dụng cơ chế hướng dẫn tương tự như Công văn số 358/TY-KD đã thực hiện trước đây.
Theo đó, trong giai đoạn chờ các cơ quan có thẩm quyền ban hành hướng dẫn chính thức cho Nghị định 46/2026/NĐ-CP, cơ quan Hải quan đề xuất được phép làm thủ tục thông quan cho các lô hàng dựa trên Giấy chứng nhận kiểm dịch nhập khẩu do cơ quan kiểm dịch cấp.
Trước đó, tại Công văn 358/TY-KD ngày 8/3/2019, Cục Chăn nuôi và Thú y cũng từng phối hợp với Cục Hải quan cho phép thông quan các lô hàng đạt yêu cầu kiểm dịch trên cơ sở mẫu Giấy chứng nhận 15b (sản phẩm động vật trên cạn) và mẫu 10TS (sản phẩm thủy sản). Việc này dựa trên cơ sở các sản phẩm được sản xuất từ các cơ sở đạt chuẩn quốc tế (HACCP, ISO 22000, IFS, BRC...) vốn thuộc diện được "kiểm tra giảm".
Cùng ngày 4/2, Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) lần lượt có các Văn bản 139/XNK-TMQT, 140/XNK-TMQT và 141/XNK-TMQT, gửi Chi cục Hải quan khu vực I (tại Cảng hàng không quốc tế Nội Bài), Chi cục Hải quan khu vực II (địa bàn TP Hồ Chí Minh) và Chi cục Hải quan khu vực III (địa bàn TP Hải Phòng) về việc phối hợp cung cấp thông tin về tình hình thông quan hàng hóa.
Cụ thể, cung cấp thông tin cập nhật hằng ngày về tình hình tồn đọng hàng hóa tại Cảng hàng không quốc tế Nội Bài kể từ ngày 4/2/2026 đến khi vướng mắc liên quan đến công tác kiểm tra an toàn thực phẩm được giải quyết. Các thông tin chi tiết thể hiện gồm tên cảng, số lượng container tồn đọng, loại hàng hóa tồn đọng, lý do tồn đọng, lĩnh vực của bộ phụ trách và đề xuất, kiến nghị.
Theo báo cáo cập nhật ngày 3/2, tại 22 tỉnh biên giới, hầu hết các địa phương không phát sinh tồn đọng, ùn tắc hàng hóa. Riêng tỉnh Lào Cai còn tồn khoảng 33 - 35 xe bánh kẹo nhập khẩu do vướng mắc trong quá trình thông quan theo quy định tại Nghị định số 46/2026/NĐ-CP.
Trên cơ sở các báo cáo, Cục Xuất nhập khẩu kiến nghị giao Cục Công nghiệp làm đầu mối phối hợp với Bộ Y tế và Bộ Nông nghiệp và Môi trường rà soát, kiến nghị sửa đổi, bổ sung hoặc sớm có hướng dẫn chi tiết nhằm tháo gỡ khó khăn trong triển khai Nghị định số 46/2026/NĐ-CP; đồng thời tiếp tục theo dõi sát tình hình, kịp thời báo cáo lãnh đạo Bộ để xử lý các vấn đề phát sinh.
Nghị định số 46/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 26/1/2026, quy định phương thức kiểm tra thực phẩm nhập khẩu theo hướng tăng cường kiểm tra thực tế và lấy mẫu kiểm nghiệm. Trong quá trình triển khai, Cục Xuất nhập khẩu đã ban hành văn bản hướng dẫn, tổ chức khảo sát thực tế tại cửa khẩu, phối hợp với địa phương và các lực lượng chức năng nhằm kịp thời tháo gỡ vướng mắc, hạn chế ùn tắc hàng hóa.
Hải quan kiến nghị gỡ vướng kiểm dịch thực phẩm nhập khẩu để giải tỏa ùn tắc 
