Cụ thể, trong cấp giấy phép kinh doanh vận tải, Sở GTVT tỉnh Tây Ninh cấp giấy phép chưa phù hợp với ngành nghề kinh doanh trong giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Sở GTVT Quảng Ngãi có người điều hành vận tải chưa đáp ứng điều kiện, tiêu chuẩn, quy định về bộ phận quản lý các điều kiện về ATGT trong hồ sơ xin cấp phép còn chung chung.
Nhiều Sở còn tình trạng đơn vị kinh doanh vận tải không nộp giấy phép bị thu hồi và phù hiệu, biển hiệu kèm theo nhưng chưa có biện pháp quyết liệt thu hồi như Sở GTVT Long An, Kiên Giang, Hậu Giang, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Bắc Giang, Bắc Ninh, Hưng Yên, Nghệ An, Hà Tĩnh… Tỷ lệ nộp phù hiệu, biển hiệu bị thu hồi do trong tháng có vi phạm tốc độ quá 5 lần/1.000km xe chạy hoặc do thu hồi giấy phép kinh doanh vận tải còn thấp, trung bình đạt khoảng 60% đa phần xảy ra ở các Sở GTVT được kiểm tra (trừ Sở GTVT Yên Bái, Lai Châu, Hà Giang).
Bên cạnh đó, các Sở chưa có biện pháp quyết liệt để thu hồi và xử lý đối với các trường hợp không nộp lại phù hiệu bị thu hồi theo quy định. Nhiều Sở chưa thường xuyên truy cập, khai thác sử dụng các thông tin bắt buộc từ thiết bị giám sát hành trình (GSHT), tra cứu dữ liệu camera trên máy chủ của các đơn vị kinh doanh vận tải để phục vụ công tác quản lý hoạt động kinh doanh vận tải trên địa bàn; chưa xử lý vi phạm về thời gian lái xe liên tục, không truyền dữ liệu thiết bị GSHT.
Ngoài ra, trong thời gian dài, đa số các Sở GTVT chưa có biện pháp xử lý nhiều đơn vị kinh doanh vận chuyển khách (hợp đồng, du lịch) không cung cấp nội dung tối thiểu hợp đồng vận chuyển. Nhiều Sở chưa xử phạt, kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử phạt một số vi phạm hoặc các vi phạm được phát hiện qua công tác thanh tra, kiểm tra đơn vị. Hay việc một số Sở không ban hành kết luận hoặc thông báo kết quả kiểm tra hoặc văn bản chỉ đạo, chấn chỉnh hoạt động kinh doanh vận tải bằng xe ôtô sau kiểm tra để đảm bảo hiệu lực, hiệu quả của công tác quản lý nhà nước nói chung và công tác kiểm tra nói riêng.
Đối với các đơn vị kinh doanh vận tải, Thanh tra Bộ GTVT cũng chỉ rõ những tồn tại, bất cập từ việc xây dựng, thực hiện quy trình đảm bảo an toàn giao thông đến việc quản lý sử dụng lái xe, nhân viên phục vụ trên xe, thậm chí đến cả việc quản lý, sử dụng phương tiện. Cụ thể, nhiều đơn vị kinh doanh vận tải xây dựng quy trình đảm bảo không đủ các nội dung theo quy định; bộ phận quản lý các điều kiện về an toàn giao thông không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chức năng, nhiệm vụ theo quy định. Nhất là chưa thường xuyên truy cập, theo dõi, khai thác, dữ liệu thiết bị GSHT, camera giám sát lắp trên xe ôtô để cảnh báo, nhắc nhở, xử lý vi phạm (nếu có) đối với lái xe. Hay như một số đơn vị kinh doanh vận tải chưa tổ chức tập huấn nghiệp vụ vận tải và ATGT cho người lái xe, nhân viên phục vụ trên xe; chưa ký hợp đồng lao động, đóng bảo hiểm xã hội, tổ chức khám sức khỏe định kỳ, cấp thẻ nhận dạng lái xe cho lái xe, lập lý lịch hành nghề lái xe theo quy định. Một số đơn vị kinh doanh vận tải không lập hồ sơ lý lịch phương tiện; sử dụng xe ôtô có phù hiệu không còn giá trị sử dụng để kinh doanh vận tải.
Thanh tra Bộ GTVT cho biết, một trong những nguyên nhân dẫn đến tồn tại nêu trên là do một số quy định chưa chặt chẽ, khó thực hiện như: Không quy định về thời hạn thu hồi phù hiệu, biển hiệu xe vi phạm tốc độ dẫn đến tình trạng đơn vị vận tải xin cấp lại phù hiệu ngay sau khi nộp, làm giảm hiệu quả răn đe, phòng ngừa vi phạm tốc độ lái xe. Cách tính trùng lặp điểm đầu, điểm cuối trên mỗi xe ôtô và trên cùng một tuyến phố (một tuyến đường), ngõ (hẻm) dẫn đến hiện tượng đơn vị quay vòng các xe, các địa điểm đón trả khách hoặc tắt thiết bị GSHT trong một khoảng thời gian để không vi phạm tỷ lệ trùng lặp theo quy định.
Thanh tra Bộ GTVT còn cho hay, phần mềm quản lý vận tải đường bộ còn hạn chế. Cụ thể là thiếu sự liên kết giữa các phần mềm, giữa các phần mềm và Cổng dịch vụ công tại địa phương để xử lý dữ liệu; việc truy cập không ổn định, mất kết nối khi thao tác trên các phần mềm dẫn tới thời gian xử lý kéo dài; phần mềm thiếu các tính năng hỗ trợ công tác quản lý của các Sở như tổng hợp báo cáo, chưa có tuỳ chọn thiết lập hành trình đăng ký khai thác tuyến, thiếu trường tên đường phục vụ quá trình rà soát đối chiếu dữ liệu GSHT; việc cập nhật các đường cao tốc mới đưa vào khai thác, sử dụng chưa kịp thời đã gây nhiều khó khăn trong đối chiếu số liệu xử lý vi phạm tốc độ; việc tổng hợp, thông báo số liệu vi phạm hàng tháng về tốc độ chạy xe, thời gian lái xe liên tục, truyền dữ liệu GSHT của Cục Đường bộ Việt Nam còn chậm dẫn đến việc chậm ban hành quyết định thu hồi phù hiệu xe vi phạm tốc độ của Sở.
Nói về nguyên nhân chủ quan dẫn tới các tồn tại ở trên, kết luận thanh tra Bộ GTVT thẳng thắn nêu: Lãnh đạo một số Sở GTVT thiếu sâu sát trong lãnh đạo, chỉ đạo về công tác vận tải đường bộ; Một bộ phận cán bộ tham mưu về công tác quản lý vận tải chưa thực hiện hết trách nhiệm trong thực thi công vụ; còn hạn chế trong sử dụng, khai thác các phần mềm quản lý vận tải. Bênh cạnh đó, công tác quản lý, điều hành của Giám đốc đơn vị vận tải, chủ hộ kinh doanh vận tải còn lỏng lẻo, chưa khoa học; chưa nghiên cứu, tìm hiểu kỹ các quy định của nhà nước về KDVT bằng xe ôtô để thực hiện.
Hà Nội yêu cầu siết chặt hoạt động kinh doanh vận tải bằng ô tô 
Kiểm soát chặt xe kinh doanh vận tải, kéo giảm tai nạn giao thông 
