Giai đoạn 2 của dự án này có vai trò quan trọng với mục tiêu hoàn chỉnh hệ thống thu gom, xử lý nước thải cho toàn bộ lưu vực Nhiêu Lộc - Thị Nghè và địa bàn quận 2 cũ. Các hạng mục chính của giai đoạn 2 là xây dựng tuyến cống bao đường kính 3,2m, chiều dài 7,85km; Nhà máy xử lý nước thải có công suất 480 nghìn m3/ngày đêm; xây dựng hệ thống cống thoát nước cấp 2, 3 trên địa bàn quận 2 cũ, chỉnh trang đô thị và góp phần khôi phục, bảo tồn hệ sinh thái sông Sài Gòn cũng như hạ lưu sông Đồng Nai. Tổng vốn đầu tư được thành phố xác định vào năm ngoái là 499 triệu USD, tương đương với hơn 10.606 tỷ đồng chủ yếu từ nguồn vốn vay của nước ngoài và một phần vốn đối ứng từ ngân sách.
Tuy nhiên, thông tin về tình hình thực hiện dự án vào ngày 5/12/2024 vừa qua, ông Nguyễn Hoàng Anh Dũng, Phó giám đốc Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng hạ tầng đô thị (Ban hạ tầng) TP Hồ Chí Minh cho biết, đến thời điểm cuối năm, Sở TNMT vẫn chưa báo cáo UBND thành phố về việc này. Trao đổi với Sở TNMT, Ban hạ tầng được biết do Luật Đất đai mới có hiệu lực, thủ tục trình tự và hồ sơ có một số thay đổi nên Sở TNMT đang rà soát, tổng hợp.
Ngày 9/10/2024, Sở TNMT có văn bản đề nghị Ban hạ tầng phối hợp với UBND TP Thủ Đức xác nhận việc thu hồi đất, bồi thường và giải phóng mặt bằng của dự án đã được hoàn tất. Ngày 15/11/2024, UBND thành phố đã giao Sở TNMT và UBND TP Thủ Đức giải quyết kiến nghị trên của Ban hạ tầng.
Theo ông Nguyễn Hoàng Anh Dũng, việc bồi thường, giải tỏa đã được hoàn tất, phạm vi mặt bằng xây dựng nhà máy đã được bàn giao cho dự án, nhà thầu đang triển khai thi công. Vì vậy Sở TNMT có thể trình ngay UBND thành phố ra quyết định giao đất chứ không nhất thiết phải chờ thông tin xác nhận đã hoàn tất bồi thường, giải tỏa mặt bằng. Xác nhận việc này, ông Võ Trí Dũng, Trưởng ban Bồi thường giải phóng mặt bằng TP Thủ Đức khẳng định đã bàn giao mặt bằng Nhà máy xử lý nước thải từ lâu.
Gói thầu Thiết kế - Thi công - Vận hành (DBO) Nhà máy xử lý nước thải Nhiêu Lộc - Thị Nghè (gói thầu XL-02) đã được ký từ ngày 8/3/2019 với giá trị lên đến 5.468 tỷ đồng, nhưng đến cuối tháng 11/2024 vừa qua mới chỉ đạt hơn 57% giá trị xây lắp. Trong khi gói thầu XL- 02 là “trái tim” của dự án trong cả giai đoạn 1 và giai đoạn 2. Riêng giai đoạn 1 đã hoàn thành từ cách đây hơn chục năm với việc xây dựng tuyến cống ngầm dưới kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè, cải tạo hệ thống thoát nước trong lưu vực kênh thuộc các quận 1, 3, Bình Thạnh, Phú Nhuận, Tân Bình. Do dự án chưa hoàn thành, nên hàng ngày vẫn có khoảng 250.000 m3 nước thải trong lưu vực được thải trực tiếp ra sông Sài Gòn mà không được xử lý.
Về nguyên nhân khiến việc thực hiện gói thầu trên kéo dài, ông Nguyễn Hoàng Anh Dũng giải thích, công tác lựa chọn nhà thầu được thực hiện theo đấu thầu công nghệ mới dẫn đến quá trình đánh giá hồ sơ dự thầu kéo dài 15 tháng. Lý do, phải đánh giá, so sánh nhiều công nghệ khác nhau được nhà thầu đề xuất và chứng minh công nghệ được chọn là phù hợp để báo cáo đánh giá hồ sơ dự thầu. Đồng thời, trong quá trình thực hiện hợp đồng, nhà thầu trúng thầu gói này đã đề xuất công nghệ MBBR để thay thế công nghệ SBR nên phải thực hiện các công tác điều chỉnh thiết kế cơ sở, điều chỉnh quy hoạch chi tiết Nhà máy xử lý nước thải trước khi phê duyệt thiết kế kỹ thuật và tiến hành thi công.
Ngoài ra, theo ông Nguyễn Hoàng Anh Dũng, hình thức hợp đồng DBO cho gói thầu XL- 02 lần đầu tiên được áp dụng tại TP Hồ Chí Minh nên có nhiều khó khăn không thể lường trước trong quá trình thực hiện do loại hợp đồng này chưa được quy định cụ thể trong các văn bản pháp luật liên quan. Thế nhưng, dự án giai đoạn 2 này có đến 16 gói thầu tư vấn do các nhà thầu, liên danh nhà thầu trong và ngoài nước đảm trách với số tiền bỏ ra thuê các nhà thầu tư vấn rất lớn. Gói thầu tư vấn thấp nhất cũng lên đến hơn 8,5 tỷ đồng, gói cao nhất lên đến 176 tỷ đồng cộng với 5,4 triệu EURO và hơn 5,9 triệu USD. Từ đó câu hỏi đặt ra là trách nhiệm của các nhà thầu tư vấn này như thế nào khi dự án chậm tiến độ?
Về hạng mục pin mặt trời lắp tại khu vực Nhà máy xử lý nước thải, thực hiện chỉ đạo của UBND thành phố, Ban hạ tầng đã đề xuất Sở Công thương về hạng mục hệ thống này. Từ đề nghị của Ban hạ tầng và Sở Công thương, tháng 10/2024 UBND thành phố đã có ý kiến chỉ đạo. Tuy nhiên, phần pin mặt trời áp mái “tự sản tự tiêu” đã có cơ chế rõ ràng, còn phần pin mặt trời lắp đặt trên mặt đất của dự án, đến cuối năm vừa qua vẫn phải chờ Bộ Công thương có ý kiến phản hồi.
Ngoài khó khăn vướng mắc phải tháo gỡ do Hiệp định vay tín dụng từ nước ngoài cho dự án đã hết hiệu lực do dự án chậm tiến độ. Khi việc vận hành thử Nhà máy xử lý nước thải đã được ấn định vào ngày 30/9 năm nay, thì một loạt các hạng mục của phần kiến trúc và phần cơ điện vẫn đang trong quá trình xem xét, phê duyệt; một số hạng mục thi công đang chậm tiến độ so với kế hoạch. Tình trạng trên dẫn đến việc không đảm bảo kế hoạch giải ngân vốn đầu tư trong năm 2024.
Dự án quan trọng nhưng chậm tiến độ này một lần nữa phản ánh hạn chế trong quản lý đầu tư công trình hạ tầng đô thị có giá trị, quy mô lớn của TP Hồ Chí Minh.
Mở rộng điều tra sai phạm ở dự án nghìn tỷ vệ sinh môi trường Quảng Bình 
450 triệu USD cải thiện vệ sinh môi trường tại TP Hồ Chí Minh 
