Theo tuyên bố của Tổng thống Yudhoyono, lộ trình cải tổ nội các của ông sẽ diễn ra trước ngày 20/10/2011, tức là tròn 2 năm nhiệm kỳ thứ 2. "Tổng thống muốn tìm những phương cách mới để cải thiện hiệu quả hoạt động của bộ máy" - phát biểu của Daniel Sparringa - một cố vấn của Tổng thống Yudhoyono. Theo giới phân tích, trong 3 năm còn lại của nhiệm kỳ 2, ông Yudhoyono không còn cách nào khác hơn là phải cải tổ nội các.
Chính phủ của ông Yudhoyono là một liên minh nhiều đảng, vì vậy nội các bao gồm thành phần của nhiều đảng nhỏ trong liên minh. Sự "đa dạng" này không chỉ chứa đựng năng lực làm việc không đồng đều mà còn bao gồm cả những cạnh tranh không phải về năng lực làm việc mà về lợi ích riêng. Trong cuộc chiến chống tham nhũng, những cạnh tranh, nói đúng hơn là sự đấu đá lẫn nhau, đã làm cho mâu thuẫn nội bộ càng thêm sâu sắc, khiến cho nội các trở thành mục tiêu công kích của báo chí, của các đảng phái đối lập và dư luận nói chung.
Giới quan sát cho rằng ông Yudhoyono hiện đang gặp rất nhiều khó khăn trong cuộc chiến chống tham nhũng cũng vì nội các liên minh lủng củng. Hàng loạt vụ án tham nhũng trong thời gian gần đây đã bộc lộ những yếu kém về năng lực quản lý, điều hành và phòng, chống tham nhũng trong từng bộ, ngành ở trung ương. Hiện có ít nhất 2 bộ trưởng trong nội các của ông Yudhoyono đang bị dư luận công kích dữ dội vì những bê bối xảy ra trong cơ quan mình quản lý.
Tháng 8/2011, 2 quan chức trong Bộ Nhân lực và Di dân đã bị bắt với cáo buộc nhận 1,5 tỉ rupiah (tương đương 175.000 USD) tiền "lại quả" từ một nữ doanh nhân đang tìm cách lôi kéo các quỹ đầu tư phát triển của chính phủ về địa phương nơi công ty bà đang hoạt động nhằm tạo cơ hội kiếm lợi.
Trước đó, ngày 8/8/2011, đã xảy ra một vụ còn nghiêm trọng hơn, khi cựu thủ quỹ đảng Dân chủ (PD) Muhammad Nazaruddin, 33 tuổi, bị bắt khi đang bỏ trốn ở thành phố Cartagena của Colombia. Nazaruddin dính líu trong vụ trọng án tham ô, rút ruột các công trình xây dựng khu làng vận động viên phục vụ SEA Games 26 (chuẩn bị khai diễn vào tháng 11/2011 tới).
Liên quan đến vụ án này, thư ký riêng của Bộ trưởng và 2 người nữa ở Bộ Thanh niên và Thể thao Indonesia cũng đã bị bắt. Điều khiến dư luận bất bình nhất trong cả 2 vụ án này chính là thái độ thiếu trách nhiệm của các vị bộ trưởng liên quan; cả 2 vị đều không tự giác đưa ra đề nghị từ chức.
Vấn đề càng nghiêm trọng, đặc biệt là đối với đảng PD của Tổng thống Yudhoyono khi nghi phạm chính Nazaruddin đã công khai tố cáo Chủ tịch đảng là Anas Urbaningrum cũng có dính líu tham nhũng (đương nhiên Anas Urbaningrum chối bỏ mọi cáo buộc). Cần biết rằng, Urbaningrum là ứng viên sáng giá nhất thay thế ông Yudhoyono ra tranh cử ghế tổng thống
Ngày 28/9/2011, Thứ trưởng Bộ Giáo dục Quốc gia Fasli Djalal đã bị cảnh sát quốc gia thẩm vấn lần thứ 2 với tư cách nhân chứng trong vụ án tham nhũng của Nazaruddin. Đặc biệt, trong lần thẩm vấn thứ 2 này, Fasli buộc phải trả lời về vai trò của mình trong vụ mua sắm trang thiết bị trường học phân bổ cho 30 tỉnh vào năm 2007, khi đó ông còn là Tổng giám đốc Chương trình mua sắm trang thiết bị trường học và cải thiện chất lượng giáo dục của Bộ Giáo dục, kinh phí do ngân sách chính phủ cấp đến 140 tỉ rupiah. Đáng nói là, việc mua sắm cho chương trình đó lại có liên quan đến một công ty do ông Nazaruddin làm chủ.
Cuộc chiến chống tham nhũng ở
Ông Yudhoyono còn thể hiện "quốc pháp bất vị thân" khi cho bắt giam và xử tù (3 năm 6 tháng) cả ông thông gia của mình là Aulia Pohan - cựu Phó thống đốc Ngân hàng
Kinh tế
