Ngay sau khi dự án được Quốc hội thông qua chủ trương đầu tư, Bộ GTVT đã tổ chức triển khai ngay công tác nghiên cứu, lập báo cáo nghiên cứu khả thi dự án; xây dựng, trình Chính phủ ban hành Nghị quyết để triển khai Nghị quyết của Quốc hội; phối hợp với các bộ, ngành, địa phương triển khai các chính sách đặc thù, đặc biệt tại Nghị quyết số 172/2024/QH15 để có đủ cơ sở, hành lang pháp lý thực hiện Dự án, đáp ứng tiến độ yêu cầu.
Cho rằng đây là dự án chiến lược, tạo động lực đột phá để phát triển kinh tế-xã hội, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh của đất nước, có tiêu chuẩn kỹ thuật-công nghệ phức tạp, nguồn lực đầu tư đặc biệt lớn, lần đầu tiên được triển khai tại Việt Nam, Bộ GTVT sẽ cẩn thận trong lựa chọn đối tác uy tín để triển khai dự án và đang chỉ đạo các đơn vị triển khai thực hiện dự án đảm bảo tuân thủ các quy định của pháp luật.
Theo đại diện Bộ GTVT đơn vị này sẽ triển khai tổ chức thực hiện các công việc của dự án để trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt dự án đầu tư; tổ chức lựa chọn nhà thầu; thực hiện công tác giải phóng mặt bằng, di dời công trình hạ tầng kỹ thuật và chuẩn bị nguồn vật liệu để đủ điều kiện khởi công dự án vào cuối năm 2027.
Trong đó, Bộ GTVT và các bộ, ngành, địa phương tập trung thực hiện các công việc chính với các mốc tiến độ từ năm 2025, tổ chức lựa chọn các nhà thầu tư vấn để thực hiện công tác khảo sát, lập báo cáo nghiên cứu khả thi và thực hiện các công việc liên quan, trình Thủ tướng Chính phủ báo cáo nghiên cứu khả thi trong quý 4/2026.
Hội đồng thẩm định Nhà nước tổ chức thẩm định, trình Thủ tướng Chính phủ quyết định phê duyệt báo cáo nghiên cứu khả thi dự án cuối quý 1/2027.
Bộ GTVT tổ chức lựa chọn nhà thầu giai đoạn thực hiện dự án, ký kết hợp đồng và đảm bảo các điều kiện để khởi công xây dựng trong quý 4/2027 .
Đường sắt tốc độ cao trục Bắc-Nam: Nhiều đề xuất thuận cho các nhà thầu Việt 
Đường sắt tốc độ cao - phương thức vận tải bền vững, an toàn 
