Mãi cho đến ngày 3/11/2009, tức là sau khoảng nửa năm, Viện PY quốc gia mới đưa ra kết luận: Ông Tho là cha đẻ của cháu Nguyễn Văn H. với xác xuất 99,999%.
Trở lại cuộc hội thảo giữa năm 2001 sau khi có xung đột kết luận GĐ lần đầu của Viện KHHS và của Tổ chức GĐPY - Bộ Y tế, để thấy được những căn cứ, cơ sở khoa học trong kết luận GĐ của các bên. Các chuyên gia đã phân tích, đánh giá khả năng dây chuyền công nghệ phân tích ADN, trình độ chuyên gia của các cơ quan tham gia GĐ: Trung tâm Công nghệ sinh học (CNSH), Đại học Quốc gia Hà Nội là một đơn vị giảng dạy và nghiên cứu cơ bản, không phải là cơ quan chuyên về GĐ tư pháp.
Trong khi CNSH phát triển theo nhiều hướng rất riêng biệt, chẳng hạn nông nghiệp đi theo hướng đột biến gien để tăng năng suất cây trồng, vật nuôi (khoai tây, cà chua, thịt bò... đột biến gien ở Mỹ); y học phát hiện những nhiễm sắc thể, gien bất thường để chẩn đoán xác định những bệnh nhất định (ví dụ bệnh Langdon down; hội chứng Klinefelter...); trong lĩnh vực GĐ tư pháp CNSH lại đi theo một hướng hoàn toàn khác... Do khác nhau về mục đích dẫn đến phải có những phần mềm chuyên biệt không giống nhau.
Trung tâm phân tích gien bằng công nghệ thủ công và chỉ phân tích được từng gien đơn lẻ (không thể phân tích tổ hợp được); không có máy giải trình tự gien; hóa chất dùng cho phân tích gien phải tự pha chế; thao tác bằng tay nhiều trong quá trình phân tích nên dễ nhiễm chéo và độ sai sót cao; phân tích thủ công phụ thuộc vào nhiều yếu tố: độ ổn định của dòng điện, nước có tinh sạch, rồi người thao tác, môi trường... Đặc biệt, với phương pháp phân tích gien thủ công vì không có máy giải trình tự các bazơ nitơ nên người phân tích phải đọc kết quả bằng mắt thường, so sánh các băng vạch ADN với nhau nên phụ thuộc rất nhiều vào chủ quan của người phân tích.
Khi GĐ giúp PY Bộ Y tế, Trung tâm chỉ phân tích có hai gien, trong khi theo Hiệp hội gien Hình sự quốc tế thì phân tích đến 5 gien cũng không thể khẳng định hay loại trừ ai là cha đẻ của đứa trẻ mà phải phân tích đến 10 hay 13, thậm chí 16 gien. Sau này, rất tình cờ được biết máy giám định gien của Trung tâm CNSH được người đứng đầu trung tâm này mua về từ năm 1988. Vấn đề là ở chỗ năm 1985, Alec Reffreys, người Anh mới phát hiện ra trình tự các bazơ nitơ được lặp lại một số lần làm cơ sở cho việc GĐ ADN. Từ đó cho đến khi chế tạo ra máy phân tích ADN không phải một sớm một chiều.
Hai mốc thời gian trên cho phép khẳng định máy mà Trung tâm CNSH sử dụng để phân tích ADN trong vụ án này thuộc thế hệ đầu tiên của thế giới và đã hết sức lạc hậu. Trong Bản GĐ mẫu phụ hệ của PY Bộ Y tế còn đưa ra 8 chỉ số huyết học (nếu dùng để xác định huyết thống thì ở cấp độ rất thấp so với GĐ ADN, không phải là GĐ ADN, cho phép khẳng định hay loại trừ một vài trường hợp là cha đẻ) mà họ cũng nhờ Viện Huyết học và Truyền máu TW xét nghiệm giúp. Tuy nhiên, dựa vào 8 chỉ số này không thể khẳng định được Nguyễn Văn Tho hay Nguyễn T.T. là bố đẻ của Nguyễn Văn H., nhưng cũng không loại trừ được hai người này.
