Kết quả kiểm tra, rà soát của các Sở, ngành tỉnh Đồng Nai cùng UBND TP Biên Hòa và UBND phường Phước Tân, dự án này chưa được chấp thuận chủ trương đầu tư, chưa hoàn thiện thủ tục đất đai, dù đã đi vào hoạt động hơn từ năm 2007. Tại đây đã xây dựng các công trình trên đất để sử dụng vào mục đích thương mại, dịch vụ với diện tích hơn 32.000 m2. Trong đó, chỉ có 8.500m2 đã được chuyển đổi mục đích sử dụng đất, còn lại xây trên đất nông nghiệp, đất ở.
Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài đã có văn bản gửi Tỉnh ủy, UBND Đồng Nai kiến nghị chuyển đổi từ dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài sang đầu tư dự án khu dân cư. Lý do được công ty này đưa ra là “phân lô” để lấy kinh phí đầu tư dự án Safari. Safari là định hướng phát triển du lịch và bảo tồn động vật hoang dã mà Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài dự định kế hoạch đầu tư với diện tích hơn 410ha tại xã Mã Đà, huyện Vĩnh Cửu trong thời gian tới. Công ty này đề nghị được chuyển các loại động vật đang được nuôi dưỡng, chăm sóc tại Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài về Safari do diện tích khu du lịch hiện nay tại phường Phước Tân không đáp ứng không gian để chăm sóc số lượng các loại động vật phát triển.
Theo hồ sơ, năm 2005 UBND tỉnh Đồng Nai đã quyết định chấp thuận chủ trương và giới thiệu địa điểm cho bà Dương Thị Nhã lập thủ tục đầu tư trang trại chăn nuôi với diện tích hơn 21 ha tại xã Phước Tân.
Đến ngày năm 2007, UBND tỉnh Đồng Nai chấp thuận cho DNTN trang trại Vườn Xoài chuyển mục tiêu đầu tư sang Khu du lịch sinh thái, vui chơi giải trí, đồng thời bổ sung diện tích lên 31 ha. Đến năm 2009, UBND huyện Long Thành đã ban hành 4 quyết định cho phép DNTN trang trại Vườn Xoài chuyển mục đích sử dụng đất từ các loại đất nông nghiệp, đất rừng trồng sản xuất, đất trồng lúa nước sang sản xuất kinh doanh với diện tích hơn 8.500m2. Đến năm 2014, UBND tỉnh Đồng Nai thỏa thuận địa điểm cho Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài đầu tư dự án khu vui chơi, giải trí, nghỉ dưỡng diện tích hơn 32 ha.
Năm 2016, UBND tỉnh Đồng Nai phê duyệt quy hoạch chi tiết xây dựng 1/500 điểm du lịch và thương mại dịch vụ. Nhưng trước đó, hàng loạt công trình được xây dựng đi vào hoạt động. UBND xã Phước Tân kiểm tra hiện trạng sử dụng đất ngày 13/7/2015 ghi nhận tại trong Khu du lịch này đã xây dựng nhà hàng, khách sạn, nhà thi đấu. Trong khi đó, Sở Xây dựng Đồng Nai xác định, chưa cấp giấy phép xây dựng cho các công trình tại dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài. Ngoài ra, qua chồng ghép hiện trạng các công trình xây dựng tại khu vực dự án lên bản đồ quy hoạch chi tiết 1/500 được UBND tỉnh duyệt, thì nhiều công trình chưa phù hợp với quy hoạch mọc lên trong khu vực này.
Năm 2015, Thanh tra Sở Xây dựng Đồng Nai đã kiểm tra, xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TNHH Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài về hành vi tổ chức thi công công trình chuồng nuôi thú không có giấy phép. Về các thủ tục đất đai, xây dựng, tài nguyên nước thì phía Sở Tài nguyên và Môi trường Đồng Nai cũng đã kiểm tra và khẳng định dự án Khu du lịch sinh thái Vườn Xoài đi vào hoạt động từ năm 2007 đến nay nhưng chưa được chấp thuận chủ trương. Trước những sai phạm trên, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai Cao Tiến Dũng chỉ đạo thành lập Đoàn kiểm tra liên ngành để xử lý các sai phạm...
Đại diện Khu du lịch Vườn Xoài cho biết, khi thông báo đóng cửa ngừng hoạt động tạm thời, khu du lịch này đối diện với rất nhiều khó khăn. Khu du lịch đã gửi lời xin lỗi đến các đối tác khách hàng, đồng thời tổ chức thu xếp về công việc, tiền lương cho hơn 200 nhân viên của khu du lịch nghỉ việc. Ngoài ra, hàng trăm loại thú cần được bố trí chăm sóc trong thời gian sắp tới cũng là một vấn đề nan giải.
Làm rõ vụ Khu du lịch sinh thái rộng 42 ha xây dựng "chui" 
Xây dựng trái phép, Khu du lịch Nam Hồ bị phạt 110 triệu đồng 
