Hội nghị được tổ chức theo hình thức trực tiếp tại Trụ sở Chính phủ, trực tuyến tới điểm cầu Văn phòng thường trực Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai và điểm cầu 26 tỉnh, thành phố phía Bắc từ Thanh Hóa trở ra.
Dự hội nghị có Phó Thủ tướng Thường trực Nguyễn Hòa Bình (tại điểm cầu tỉnh Đắk Lắk); các Phó Thủ tướng Chính phủ: Trần Hồng Hà, Lê Thành Long, Hồ Đức Phớc; Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, Cơ quan thuộc Chính phủ; Chủ tịch các Tập đoàn kinh tế Nhà nước, Ngân hàng thương mại Nhà nước; lãnh đạo tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Tính đến sáng 15/9, bão số 3, mưa lũ, sạt lở, ngập úng do hoàn lưu sau bão đã làm 348 người chết và mất tích, trong đó 281 người chết và 67 người mất tích. Hội nghị đã dành 1 phút mặc niệm tưởng nhớ các nạn nhân bị thiệt mạng do bão lũ gây ra.
Mở đầu hội nghị, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính cho biết, bão số 3 là cơn bão có cường độ lớn, tốc độ cao, phạm vi rộng, đối tượng tác động nhiều, thời gian lưu bão dài, gây mưa lũ lớn trên diện rộng, hậu quả nghiêm trọng cả về người, tài sản, vật chất và tinh thần.
Ngay từ khi bão số 3 hình thành, tiến vào Biển Đông, nguy cơ ảnh hưởng tới đất liền nước ta, Bộ Chính trị, Chính phủ đã chỉ đạo, theo dõi sát diễn biến để ứng phó kịp thời. Bộ Chính trị đã họp nghe báo cáo tình hình, ra kết luận. Các đồng chí lãnh đạo Đảng, Nhà nước, Ủy viên Bộ Chính trị đã trực tiếp xuống địa bàn chỉ đạo, đôn đốc về phòng, chống, ứng phó, khắc phục hậu quả bão số 3 và mưa lũ, sạt lở, ngập úng.
Đặc biệt, Thủ tướng Chính phủ đã có 9 công điện chỉ đạo công tác về phòng, chống, ứng phó, khắc phục hậu quả bão số 3 và mưa lũ, sạt lở, ngập úng; bảo đảm an toàn hồ thủy điện Thác Bà, đê Hoàng Long, điều hòa điều hòa các hồ thủy điện Lai Châu, Sơn La, Hòa Bình. Các bộ, ngành, địa phương, nhất là lực lượng chủ công, trực tiếp tham gia phòng, chống, ứng phó, khắc phục hậu quả bão số 3 và mưa lũ, sạt lở, ngập úng đã phối hợp chặt chẽ, nhanh chóng; người dân tin tưởng, ủng hộ, đoàn kết thực hiện phòng, chống, ứng phó, khắc phục hậu quả thiên tai theo hướng dẫn… Do đó, tình hình thiệt hại được giảm thiểu.
Với tinh thần “tất cả vì nhân dân, vì sự phát triển của đất nước”, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Hội nghị điểm lại tình hình, tập trung thảo luận, đóng góp ý kiến, đề xuất nhiệm vụ giải pháp để thực hiện, đạt mục tiêu: Khẩn trương khắc phục hậu quả, nhanh chóng ổn định đời sống, khôi phục hoạt động sản xuất, kinh doanh, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các Bộ, ngành, địa phương đã chủ động chỉ đạo từ sớm, từ xa, theo sát tình hình diễn biến bão, mưa lũ. Các lực lượng, đặc biệt là quân đội, công an, lực lượng xung kích phòng chống thiên tai ở cơ sở đã quán triệt, thực hiện nghiêm túc chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, qua đó đã hướng dẫn cho 51.319 tàu cá/219.913 người và phương tiện, tàu vận tải hoạt động trên biển thoát ra khỏi vùng nguy hiểm hoặc về nơi tránh trú về nơi tránh trú; tổ chức sơ tán 52.979 người trên lồng bè, chòi canh nuôi thuỷ sản, nhà yếu đến nơi an toàn; sơ tán, di dời 74.526 hộ/130.246 người tại các vùng ngập sâu do lũ đến nơi an toàn.
Quân đội đã huy động 438.275 người, 6.642 phương tiện ứng phó với bão; 107.911 lượt người và 2.142 lượt phương tiện ứng phó với mưa lũ, sạt lở đất, lũ quét; công an huy động hơn 150.000 cán bộ, chiến sĩ tham gia ứng phó, khắc phục hậu quả bão số 3 và mưa lũ sau bão. Các cấp chính quyền cơ sở, lực lượng xung kích, đoàn thanh niên,... được huy động tối đa triển khai ứng phó, khắc phục hậu quả bão, mưa lũ.
Chủ động triển khai các giải pháp ứng phó với ngập úng, lũ lụt, đảm bảo an toàn những trọng điểm đê điều, hồ đập xung yếu; tổ chức ứng trực vận hành an toàn, hiệu quả các hồ chứa thủy lợi, thủy điện. Cấp ủy đảng, chính quyền các cấp chỉ đạo làm tốt công tác truyền thông, đưa tin kịp thời để người dân nắm được đầy đủ thông tin về diễn biến bão, mưa lũ, chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và cơ quan phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn các cấp để chủ động ứng phó với bão, lũ.
Tổng hợp báo cáo của các địa phương, đến 6 giờ sáng 15/9, bão số 3, mưa lũ, sạt lở, ngập lụt do hoàn lưu bão đã làm 348 người chết, mất tích, 1.921 người bị thương; gần 232.000 ngôi nhà bị hư hỏng; hơn 190.000ha lúa bị ngập úng, thiệt hại; gần 48.000ha hoa màu bị ngập úng, thiệt hại; gần 32.000ha cây ăn quả bị hư hại; 3.269 lồng bè nuôi trồng thuỷ sản bị hư hỏng, cuốn trôi; hơn 2,6 triệu gia cầm, gia súc bị chết…
Do thời gian lưu bão dài và duy trì cường độ gió bão, gió giật rất mạnh đã làm nhiều cửa hàng, trụ sở, trường học bị tốc mái, hư hỏng; nhiều biển hiệu quảng cáo, cột điện, cột viễn thông, trạm phát sóng di động bị gẫy đổ; cây xanh đô thị bị bật gốc, gẫy đổ. Tại các tỉnh, thành phố Quảng Ninh, Hải Phòng, Thái Bình, Hải Dương, Hà Nội bị mất điện, mất liên lạc trên diện rộng…
Thủ tướng Phạm Minh Chính tới Yên Bái chỉ đạo ứng phó, khắc phục hậu quả mưa lũ, thiên tai 