Ngược lại, vào thời điểm 1999, dây chuyền công nghệ phân tích gien của Viện KHHS là chiếc máy duy nhất và hiện đại nhất Việt Nam (chỉ vài nước giàu trong khối ASEAN mới có), với trang bị đồng bộ các thiết bị hiện đại bao gồm máy giải trình tự gien tự động ABI PRISM 377, máy nhân gien PE 9700 của Mỹ. Lúc này Mỹ chưa xóa bỏ lệnh cấm vận đối với nước ta nên chúng ta mua dây chuyền công nghệ này qua một nước thứ ba là Australia. Hóa chất dùng cho phân tích gien là các bộ Kit (là tổ hợp các loại hóa chất khác nhau đã được chuẩn hóa quốc tế, đăng ký bản quyền để sử dụng cho nghiên cứu và GĐ gien) cũng được nhập đồng bộ với thiết bị công nghệ.
Trong các bộ Kit dùng cho GĐ quan trọng nhất là bộ Kit nhân gien Nineplex II (còn gọi là Profiler Plus) cho phép máy giải trình tự phân tích cùng một lúc 10 gien, trong đó có gien giới tính. Quá trình GĐ hoàn toàn tự động do máy giải trình tự gien xử lý, phân tích và đưa ra kết quả. Khi giải trình tự các bazơ nitơ trên máy, các đoạn ADN được gắn huỳnh quang và đọc kết quả bằng kỹ thuật laser chính xác đến từng Nucleotid. GĐ viên chỉ còn hoàn thiện khâu cuối cùng, dựa trên kết quả này để đưa ra kết luận cuối cùng.
Theo nguyên lý của Hiệp hội gien Hình sự thế giới, càng có nhiều Locus gien giống nhau giữa người con và cha thì sai số càng tiệm cận số không. Với hệ Nineplex II, độ tin cậy đã khẳng định được là 99,9999% và tính ra phải có 72 tỉ người mới có 2 người trùng kiểu gien (có gien giống nhau). Về cán bộ, Viện KHHS có 6 GĐ viên được đào tạo cơ bản về GĐ gien ở
Các cán bộ và chuyên gia dự hội thảo thống nhất đánh giá: Kết luận GĐ của Viện KHHS là hoàn toàn tin cậy vì được tiến hành trên máy giải trình tự gien tự động, sử dụng bộ Kit chuẩn quốc tế, phân tích đến 10 gien... Ngay cả các đại diện của Tổ chức GĐPY Bộ Y tế cũng phải thừa nhận như vậy. Đại diện của Viện PY Bộ Quốc phòng còn khẳng định: Không cần GĐ lại nữa mà sử dụng kết luận GĐ của Viện KHHS...
Cũng cần nói rõ những quy định pháp luật về GĐ tư pháp là khi cơ quan hay tổ chức GĐ không có đủ điều kiện để GĐ những nội dung chính hay quan trọng nhất của yêu cầu GĐ thì phải từ chối tiến hành và kết luận GĐ. Tổ chức GĐPY - Bộ Y tế không có dây chuyền GĐ gien, không có chuyên gia được đào tạo về phân tích gien, lại tự đi thu mẫu rồi thuê một cơ quan khoa học khác GĐ là vi phạm pháp luật về GĐ tư pháp, vì luật pháp có quy định: Cơ quan tiến hành tố tụng có quyền trưng cầu GĐ đối với các cơ quan khoa học kỹ thuật không phải là cơ quan GĐ tư pháp, hoặc không có GĐ viên tư pháp được bổ nhiệm để hoạt động thường xuyên.
