Các nhà phân tích nhận định những vụ án chống lại ISI không chắc sẽ có cơ may thành công, thậm chí một số ít người còn tin rằng những vụ kiện sẽ bị gây cản trở vì dám chống lại nền tảng của quyền lực quân sự tối cao ở Pakistan.
Trong vụ án thứ nhất, mở phiên tòa hôm 1/2/2012, Tòa án Tối cao ra lệnh cho ISI giải thích việc tại sao 4 tù nhân do cơ quan này giam giữ bị chết trong những hoàn cảnh bí ẩn trong 6 tháng qua.
Vụ án thứ hai, dự kiến mở phiên tòa vào ngày 29/2/2012, lật lại vụ bê bối liên quan đến bầu cử (được gọi là vụ "Mehrangate") vốn đã "ngủ yên" từ lâu, trong đó tập trung vào khoản tiền đóng góp bất hợp pháp 6,5 triệu USD được coi là một phần trong chiến dịch bí mật của ISI (và cuối cùng đã thành công) nhằm gây ảnh hưởng đến cuộc bầu cử năm 1990.
Hai vụ án đã đánh thẳng vào trung tâm quyền lực của ISI - cơ quan có quyền tự ý giam giữ công dân và tự do can thiệp vào đời sống chính trị của Pakistan. Những vụ kiện xảy đến sau 1 năm ISI gặp nhiều sóng gió - như là cơ quan phải đối mặt với những sự chỉ trích gay gắt về vụ trùm khủng bố Osama bin Laden bị biệt kích Mỹ giết chết ngay bên trong lãnh thổ Pakistan; và mới đây nhất là vai trò của cơ quan trong một vụ bê bối chính trị u ám làm dấy lên lời đồn đại về một âm mưu đảo chính quân sự.
Hiện nay ISI đang gặp thách thức từ một người mà họ không hề ngờ được - đó là lãnh đạo Tòa án tối cao Iftikhar Muhammas Chaudhry. Trong thời gian gần đây, thẩm phán Chaudhry bị chỉ trích vì đã có hành động nương tay đối với quân đội khi ông xử lý cuộc đối đầu giữa chính quyền và quân đội. Nhưng nay Chaudhry có vẻ như đã quyết định chứng minh rằng ông không hề nương tay với quân đội. Ayaz Amir, chính khách đối lập ở Punjab, nhận định hai vụ kiện chống ISI là phản ứng không thể tránh khỏi của công luận và người ta muốn nhìn thấy những phiên tòa đại diện cho người dân. Và hành động của tòa án tối cao đã nhận được sự ủng hộ rộng rãi của dân chúng Pakistan.
Thẩm phán chủ tịch tòa án tối cao Pakistan, Iftikhar Muhammad Chaudhry (giữa), giữa những người ủng hộ ông trong năm 2009.
Ngày 3/2, Chaudhry Nisar Ali Khan, lãnh đạo phe đối lập ở Quốc hội Pakistan, so sánh quân đội nước này với "mafia" trong cuộc tranh luận tại quốc hội về vụ việc 4 tù nhân đã chết khi bị ISI giam giữ. Sang ngày hôm sau, Jamaat-e-Islami, đảng tôn giáo lớn nhất Pakistan, đề xuất một luật để tước quyền giam giữ người của ISI.
Phiên tòa mở hôm 1/2 được coi là một bước quan trọng trong việc làm sáng tỏ số phận của những người bị coi là "mất tích" - hàng trăm người Pakistan đã biến mất một cách khó hiểu khi bị ISI giam cầm trong thập niên qua, giữa những ám chỉ về sự tra tấn và hành hình của ISI mà không qua xét xử từ phía các nhóm nhân quyền.
Tất cả 11 người bị buộc tội tổ chức những cuộc tấn công khủng bố chống quân đội và các căn cứ của ISI từ tháng 11/2007 đến tháng 1/2008 được xét xử trong một phiên tòa chống khủng bố và được thả vào tháng 4/2010. Nhưng nhiều tháng sau họ bị ISI giam cầm trở lại và sau đó 4 tù nhân đã chết một cách khó hiểu. Một tù nhân chết trong tháng 4/2011 và thêm 2 tù nhân khác chết vào tháng 12 cùng năm.
