Theo đó, đối với các tổ chức tham mưu, giúp việc Bộ trưởng, Bộ GTVT đề nghị tiếp tục duy trì 6 tổ chức gồm: Vụ Tài chính, Vụ Pháp chế, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Tổ chức cán bộ, Thanh tra, Văn phòng. Tuy nhiên, Bộ GTVT kiến nghị hợp nhất Vụ Khoa học - Công nghệ với Vụ Môi trường thành Vụ Khoa học - Công nghệ và Môi trường; tổ chức lại 3 Vụ: Kết cấu hạ tầng giao thông, Vận tải, An toàn giao thông thành 2 Vụ, theo đó sẽ giải thể Vụ An toàn giao thông; sáp nhập Vụ PPP vào Vụ Kế hoạch - Đầu tư.
Bộ GTVT cũng kiến nghị chuyển Vụ Quản lý doanh nghiệp vào điều khoản chuyển tiếp. Hiện nay, tuy Bộ GTVT còn quản lý 7 doanh nghiệp 100% vốn nhà nước, nhưng trong đó có 3 tổng công ty tiếp tục duy trì mô hình là công ty TNHH một thành viên, Nhà nước nắm giữ 100% vốn; Công ty Cơ khí ô tô và thiết bị điện Đà Nẵng (DAMCO) sẽ tái cơ cấu theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ; Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy (SBIC) sẽ tái cơ cấu theo kết luận của Bộ Chính trị, dự kiến sẽ phải tiếp tục tái cơ cấu, xử lý tiếp 156 doanh nghiệp thuộc SBIC.
Đối với các Cục, Tổng cục trực thuộc, Bộ GTVT sẽ tiếp tục duy trì 6 Cục (bảo đảm đáp ứng tiêu chí thành lập theo quy định), gồm: Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Đăng kiểm Việt Nam, Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông. Trong đó, đổi tên Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông thành Cục Quản lý đầu tư xây dựng. Chuyển Cục Y tế GTVT vào điều khoản chuyển tiếp. Đặc biệt, Bộ GTVT kiến nghị tổ chức lại Tổng cục Đường bộ Việt Nam thành Cục Đường bộ Việt Nam và Cục Đường cao tốc Việt Nam. Đây là Tổng cục duy nhất thuộc Bộ GTVT, là đầu mối tập trung quản lý hệ thống quốc lộ và đường cao tốc.
Theo Bộ GTVT, khi tổ chức lại Tổng cục Đường bộ Việt Nam thành 2 Cục thì sẽ giảm 1 đầu mối cấp Tổng cục nhưng lại tăng 2 đầu mối cấp Cục. Tuy nhiên, nếu xét về số lượng đầu mối tổ chức trực thuộc, thì cơ cấu tổ chức của Bộ GTVT tại dự thảo Nghị định đã giảm 5 đầu mối (4 đầu mối cấp Vụ, 1 đầu mối cấp Cục). Như vậy, nếu tính tổng thể thì số lượng đầu mối không tăng lên mà là giảm đi. Đối với các đơn vị sự nghiệp công lập, Bộ GTVT đề xuất tiếp tục duy trì 5 đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ (bảo đảm đáp ứng tiêu chí thành lập theo quy định), gồm: Trung tâm Công nghệ thông tin, Viện Chiến lược và Phát triển giao thông - vận tải, Trường Cán bộ quản lý GTVT, Báo Giao thông, Tạp chí GTVT.
Theo tính toán, cơ cấu tổ chức của Bộ GTVT tại dự thảo Nghị định đã giảm 4 đầu mối so với quy định tại Nghị định số 12/2017/NĐ-CP (từ 27 đầu mối xuống còn 23 đầu mối trực thuộc Bộ). Ngoài ra, Bộ còn giảm 10/21 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ nhưng không nằm trong cơ cấu tổ chức của Bộ (chuyển 1 học viện, 3 trường đại học, 6 trường cao đẳng về địa phương hoặc Bộ quản lý ngành, lĩnh vực quản lý).
Đất hết "nóng" sau khi Bộ GTVT đề xuất không xây cầu Mã Đà ở Bình Phước 
Bộ GTVT răn đe "trảm" nhà thầu nếu dây dưa, chậm tiến độ 
