Bước vào những năm đầu của thế kỷ XXI, tình hình trong nước, thế giới và khu vực diễn biến rất phức tạp, phát sinh nhiều thách thức đối với sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc nói chung, công tác đảm bảo an ninh nói riêng; các vấn đề an ninh phi truyền thống như khủng bố, xung đột sắc tộc, tôn giáo, ly khai tự trị, tội phạm môi trường, khủng hoảng kinh tế thế giới đã có những tác động nhất định đến an ninh quốc gia Việt Nam; các thế lực thù địch trong và ngoài nước triệt để lợi dụng những vấn đề trên để tăng cường các hoạt động chống phá. Trong bối cảnh đó, Cục Bảo vệ chính trị 6 được thành lập ngày 12/6/2002.
10 năm qua, kể từ khi thành lập đến nay, Cục Bảo vệ chính trị 6 luôn khắc phục mọi khó khăn, gian khổ, nêu cao ý chí chiến đấu, đoàn kết thực hiện tốt nhiệm vụ chính trị được giao; đặc biệt là đã kịp thời phát hiện, chủ động đấu tranh ngăn chặn nhiều âm mưu, hoạt động manh động phá hoại, khủng bố của các loại đối tượng, góp phần tích cực vào việc thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh chính trị và trật tự an toàn xã hội, tạo môi trường thuận lợi cho phát triển kinh tế, đối ngoại, nâng cao vị thế của Việt Nam trên trường quốc tế.
Mặc dù là đơn vị nghiệp vụ trinh sát, thường xuyên phải đối phó với âm mưu, hoạt động chống phá hết sức tinh vi, xảo quyệt của các thế lực thù địch, nhưng Cục Bảo vệ chính trị 6 vẫn tổ chức tốt các phong trào thi đua và hoạt động của các đoàn thể quần chúng, không ngừng đổi mới về hình thức, nội dung sinh hoạt, gắn các hoạt động phong trào với công tác chuyên môn, đảm bảo cho các hoạt động này diễn ra sôi nổi, phát triển cả về bề rộng lẫn chiều sâu, góp phần tạo không khí tươi vui trong toàn đơn vị. Đoàn Thanh niên, Hội Phụ nữ có nhiều hoạt động thiết thực, góp phần quan trọng vào thành tích chung của đơn vị, được Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh, Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam tặng nhiều bằng khen.
Trong điều kiện công tác còn nhiều khó khăn gian khổ, thậm chí nguy hiểm đến tính mạng, nhưng cán bộ, chiến sĩ Cục Bảo vệ chính trị 6 luôn nêu cao lòng trung thành tuyệt đối với Đảng và Nhà nước, có bản lĩnh chính trị vững vàng, thường xuyên bồi dưỡng nâng cao năng lực, trình độ về mọi mặt, đoàn kết nhất trí hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao.
Từ thực tiễn công tác, chiến đấu, cán bộ, chiến sĩ Cục Bảo vệ chính trị 6 ngày một trưởng thành, nhiều đồng chí được bổ nhiệm giữ cương vị lãnh đạo, chỉ huy các cấp trong CAND, nhiều đồng chí phấn đấu trong học tập, đã được công nhận là Thạc sĩ, Tiến sĩ và vận dụng kiến thức đó phục vụ đắc lực cho công tác, chiến đấu và xây dựng đơn vị.
Qua 10 năm chiến đấu, xây dựng và trưởng thành, với quyết tâm phấn đấu liên tục của cán bộ, chiến sĩ trong đơn vị, Cục Bảo vệ chính trị 6 có nhiều tập thể, cá nhân được Đảng, Nhà nước và Bộ Công an trao tặng các phần thưởng cao quý như: Phong tặng danh hiệu “Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân” cho tập thể Cục Bảo vệ chính trị 6 và 2 cá nhân; 2 Huân chương Quân công hạng Ba; 3 Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Ba; 18 Huân chương Chiến công các hạng; 1 Huân chương Lao động; 171 Huy chương các loại; Chính phủ tặng thưởng 27 bằng khen; 296 lượt cán bộ được Bộ Công an tặng bằng khen, 424 lượt được Tổng cục An ninh khen thưởng.
Ngoài ra, cán bộ, chiến sĩ Cục Bảo vệ chính trị 6 còn được Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Tập đoàn Dầu khí quốc gia Việt Nam, UBND một số tỉnh tặng nhiều bằng khen, giấy khen. Tổng kết thi đua hàng năm, đơn vị đã có 7 năm được Chính phủ tặng cờ “Đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua”; đặc biệt năm 2006, cán bộ, chiến sĩ Cục Bảo vệ chính trị 6 vinh dự được Chủ tịch nước tới thăm, động viên.
Chiến công của cán bộ, chiến sĩ Cục Bảo vệ chính trị 6 đã góp phần tô thắm thêm trang sử vẻ vang của lực lượng Công an nhân dân nói chung và của lực lượng An ninh nhân dân nói riêng, xứng đáng với niềm tin yêu của Đảng, Chính phủ và nhân dân, sự tin cậy của Đảng ủy Công an Trung ương, lãnh đạo Bộ Công an và Đảng ủy, lãnh đạo Tổng cục An ninh I