Ngày 21/1/2012 tù nhân thứ tư tên là Abdul Saboor, 28 tuổi, được tuyên bố là đã chết. Abdul Baais, em trai của nạn nhân, được ISI chỉ đến một trạm xăng bên ngoài Peshawar, nơi tìm thấy xác của Saboor nằm trong chiếc xe cứu thương. Trên lưng của Saboor có nhiều vết bầm tím và Baais tin rằng anh mình bị đầu độc. Sau đó xác của Saboor được gia đình chôn cất nhanh chóng mà không qua khám nghiệm tử thi. Hiện Baais đang lo sợ cho số phận của hai người anh em khác, Majid và Basit, đang bị ISI giam giữ trong vụ án 11 người liên quan đến những vụ đánh bom khủng bố.
Trong khi đó, một quan chức an ninh giấu tên thừa nhận: 11 người bị ISI giam giữ nhưng nhấn mạnh đó là hành động hợp pháp. Người sĩ quan này cũng tuyên bố số tù nhân chết do những nguyên nhân tự nhiên, như là bệnh tim và viêm gan. Viên sĩ quan đưa ra một tài liệu mô tả chi tiết về vai trò của 11 tù nhân trong những vụ đánh bom trong hai năm 2007 và 2008 và số người này đã nhận tội, đồng thời chỉ trích hệ thống tòa án hình sự yếu kém của Pakistan đã không buộc tội được những người này.
Tuy nhiên, Tòa án Tối cao không thỏa mãn trước sự giải thích của ISI và yêu cầu IST đưa ra những chi tiết có tính thuyết phục hơn nữa. Hiện các nhóm nhân quyền đang lo ngại cho số phận của ít nhất 380 người Pakistan đang bị ISI giam cầm.
Asad Durrani, cựu lãnh đạo ISI.
Vụ án thứ hai gọi là "Mehrangate" bắt đầu từ năm 1996, khi Tòa án Tối cao chứng minh rằng ISI đã gửi khoản tiền tương đương 6,5 triệu USD qua Ngân hàng Mehran đến một liên minh chính trị cánh hữu trước cuộc bầu cử năm 1990. Trung tướng Asad Durrani, người lãnh đạo ISI lúc đó, tuyên bố trước tòa rằng mục đích của số tiền quyên góp này là nhằm đánh bại Thủ tướng Benazir Bhutto, người mà quân đội hoàn toàn không tin tưởng và để ủng hộ những ứng cử viên khác. Nhưng bất chấp bằng chứng gây sửng sốt cho mọi người, vụ Mehrangate cũng bị xếp xó trong suốt nhiều năm và cho đến hôm nay mới được lật lại trong phiên tòa dự kiến mở vào ngày 29/2 tới.
Trong phiên tòa mới xét xử vụ "Mehrangate", cựu lãnh đạo ISI Asad Durrani có khả năng bị truy tố, cùng với một trong số những người hưởng lợi từ quỹ đen của ISI là lãnh đạo đối lập Nawaz Sharif. Nawaz Shari từng hai lần đắc cử Thủ tướng Pakistan, phục vụ 2 nhiệm kỳ không liên tục từ ngày 1/11/1990 đến 18/7/1993 và 17/2/1997 đến 12/10/1999. Nếu chứng minh được Sharif bỏ túi 1,6 triệu USD thì sự nghiệp chính trị của ông ta sẽ sụp đổ. Tuy nhiên, viễn cảnh về việc cơ quan quyền lực ISI sẽ bị thua kiện xem ra rất mong manh.
Brad Adams, Giám đốc khu vực châu Á của Tổ chức giám sát nhân quyền (HRW), cho rằng ISI hiện nay vẫn còn nằm ngoài tầm tay của hệ thống tòa án hình sự Pakistan