Cũng trong hội thảo này, một thông tin được Viện KHHS thông báo: Sau khi có kết quả GĐ (lần đầu) ông Tho là bố đẻ của cháu Nguyễn Văn H, thấy đây là vấn đề nhạy cảm về nhân văn dân tộc, nên dù tin tưởng ở khả năng của các chuyên gia và trình độ cao của dây chuyền công nghệ, Viện KHHS vẫn kiểm chứng kết quả GĐ của mình. Thông qua mối giao lưu khoa học, Viện đã gửi mẫu của các đối tượng GĐ dưới dạng ẩn sang Viện PY thuộc Đại học Tổng hợp Muenster, CHLB Đức nhờ giúp đỡ. Việc kiểm chứng này là cần thiết vì không thể phủ nhận CHLB Đức là một trong những quốc gia hàng đầu thế giới về giám định ADN hình sự. Công nghệ này chúng ta vừa mới triển khai nên chỉ có những mẫu tốt nhất như máu, tế bào niêm mạc miệng, gốc tóc (có tế bào biểu bì của da)... mới GĐ được.
Các nước có công nghệ cao về GĐ ADN có thể GĐ tốt khi chỉ có những mẫu khó như tế bào biểu bì da trên tã lót của trẻ sơ sinh, trên giày dép hay các vật dụng khác; mẫu mô cơ thể người cố định trong formol; các mẫu xương chôn vùi nhiều năm đã mục nát (trường hợp GĐ xương Sa hoàng ở nước Nga gần đây là một ví dụ)... mà chúng ta chưa làm được.
Tháng 3/2001, Viện KHHS nhận được bản GĐ của GS.TS Brinkmann với kết quả giống như kết luận của Viện. Nếu như các cơ quan tiến hành tố tụng có được niềm tin vào chân lý khách quan và làm đúng quy định về quyền sử dụng kết luận GĐ mà luật pháp đã trao cho họ, thì có lẽ đã không phải GĐ thêm một lần nữa (lần thứ ba) với một Hội đồng GĐ quốc gia, vì lại làm phát sinh những khập khiễng, sai sót, đó là: Tổ chức GĐPY - Bộ Y tế một lần nữa lại phải "nhờ" Trung tâm CNSH giúp đỡ; Viện PY - Bộ Quốc phòng thời điểm đó cũng chỉ có một máy phân tích gien theo phương pháp thủ công, phân tích từng gien đơn lẻ thì lại ở vị trí Chủ tịch Hội đồng GĐ quốc gia!?
Cũng trong lần giám định thứ ba này, Tòa thì bảo rằng "Có những hạn chế trong việc lấy mẫu, niêm phong mẫu". Bộ Y tế trong Công văn số 1711/BYT - ĐTr gửi các Bộ, cơ quan về việc thành lập Hội đồng GĐ lại nói rằng: việc giám định lần thứ ba đã có kết luận "nhưng không có quyết định thành lập Hội đồng" thì thật không hiểu đầu cua tai nheo ra sao cả? Vì đích thân ông Nguyễn Trọng Toàn, Viện trưởng Viện PY Quân đội, Chủ tịch Hội đồng GĐ quốc gia chủ trì việc thu mẫu GĐ trước sự chứng kiến của đầy đủ các cơ quan chức năng, đoàn thể, mẫu được niêm phong và ký hiệu dưới dạng mẫu ẩn thì sao lại có chuyện "có những hạn chế trong việc thu mẫu, niêm phong mẫu hay "việc thu mẫu đã có nhiều sai sót" như Tòa đã tuyên!?
Tuy nhiên, những điều tréo ngoe này vẫn còn thua xa việc Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại TP HCM tuyên "chiểu theo nguyện vọng của bị cáo" để tạm hoãn phiên tòa, giám định ADN một lần nữa, có lẽ đây cũng là một trường hợp hy hữu ở Việt
Để kết thúc xin có lời rằng, chúng ta đã quản lý quá yếu kém hoạt động, quá chậm trong việc đầu tư phát triển lĩnh vực GĐ tư pháp và tình trạng này cần phải sớm được cải thiện. Tiếng là Viện GĐPY quốc gia mà đến nay vẫn chưa có máy phân tích ADN. Được biết cuối năm 2009, với Quyết định trưng cầu giám định của Viện KSND tối cao, Viện PY quốc gia đã trình Nhà nước phương án đưa mẫu sang Cộng hòa Pháp nhờ GĐ nhưng không được chấp thuận. Cũng chưa biết lần thứ năm này Viện nhờ GĐ ở đâu mà đến nửa năm mới có kết luận giám định?
