Sau khi miền Bắc được giải phóng, lực lượng quản lý trại giam của ta đã tiếp quản các nhà tù của địch và thực hiện chính sách giam giữ của chế độ mới. Cùng với việc củng cố các trại giam, để giam giữ các phần tử chống đối cách mạng và tội phạm hình sự, lực lượng quản lý trại giam được củng cố về tổ chức và nâng cao trình độ nghiệp vụ, đáp ứng yêu cầu tình hình mới.
Khi đế quốc Mỹ tiến hành chiến tranh phá hoại miền Bắc, Bộ Công an đã ra Chỉ thị hướng dẫn thi hành Nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc tập trung giáo dục cải tạo những phần tử có hành động nguy hại cho xã hội, với quan điểm "kiên quyết và thận trọng", không bỏ sót những phần tử nguy hiểm, nhưng cũng không tập trung giáo dục cải tạo lầm lẫn những người vô tội, hoặc những người còn có khả năng giáo dục, quản chế ở địa phương v.v...
Các trại giam đã tiến hành cải tạo, giáo dục các đối tượng theo phương châm kết hợp lao động với giáo dục chính trị, nhằm khuyến khích phạm nhân cố gắng lao động sản xuất, học tập nghề nghiệp để trở thành người lương thiện.
Máy bay Mỹ đánh phá miền Bắc dữ dội hơn. Trại cải tạo số 3 đóng tại Nghệ An nhiều lần bị máy bay Mỹ ném bom, khiến 4 phân trại hầu như bị san bằng. Để đảm bảo an toàn cho cán bộ và phạm nhân, Trại phải gấp rút tổ chức cho phạm nhân sơ tán vào nhiều địa điểm trong rừng. Trong hoàn cảnh khó khăn, nguy hiểm, Trại vẫn quản lý tốt phạm nhân, đồng thời, tổ chức cho phạm nhân đào hầm trú ẩn, hầm làm việc, nhà giam và lao động sản xuất để tự túc một phần lương thực.
Không chỉ thế, ngày 13/5/1965, tổ trực chiến của trại còn lập chiến công hiển hách, bắn rơi 1 máy bay F150D của Mỹ. Vài ngày sau, ngày 17/5/1965, tổ trực chiến của trại tiếp tục bắn rơi 1 máy bay T28 của giặc, khẳng định ý chí quyết thắng của những chiến sĩ Công an trên mặt trận đặc biệt này.
Phạm nhân chơi thể thao sau giờ lao động cải tạo.
Giữa năm 1972, đế quốc Mỹ tiếp tục leo thang đánh phá ác liệt miền Bắc, các trại cải tạo trực thuộc Bộ Công an lại phải đương đầu với vô vàn khó khăn, phức tạp. Nhiều trại phải phân tán, sơ tán triệt để. Nhưng, do luôn chủ động nắm bắt tình hình và chuyển hướng kịp thời, nên hoạt động của các trại đã không bị lúng túng.
Công tác quản chế, giáo dục, sản xuất ở các trại vẫn ổn định và phát triển, đời sống của cán bộ, phạm nhân được đảm bảo trong mọi tình huống. Nhiều trại bị máy bay địch đánh phá, nhưng lực lượng quản lý đều dũng cảm vượt lên mọi thử thách, để quản lý chặt chẽ phạm nhân, không để họ lợi dụng tình hình chiến sự để trốn, gây mất ANTT.
Có thể nói rằng, trong từng thời kỳ, công tác trại giam luôn chuyển biến kịp thời, đáp ứng yêu cầu đấu tranh chống bọn phản cách mạng và tội phạm, góp phần giữ vững ANTT. Các trại còn cung cấp được nhiều thông tin, tài liệu có tác dụng cho các lực lượng trinh sát, góp phần vào cuộc đấu tranh trấn áp phản cách mạng và công tác điều tra cơ bản của ngành Công an. Việc quản lý bị can trong thời chiến cũng từng bước được cải tiến, bảo đảm việc thi hành chính sách và pháp luật.
Suốt hơn 20 năm cùng cả nước đánh giặc, lực lượng Công an nói chung, lực lượng quản lý trại giam nói riêng đã hoàn thành tốt nhiệm vụ và xây dựng trưởng thành. Công tác quản lý trại giam ngày càng phát triển, không chỉ bảo đảm giam giữ chặt chẽ phạm nhân, mà còn làm cho số đông phạm nhân chịu cải tạo, tiến bộ và trong những phạm nhân được tha, đa phần đã trở thành người lương thiện
